HAKBANG ay isang pakete para sa mga eksaktong stochastic simulation ng reaksyon-pagsasabog sistema nagkataon kumplikadong geometries 3D. Ang aming mga pangunahing simulation algorithm ay isang pagpapatupad ng Gillespie ng SSA, pinahaba upang harapin ang pagsasabog ng mga molecule sa ibabaw ng mga elemento ng isang 3D tetrahedral mesh.
Habang higit sa lahat ito ay binuo para sa simulating mga detalyadong modelo ng neuronal pagbibigay ng senyas daanan sa dendrites at sa paligid ng synapses, ito ay isang pangkalahatang tool at maaaring magamit para sa pag-aaral ng anumang biochemical pathway na kung saan spatial gradients at morpolohiya ay naisip upang i-play ang isang papel.
Ipinatupad namin ang STEPS bilang isang hanay ng mga module Python, na nangangahulugan na maaaring gamitin STEPS mga gumagamit ng Python script upang kontrolin ang lahat ng aspeto ng pagse-set up ang modelong ito, pagbuo ng isang mesh, na kumokontrol sa simulation at bumubuo at pag-aaral output. Ang core Computational gawain ay ipinapatupad pa rin bilang mga module extension ng C / C ++ para sa pinakamataas na bilis ng pagpapatupad.
. STEPS ay ipinamamahagi sa ilalim ng GPL v3 lisensya
Mga Kinakailangan :
- Python
Mga Komento hindi natagpuan