DendroPy

Ito ay nagbibigay ng mga klase at mga pag-andar para sa mga nagtatrabaho sa phylogenetic data tulad ng mga puno at mga karakter matrices.
Ito rin ay sumusuporta sa pagbabasa at pagsusulat ng data sa isang hanay ng mga pamantayan phylogenetic format ng data, tulad ng NEXUS, NeXML, Phylip, NEWICK, FASTA, atbp ..
Sa karagdagan, ang mga script para sa mga gumagawa ng ilang kapaki-pakinabang na phylogenetic computations ay ipinamamahagi bilang bahagi ng library, tulad ng SumTrees, na nagbubuod sa suporta para sa mga hating o clades ibinigay ng isang puwit sample ng phylogenetic puno.
May mga extended na dokumentasyon at mga file na tutorial sa package download

Ano ang bagong sa paglabas:.

• Bagong imprastraktura para sa metadata annotation:. AnnotationSet at Annotation
• Buong suporta ng NeXML 0.9 parsing metadata at pagsusulat.
• get_from_url () at read_from_url () pamamaraan ngayon payagan para sa pagbabasa ng phylogenetic data mula sa URL.
• Added GBIF interoperability module (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Ano ang bagong sa bersyon 3.12.2:

• Bagong imprastraktura para sa mga annotation metadata: AnnotationSet at Annotation.
• Buong suporta ng NeXML 0.9 parsing metadata at pagsusulat.
• get_from_url () at read_from_url () pamamaraan ngayon payagan para sa pagbabasa ng phylogenetic data mula sa URL.
• Added GBIF interoperability module (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Ano ang bagong sa bersyon 3.11.0:

• Bagong aplikasyon script para sa pagdudugtong ng branch label mula sa kabila maramihang input puno. sumlabels.py
• New interoperability klase dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. wrapper para Seq-Gen isinama sa library
• New interoperability na function dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. wrapper para alignment MUSCLE
• New interoperability klase dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. wrapper para RAxML
• prune_taxa () method idinagdag sa CharacterMatrix.
• Math modules inilipat sa kanilang sariling subpackage:. dendropy.mathlib
• Bagong module para sa matrix at vector computations. dendropy.mathlib.linearalg
• Bagong module para sa statistical pagkalkula ng distansya:. dendropy.mathlib.distance
• Pamilya ng Mahalanobis distansya pagkalkula function sa dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Ano ang bagong sa bersyon 3.9.0:

• Bagong Tampok:
• Phylogenetic independent contrasts maaaring isinasagawa analysis (PIC) ngayon sa labas gamit ang klase dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Pinapayak na nakapaloob coalescent (gene puno sa species tree) simulation.
• Mga Pagbabago:
• Keyword argumento upang as_string (), write_to_path (), write_to_file, atbp pamamaraan ay tweaked upang maging mas pare-pareho para sa NEXUS at Newick format. Previous keywords ay suportado pa rin, ngunit ito ay hindi na ginagamit. Ang bagong hanay ng mga argumento keyword suportado ay makikita sa: ref: NEXUS at Newick pagsulat pagpapasadya & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; seksyon.
• Koneksyon at Newick format ng mga default na ngayon sa case-insensitive taxon label; tukuyin case_insensitive_taxon_labels = Mali para sa case-sensitibo.
• -aayos ng Bug:
• Ang pagbabasa interleaved karakter matrices hindi na mga resulta sa mga sumusunod na block na nilaktawan (NEXUS).
• Nahuli OverflowError kapag kinakalkula ang mga istatistika ng buod.

Ano ang bagong sa bersyon 3.8.0:

• Tree bagay ay maaari na ngayong rerooted sa midpoint (tingnan Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Mga Anotasyon (ibig sabihin, ang mga katangian ng Tree, Node o Edge bagay na may & quot; annotate () & quot; tinatawag sa kanila) ay maaari na ngayong nakasulat bilang komento metadata (& quot; [& field = halaga] & quot;) kapag sumusulat NEXUS / format NEWICK kung ang keyword annotations_as_comments argument ay ginagamit.
• Kapag nagbabasa sa NEXUS / format puno NEWICK, na tumutukoy extract_comment_metadata = True ay magreresulta sa mga komento metadata na nakuha sa dictionary, na may mga susi sa pagiging fieldnames at mga halaga ay ang halaga ng patlang.
• Kapag nagbabasa data format NEXUS, SET bloke ay na-proseso, at mga hanay ng character parse sa mga kaugnay na CharacterDataMatrix.
• sets Character (bilang, halimbawa, parse out ng Koneksyon SET bloke: tingnan sa itaas) ay maaaring nailipat na rin ang mga bagong bagay CharacterDataMatrix, at mase-save / manipulahin / etc. independentally.
• Kapag sumusulat sa NEXUS o NEWICK format, ang write_item_comments argument keyword (true o false) ay maaaring kontrolin kung extended komento kaugnay sa nodes sa mga puno ay nakasulat o hindi.
• idinagdag TopologyCounter klase na dendropy.treesum:. nagbibigay-daan para sa pagsubaybay ng topology frequency
• treesplits.tree_from_splits () ay nagpapahintulot sa building ng mga puno (topology-lamang) mula sa isang hanay ng hating.
• Karamihan sa mga pag-andar na dati ay 'dendropy.treemanip' ay na-migrate na ngayon bilang katutubong pamamaraan ng dendropy.Tree class. 'Dendropy.treemanip' ay tinutulan.
• Puno ay maaari na ngayong pruned batay sa isang listahan ng mga taxa label na alisin o panatilihin (dati, ang mga pamamaraan ay tumatanggap lamang ng mga listahan ng mga Taxon mga bagay).

Ano ang bagong sa bersyon 3.7.1:

• Bagong Tampok:
• Pagpapatupad ng 'General Sampling Diskarte' (Hartman et al 2010:... Sampling Trees mula sa gitna ng ebolusyon Models; Syst Biol 49, 465-476). paraan ng pagtulad sa mga puno mula sa mga modelo ng kapanganakan-kamatayan
• Mga Pagbabago:
• Tamang / pangalang pare-pareho para sa ilang function na maaaring mangyari.
• -aayos ng Bug:
• Bug sa nagpapatunay Sasapawan ng output file kapag gumagamit SumTrees '-e' / '- split-dulo'. option
• Ancient at may dungis semi-fossilized reference sa 'taxa_block' itatama sa 'taxon_set'.

Ano ang bagong sa bersyon 3.7.0:.

• Inilipat sa BSD lisensya-style

Ano ang bagong sa bersyon 3.6.1:

• SumTrees ngayon ay gumagana (sa serial mode) sa ilalim ng mas lumang bersyon Python (ie & # x3c; 2.6).
• Pag-aayos para sa pagiging tugma sa Python 2.4.x.

Ano ang bagong sa bersyon 3.5.0:

• Idinagdag ladderize () method, mag-order ng mga node sa pataas (default) o pababang (ladderize (right = True)) order.
• Added & quot; hayop-summary-tree & quot; specification schema upang iproseso BEAST annotation pinagkasunduan puno.
• Nagdagdag ng bagong module para sa pakikipag-ugnay sa NCBI database:. dendropy.interop.ncbi

Ano ang bagong sa bersyon 3.4:..

• Mga nai-bundle ez_setup.py update sa pinakabagong bersyon

Mga kinakailangan

• Python 2.4-3.0