NeuronVisio

nag-uugnay sa NeuronVisio may NEURON gamit ang bagong interface Python NEURON.
Pag-install:
Upang i-install NeuronVisio kailangan mo upang masiyahan ang mga sumusunod na dependency
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * visual
& Nbsp; * matplotlib
Madaling-install
Ang pinakamadaling paraan upang makakuha ng neuronvisio ay kung mayroon kang naka-install na setuptools:
easy_install neuronvisio
Nang walang setuptools, ito ay pa rin medyo madali. I-download ang neuronvisio.tgz file mula sa Cheeseshop pahina neuronvisio, ang untar ito at patakbuhin ang:
python setup.py-install
Documentation
Dokumentasyon ay magagamit sa folder ng doc o online.
Quickstart
Ang code na ito ay lamang na bigyan ng ideya sa kung paano gamitin ang nrnvisio module:
1. sunog up ng isang ipython console na may pylab switch .:
& Nbsp; ipython -pylab # Kung hindi mo ginagamit ang switch hindi mo makikita ang anumang mga graph.
2. I-import ang module:
& Nbsp; mula neuronvisio.controls-import ang mga Control na
& Nbsp; mga kontrol = Mga kontrol sa ()
Kapag nrnvisio ay nagsimula sa thread ay nailunsad. Sa thread na ito ang lahat ng mga proseso ng nrnvisio ang mangyayari nang hindi bina-block ang mga console.
Bilang isang mabilis na halimbawa ang sumusunod na code:
& Nbsp; 1. Lumilikha ng isang solong seksyon na tinatawag na Soma
& Nbsp; 2. Magpasok ng isang Hodgkey-Huxley channel at isang passive kondaktans
& Nbsp; 3. Magpasok ng isang alphaSynapse na magbigay ng isang stimul.
Ang isang mabilis na halimbawa ay maaaring maging ang mga sumusunod ::
mula sa pag-import nrnvisio.controls Mga Kontrol
mga kontrol = Mga kontrol sa () # Simula ng GUI
mula sa neuron-import h # Pagkuha ng HocInterpreter
Soma = h.Section () # Paglikha ng isang seksyon
soma.insert ('hh') # Pagpapasok ng HH channel
soma.insert ('pas') # pagpapasok ng passive kondaktans
syn = h.AlphaSynapse (0.5, seg = Soma) # synaptic input
syn.onset = 0.5 # kapag sa sunog
syn.gmax = 0.05 # ang kondaktans ng synapse
syn.e = 0 # baligtad ang mga potensyal na
Higit pang mga halimbawa sa halimbawa sa direktoryo ay nagpapakita kung paano gamitin Neuronvisio na may mas kumplikadong mga modelo

Mga Tampok :.

• 3D visualization ng modelo may posibilidad na baguhin ito runtime
• Ang paglikha ng mga vectors mag-record ng anumang mga variable naroroon sa seksyon ng
• pagsasama Pylab upang i-plot nang direkta sa resulta ng simulation
• Exploration ng timecourse ng anumang mga variable sa mga oras gamit ang isang naka-code na sukat ng kulay
• ang GUI ay tumatakbo sa sarili nitong thread kaya posibleng gamitin ang console (Mahigpit na iminungkahi ipython)

Mga Kinakailangan :

• Python