picme

Screenshot Software:
picme
Mga detalye ng Software:
Bersyon: 1.0
I-upload ang petsa: 11 May 15
Lisensya: Libre
Katanyagan: 12

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

picme ay isang Python pakete na naglalaman ng mga programa upang tantiyahin at balangkas phylogenetic informativeness para sa mga malalaking dataset.
Pag-install
Para sa mga sandali, ang pinakamadaling paraan upang i-install ang mga programa ay:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/picme.git / path / sa / picme
Upang patakbuhin ang pagsusulit:
cd / path / sa / picme /
python test / test_townsend_code.py
I
Ang estimate_p_i.py code tawag sa isang batch ng file para hyphy na nasa template /. Ang file na ito ay kailangang sa parehong posisyon ng kamag-anak sa kung saan mo inilagay ang estimate_p_i.py. Kung i-install thins bilang sa itaas, makikita mo fine, para sa mga sandali.
Upang patakbuhin ang:
cd / path / sa / picme /
python picme_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - epochs = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ulit = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing ay opsyonal, walang ito, ang bawat locus ay tatakbo nang magkasunod.
Kung kayo ay tumakbo sa itaas at naka-save na mga resulta ang sa iyong output folder (tingnan sa ibaba), maaari mong gamitin ang mga pre-umiiral na mga talaan ng mga site-rate kaysa sa pagtantya mga muli na may:
python picme_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - epochs = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ulit = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - site-rate
Resulta
magsusulat picme resulta sa isang sqlite database sa direktoryo ng output na iyong pipiliin. Ang directory na ito din humahawak rate site ng mga file sa JSON format para sa bawat locus dumaan sa pamamagitan picme_compute.py.
Maa-access mo ang mga resulta sa database ang mga sumusunod. Para sa higit pang mga halimbawa, kabilang ang plotting, tingnan ang dokumentasyon
- Pihitan up sqlite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / phylogenetic-informativeness.sqlite
- Makakuha ng mahalagang data para sa lahat epochs:
& Nbsp; piliin locus, interval, pi mula loci, pagitan ng kung saan loci.id = interval.id
- Makakuha ng mahalagang data para sa isang tiyak na panahon:
& Nbsp; piliin locus, interval, pi mula loci, interval
& Nbsp; kung saan interval = '95 -105 'at loci.id = interval.id;
- Makuha ang bilang ng loci pagkakaroon max (pay) sa iba't ibang epochs:
& Nbsp; lumikha ng pansamantalang talahanayan max bilang piliin id, max (pi) bilang max mula sa pagitan ng grupo sa pamamagitan ng id;
& Nbsp; lumikha ng pansamantalang talahanayan t bilang piliin interval.id, na pagitan, max mula interval, max
& Nbsp; kung saan interval.pi = max.max;
& Nbsp; piliin interval, count (*) mula sa t grupo sa pamamagitan ng interval;
Binabanggit picme
Kapag gumagamit picme, mangyaring banggitin:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: picme nagbibigay-daan sa mataas na pagtatasa throughput ng phylogenetic informativeness.
- Townsend JP: Profiling phylogenetic informativeness. Sistematikong Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: hyphy: teorya pagsubok gamit phylogenies. Bioinformatics 2005, 21:. 676-679

Kinakailangan :

  • sawa
  • hyphy2
  • NumPy
  • SciPy
  • DendroPy

Katulad na software

VULCAN
VULCAN

20 Feb 15

Adun
Adun

3 Jun 15

snakemake
snakemake

20 Feb 15

checkmyclones
checkmyclones

11 May 15

Iba pang mga software developer ng Brant Faircloth, Jonathan Chang and Mi...

tapir
tapir

11 May 15

Mga komento sa picme

Mga Komento hindi natagpuan
Magdagdag ng komento
I-sa mga imahe!