CaPSID

CaPSID ay isang komprehensibong platform open source na Sumasama isang mataas na pagganap Computational pipeline para sa pagkakasunud-sunod pathogen pagkakakilanlan & nbsp; sama-sama at paglalarawan sa tao genomes at transcriptomes may nasusukat na database ng mga resulta at ang isang user-friendly na web-based na application software para sa pamamahala, querying at pagpapakita ng mga resulta.
Pagsisimula
Kakailanganin mo ng MongoDB database, isang Python pag-install 2.6+ at Apache pusang lalaki 6+. Para sa higit pang mga detalye, basahin ang wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What bago ang sa paglabas na ito:

• Pag-aayos Mensahe ng error kapag tumatakbo pagbabawas at pag-align Hindi nahanap
• Higit pang mga trabaho sa pag-aayos ng haba na agad query

Ano ang bagong sa bersyon 1.4.2:

• Tinatanggal ang MongoKit dependency

Ano ang bagong sa bersyon 1.4.1:

• Pag-aayos ng cursor timeout para sa mahabang mga query na tumatakbo istatistika

Ano ang bagong sa bersyon 1.4.0:

• Nagdadagdag ng mga istatistika habang sila ay tumatakbo sa halip na lahat sa dulo
• Sine-save ang natatanging id para sa gene bilang uid

Ano ang bagong sa bersyon 1.2.7:

• Pag-aayos Readme

Ano ang bagong sa bersyon 1.2.6:

• pagbabawas nagsasala out kapag hindi minarkahan gusali na nai-map bumabasa

Ano ang bagong sa bersyon 1.2:

• Utility upang lumikha FastQ mga file mula sa hindi minarkahan bumabasa
• Utility upang bumalik intersection ng FastQ file
• Utility upang bumalik filter FastQ file
• limitasyon ng flag Added mapq sa pagbabawas
• Gbloader ay maaari na ngayong-load ang bakterya at fungal genomes
• Sine-save ang Genome mga pagkakasunud-sunod sa database gamit ang GridFS
• Mas kaunting memory footprint kapag kinakalkula ang mga istatistika
• gumamit ng subprocesses sa halip na os.system

Kailangan ng filter
• score mapq upang isama 0

Ano ang bagong sa bersyon 1.1:

• Nagdadagdag ng suporta para sa mga pares-end na bumabasa

Ano ang bagong sa bersyon 1.0.1:

• Nagdagdag ng suporta para sa pagpapatunay ng MongoDB

Mga Kinakailangan :

• Python