MacMolPlt

MacMolPlt ay isang tool visualization Chemistry na maaaring magamit upang bumuo ng mga molecule sa isang pinagsama-samang mga graphical na tagabuo ng modelo, lumikha ng pag-input file para sa Computational programa kimika GAMESS, at pagkatapos ay ilarawan sa isip ang mga resulta ng Computational nagpapatakbo ng kimika. Mga Tampok isama ang isang display 3D mataas na kalidad, mga animation ng normal na mode at reaksyon sunod at output sa isang iba't ibang mga format kabilang ang mataas na kalidad na mga larawan at QuickTime at Flash pelikula.

• Input gamit ang:
• format ng file MolPlt punched out sa pamamagitan ng GAMESS
• sa pamamagitan ng pag-paste sa Kartesyan coordinate mula sa anumang GAMESS o Gaussian mag-log file
• anumang GAMESS input, mag-log o irc file
• Xmol style XYZ file
• MolDen format ng file
• protina Data Bank (pdb ) na file
• Kemikal Markup Language (CML) na mga file
• Bumuo graphically may isang interactive na Molekyul editor
• Bumuo ng sa pamamagitan ng kamay gamit ang Kartesyan o Z-Matrix style panloob na mga coordinate
• display 3D ng istraktura at Normal mode
• Animation ng normal na mode.
• 3D pag-ikot ng real-time at pagsasalin sa ilalim ng kontrol ng mouse
• Pagkalkula ng anumang mga parameter ng Z-matrix
• Biswal panukalang / display mga distansya, anggulo at dihedrals.
• automated na paglikha ng Pinaka-hindi Paggalaw (LLM) path De-
• 2D at 3D pagkalkula at pagpapakita ng:
• Molecular orbitals (Ao, ang MO, o LMO na)
• Kabuuang Electron Density
• pagkakaiba Density
• Molecular Electrostatic potensyal (MEPMaps)
• Pangunahing generator input file para sa GAMESS
• OpenGL na ginagamit para sa mataas na kalidad na pag-render ng 3D
• Suporta para sa molecular mahusay na proporsyon
• Bumuo ng mahusay na proporsyon nakadepende atoms
• Tukuyin ang mahusay na proporsyon natatanging atoms
• Awtomatikong matukoy ang listahan ng mga suportadong mga pangkat point para sa isang hanay ng mga coordinate.
• I-rotate ang mga coordinate sa tamang prinsipyo na oryentasyon
• Ipakita ang mahusay na proporsyon operator para sa maraming mga punto group
• kalidad Publication output (kulay o itim at puti) sa pamamagitan ng direct pagpi-print o Kopyahin at I-paste sa isa pang application.
• Output sa iba't ibang mga form kasama ang Windows bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Flash Pelikula at pelikula QuickTime.

Ano ang bagong sa paglabas:

Maraming mga pagpapahusay na ginawa sa ang display code. Mga Pagpipilian naidagdag sa 3D Pane ng prefernces para sa makinis pagtatabing na may at walang mga anino.
Idinagdag hindi pa ganap na suporta para sa Mopac mga file.
Idinagdag pagpipilian upang i-toggle ang pagpapakita ng AB initio, MM, at EFP atoms.
Pinahusay na suporta para Modelo Core potensyal.
Nagdagdag ng hook sa tagabuo ng input para sa bagong programa GAMESSQ.
Pinahusay na ang PDB file parser.