tigreBrowser

tigreBrowser ay isang gene expression model na browser para sa mga resulta mula sa tigre R package (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Pag-install:
nangangailangan tigreBrowser Python version> = 2.5. tigreBrowser maaaring i-install gamit ang sumusunod na command:
python setup.py install
Para sa karagdagang impormasyon tungkol sa pag-install ng python modules (halimbawa, ang pag-install nang walang pahintulot ng root para sa kasalukuyang gumagamit lamang), tingnan http://docs.python.org/install/
Simula server
Kasama sa tigreBrowser Ang web server ay dapat na tumakbo upang gamitin ang mga aktwal na resulta ng browser.
Kakailanganin mo ng isang database file na binuo ng mga tigre R package (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Ang paketeng ito ay naglalaman ng isang pagsubok database file 'database.sqlite' na maaaring gamitin sa pagsubok tigreBrowser. Ang mga pagsubok na database ay binuo gamit ang mga tagubilin at mga halimbawa ng data na kasama sa tigre package.
Ipatupad tigreServer.py upang simulan ang graphical interface ng gumagamit ng server. Upang simulan ang resulta ng browser, dapat munang piliin ang isa sa isang database file na kung saan ay ipapakita resulta. Ito ay maaaring maganap sa pamamagitan ng pagpili ng 'Buksan ang database file' at pagpili ng isang database file. Ang database file ay hindi dapat magkaroon ng pahintulot sumulat. Ang server ay maaaring pagkatapos ay nagsimula sa pamamagitan ng pag-click sa 'Simulan ang server'. Kapag nag-click, ang isang label ay lilitaw sa ibaba ang mga pindutan upang ipakita ang mga URL ng mga resulta ng browser.
Ang resulta browser ay mapupuntahan ngayon sa URL na iyon gamit ang isang regular na web browser. Mga tagubilin sa paggamit ng browser ay sa susunod na seksyon ng manwal na ito. Ang browser ay magagamit hanggang sa server ay tumigil sa pindutan ng 'Itigil server'.
maaari ring tigreServer.py ginamit sa isang command-line interface. Simulan ang script opsyon na 'help' para sa karagdagang mga detalye sa.
Ang paggamit ng browser
Dataset seleksyon
Ang pagpili dataset tumutukoy kung aling mga resulta ay makikita sa listahan ng mga resulta at sa kung saan order. Ang pagpili set eksperimento ay ginagamit upang piliin ang hanay ng mga eksperimento. Mga resulta lamang mula sa mga eksperimentong ito ay ipapakita sa listahan.
Susunod sa pagpili dataset ay ang pagpili ng pagkasalin kadahilanan (TF) o target set, depende sa kung ang mga resulta ng browser ay naka-set sa Target mode o regulator ranggo mode ranking (tingnan install). Sa target ranggo mode, ang mga napili TF ay magagamit at ang listahan ng mga resulta ay naglalaman ng mga resulta para sa iba't ibang mga target sa mga ibinigay na TF. Sa regulator ranggo mode, ang target set ay pinili at ang listahan ay ipakita ang mga resulta para sa iba't ibang regulators.
Bilang ng bilang ng mga resulta ay maaaring maging mataas na, ang mga resulta ay maaaring nahahati sa maramihang mga pahina. "Bilang ng mga genes sa bawat pahina" selection ay maaaring gamitin upang ayusin ang bilang ng mga resulta ay nagpakita. Maaari itong maging kapaki-pakinabang upang bawasan ang bilang ng mga resulta kung ang mga pahina ng load nang dahan-dahan dahil sa malaking bilang ng mga imahe.
Panghuli, ang mga order na kung saan ang mga resulta ay nagpakita maaaring binago sa "Pagbukud-bukurin ayon sa" selection. Ang mga resulta ay nakaayos descendingly pamamagitan ng ibinigay na criterion.
Pagsasala
Maaaring nasala resulta sa pamamagitan ng iba't-ibang criteria. Isa sa maaaring, halimbawa, ipakita lamang ang mga resulta para sa mga genes na may z-score na mas mataas kaysa sa isang tiyak na threshold.
Ito ay posible na pagsamahin ang maramihang mga pamantayan kapag pagsala. "[+]" Link ay maaaring gamitin upang magdagdag ng isa pang criterion. Criterion A ay maaaring gayon din dahil sa paggamit ng "[-]" link (hindi ipinakita nang may isa lamang criterion). Kapag ang maramihang mga pamantayan ay ginagamit, ang isang resulta gene ay dapat na matugunan ang lahat ng mga criteria na ipinakita sa listahan.
Filtering ay activated na gumagamit ng "mag-apply mga filter" na checkbox.
Highlight
Kung genes sa database maglaman ng karagdagang data, maaaring naka-highlight na mga resulta gamit ang data na iyon. Ang mga magagamit na mga pagpipilian sa pag-highlight ay nagpakita sa mga kulay na kaugnay sa mga pagpipilian.
Ang highlight gumagana sa pamamagitan ng pagpapakita ng mga kulay na mga kahon sa ibaba ang mga pangalan probe sa listahan ng resulta para sa genes na may mga karagdagang data na tumutugma sa mga seleksyon.
Paghahanap
Ito ay posible na mga resulta para sa ibinigay na genes paghahanap. Ang mga gawa ng paghahanap sa pamamagitan ng pag-type comma separated list ng mga gene o probe pangalan sa search box. Maaari ring Gene alyas na ginagamit bilang isang entry sa paghahanap.
Ipinapakita ang mga resulta
Ang mga resulta para sa mga ibinigay na pagpipilian ng mga dataset, filter, nagha-highlight at paghahanap ay nagpakita na kapag ang "Ipadala" na button ay nag-click. Ang database ay pagkatapos ay tatanungin para sa mga resulta na tumutugma sa ibinigay na pagpipilian. "I-reset" button ay maaaring gamitin upang i-clear ang lahat ng mga pagpipilian at textfields.
Ang listahan ng mga resulta ay naglalaman ng maramihang mga hanay. Sa unang column ng isang pangalan ng pagsisiyasat ay ipinapakita sa isang GENENAME na nauugnay sa probe. Sa tabi ng pangalan gene, ay figure sa gene expression kung ang isa ay tinukoy sa database. Ang mga sumusunod na haligi ay naglalaman ng aktwal na mga resulta para sa genes. Anumang karagdagang data ay ipinapakita din dito. Numero ng Eksperimento ay ipapakita sa tabi ng mga values ​​na resulta.
. Sa wakas, mga parameter ng eksperimento, kung ipinasok sa database, ay ipapakita bilang isang table sa tabi ng numero

Kinakailangan :

• Sawa