Bioinformatics Benchmark System

Ang Bioinformatics Benchmark System ay isang pagtatangka upang bumuo ng isang makatwirang balangkas na pagsusuri, mga pagsusulit, at ang data, upang paganahin ang mga end user at vendor na suriing mabuti ang pagganap ng kanilang mga sistema.
Ano namin sinusubukang gawin ay ang lumikha ng isang framework para sa pagsusuri, at isang pangunahing hanay ng mga pagsubok na maaaring i-download ang lahat at gamitin na suriing mabuti tiyak na mga elemento ng sistema ng pagganap.
Bukod dito, ang source sa mga pagsusuring ito ay magagamit sa ilalim ng GPL, at naka-host sa Bioinformatics.org at scalable Informatics LLC ideya ay upang paganahin ang mga end user, ang mga mamimili, ang mga developer ng mga sistema, at ang iba upang madaling bumuo at gumamit ng makabuluhang mga pagsusulit para sa mga kadahilanan ng pagsukat at tuning .
Joe Landman mula scalable Informatics LLC conceived ang ideya at sinulat sa orihinal na code. Kami ay naghahanap para sa karagdagang mga mungkahi benchmark code, pagsusuri, mga hanay ng data, atbp
Kasalukuyang pagsusuri baseline ay nagpapatakbo ng ilang NCBI BLAST, ilang mga nagpapatakbo HMMer, at ng iba't-ibang mga iba. Plano naming isama ClustalW, X! Magkasunod, iba't-ibang kimika, dynamics, at mga kaugnay na mga pagsusulit, pati na rin ang ilang mga iba.
Pagsusuri tulad LINPACK o HPL lang ang hindi nagbibigay ng makabuluhang mga tagapagpahiwatig ng pagganap o ang mapaghulang mga modelo para sa high informatics performance. Sa kasamaang palad, hindi rin ng isang bilang ng mas kamakailang at nakatutok na mga pagsusulit.
Ito ay isang problema sa lalong LINPACK at HPL partikular na pagsubok ang pagganap sa iba't ibang mga operasyon matrix, kung saan mayroon kang epektibong mga regular na pattern memory access, at tiyak na matematikal na operasyon.
Ang mga kodigong ito ay pinaka-kapaki-pakinabang para sa mga paghahambing sa mga code na may mabigat na lumulutang point operasyon, at interleaved traffic memory. Ang mga code ay hindi dinisenyo para sa kumpletong sistema benchmarking, na kung saan ang disk ako / O, latency memory, at iba pang mga kadahilanan sa lahat ng kontribusyon sa mga isyu sa pagganap.
Ang pinakamahusay na mga pagsusulit ay ang mga na pinaka-katulad ng mga code sa iyo ay tatakbo sa makina. Ang mga pagsusulit sa kanilang sarili ay dapat na makatwirang approximations sa isang tunay na pagpapatupad ng iyong code, gamit ang tunay na data. Maaaring kailanganin mong pare ito pabalik upang makuha realistic ulit tumakbo.
Dapat kang magkaroon ng isang makatwirang subset ng mga sukat ng data. Ang isang test ay hindi magsasabi sa iyo kung paano kaliskis iyong system, at isa sa mga dahilan para sa pagkakaroon ng pagsusulit na ito ay partikular na magpapahintulot sa inyo na subukan ang pagganap habang dagdagan mo ang iba't-ibang mga aspeto ng mga workload.
Madalang kang makakuha ng isang walang tinag sistema sa isang cluster, kaya gusto naming inirerekumenda na subukan mong patakbuhin sa buhay bilang isang operating environment hangga't maaari. A baseline sa isang tahimik na sistema ay pinong, ngunit ito ay maaaring i-set ang iyong mga inaasahan ay hindi makatwirang.
top