LPBS

LPBS (Lokal Portable Batch System) ay isang tool upang tularan PBS sa isang lokal na workstation.
PBS / metalikang kuwintas ay isang trabaho pag-iiskedyul ng sistema na ginagamit sa maraming mga mataas na pagganap kumpol computing. Ang LPBS package nagbibigay ng mga tool upang patakbuhin ang PBS trabaho script sa isang lokal na workstation. Sa partikular, LPBS nagbibigay ang lqsub utos na tumatagal sa parehong mga pagpipilian bilang PBS qsub utos at nagpapatakbo ng isang script trabaho nang lokal, sa isang kapaligiran halos kapareho ng isa na PBS / metalikang kuwintas magbibigay. Ang trabaho ay tatakbo sa background at bibigyan ng isang trabaho ID. Hindi tulad ng PBS system, LPBS ay hindi gumanap ng anumang pag-iiskedyul ng, ngunit magpapatuloy lamang tumakbo ang trabaho ay isinumite sa mga ito. LPBS ay nagbibigay ng karagdagang mga kasangkapan upang pamahalaan ang pagpapatakbo ng trabaho.
Pag-install
LPBS maaaring i-install mula sa PyPi, gamit
buto ng bungang-kahoy-install LPBS
Bukod dito, ang mga pakete ay maaaring i-install mula sa mapagkukunan sa
python setup.py-install
Configuration
Tindahan LPBS lahat ng configuration at runtime data nito sa folder na ibinigay sa environment variable $ LPBS_HOME. Dapat na tinukoy ito environment variable. Ang configuration ay nasa file lpbs.cfg sa loob ng $ LPBS_HOME. Kung ang file na ito ay hindi umiiral kapag alinman sa mga script LPBS tumatakbo, isang configuration file gamit ang sumusunod na mga default na halaga ay lilikhain:
[Server]
# Buong hostname ng server pagsusumite (hostname.domain). Ay gagawing magagamit
# Sa pagpapatakbo ng trabaho sa pamamagitan ng environment variable PBS_SERVER. ID ng trabaho Magtatapos
# Sa hostname ng server
hostname: localhost
domain: lokal na
[Node]
# Buong hostname ng node pagpapatupad (hostname.domain). Ay gagawing magagamit
# Sa pagpapatakbo ng trabaho sa pamamagitan ng environment variable PBS_O_HOST. Dahil LPBS ay
# Dinisenyo upang maisagawa trabaho sa isang lugar lamang, ang mga setting dito ay dapat na sa pangkalahatan ay
# Kapareho ng sa mga nasa seksyon ng [Server]
hostname: localhost
domain: lokal na
[LPBS]
# Pagtatakda para sa pagsasagawa ng trabaho.
# Kung 'username_in_jobid' ay gumagana, ang mga ID ng trabaho ay magkakaroon ng anyo
# 'Seqnr.user.hostname.domain' kung saan ang 'user' ay ang username ng user
# Pagsusumite ng trabaho.
# Ang file na ibinigay sa 'sequence_file' ay ginagamit para sa pagsubaybay ng 'seqnr'
# Lumilitaw sa trabaho ID.
# Ang file na ibinigay sa 'logfile' ay ginagamit para sa pag-log ang lahat ng kaganapan LPBS. Kapwa
# 'Sequence_file' at 'logfile' ay mga kamag-anak sa $ LPBS_HOME.
username_in_jobid: 0
sequence_file: pagkakasunud-sunod
logfile: lpbs.log
[Scratch]
# Mga setting para sa puwang sa simula ibinigay sa trabaho. 'Scratch_root' ay tumutukoy sa isang
# Lokasyon kung saan trabaho ay dapat isulat pansamantalang data. Kung ibinigay bilang isang kamag-anak landas,
# Ito ay may kaugnayan sa $ LPBS_HOME. Variable na kapaligiran ay pinalawak sa
# Oras ng pagsusumite ng trabaho.
# Kung ang halaga ng # 'create_jobid_folder' ay nakatakda sa 1, isang folder na may pangalan ng
# Ang buong trabaho ID ay nalikha sa loob scratch_root. Ang folder na ito ay awtomatikong ay
# Tinanggal kapag ang trabaho ay nagtatapos, maliban kung 'keep_scratch' ay nakatakda sa 1. Kung ang trabaho
Nabigo ang #, ang scratch ay hindi tinanggal, maliban kung 'delete_failed_scratch' ay naka-set
# 1.
scratch_root: $ SCRATCH_ROOT
create_jobid_folder: 0
keep_scratch: 0
delete_failed_scratch: 0
[Abiso]
Dapat ma-notify ang user # Setting sa kung paano tungkol sa mga kaganapan tulad ng simula
# At dulo ng isang trabaho. Kung sent_mail ay nakatakda sa 1, ang mga email ay ipapadala sa
# Ng mga abiso depende sa halaga ng mga pagpipilian na '-m' upang lqsub. Kung
# 'Send_growl' ay nakatakda sa 1, magmaktol (http://growl.info) ay ginagamit para sa paunawa
# Sa MacOS X. Mga Notification sa pamamagitan ng magmaktol hindi isinasaalang-alang ng '-m' pagpipilian
# Sa panahon ng pagsusumite ng trabaho.
send_mail: 0
send_growl: 0
[Mail]
# SMTP setting para sa mga abiso sa email. Mga abiso ng email ay ipinadala mula sa
# Sa address na ibinigay sa pamamagitan ng pagpipiliang 'mula sa'. Ang ibinigay sa 'SMTP' SMTP server ay
# Na ginamit para sa pagpapadala ng mga email, kung 'Patunayan ang' ay nakatakda sa 1, authentication ay
# Tapos sa ibinigay na 'username' at 'password'. Kung 'TLS' ay 1, ang TLS-encrypt
# Ang gagamitin.
mula sa: nobody@example.org
SMTP: smtp.example.com:587
username: user
password: lihim
patotohanan: 0
TLS: 1
[Magmaktol]
# Mga setting para sa mga notification magreklamo. Ang mga notification na ipinadala sa alinman sa
# Localhost o isang remote host sa pamamagitan ng GNTP protocol. Ang setting na 'hostname'
# Nagbibigay ang address at port ng angil server, sa ibinigay na 'password' ay
# Ginamit para sa pagpapatotoo (tandaan na kung ang pagpapadala ng sa localhost, walang
# Authentication ay kinakailangan, at dapat walang laman ang password). Kung
# 'Sticky' ay nakatakda sa 1, ang mga notification angil ay magiging sticky. Ito ay
# Posible upang magpadala ng mga notification sa higit sa isang host. Sa kasong ito, parehong
# 'Hostname' at 'password' ay dapat na isang listahan na pinaghihiwalay ng kuwit ng mga halaga, na may
# Ang bawat item naaayon sa isang host. Halimbawa
# Hostname: localhost, remotehost
# Password:, lihim
hostname: localhost: 23053
password:
malagkit: 0
[Mag-log]
# 'Logfile' ay nagbibigay sa ang pangalan ng gitnang log file, kamag-anak sa $ LPBS_HOME.
logfile: lpbs.log
Tandaan na kung ang default na config file ay ginagamit, ang mga environment variable $ SCRATCH_ROOT ay dapat na tinukoy at ang direktoryo nito tumuturo dapat umiiral at maging writable sa lahat ng mga gumagamit na maaaring magsumite ng mga trabaho.
Para sa isang system-wide na-install, / var / lpbs ay isang angkop na lokasyon para sa $ LPBS_HOME. Ang environment variable ay maaaring itakda sa /etc/bash.bashrc para sa lahat ng mga gumagamit. Para sa isang pag-install sa espasyo ng gumagamit, virtualenv ay inirerekumenda.
Pagkatapos ng pangunahing config file, ang file $ HOME / .lpbs.cfg ay magkakaroon din ng mababasa. Maaari itong gamitin ng isang user na i-override ang mga setting sa configuration ng system. Panghuli, ang command qsub ay may --config pagpipilian na nagbibigay-daan upang tukuyin pa ng dagdag na config file upang mabasa din.
Paggamit
LPBS naglalaman ng mga script lqsub, lqstat, at lqdel, na tularan ang PBS / metalikang kuwintas utos qsub, qstat, at lqdel, ayon sa pagkakabanggit. Ang utos lqsub ay ginagamit upang magsumite ng mga trabaho, lqstat ay ginagamit upang ipakita ang impormasyon tungkol sa pagpapatakbo ng mga trabaho, at lqdel ay ginagamit upang i-abort sa pagtakbo trabaho. Halimbawa:
goerz @ localhost: ~> lqsub job.pbs
3.localhost.local
goerz @ localhost: ~> lqstat
Pangalan ng id Job Gumagamit Walltime
-------------------- --------------- --------------- ---------------
3.localhost.local pbstest goerz 00:00:22
goerz @ localhost: ~> lqstat -f 3.localhost.local
Job Id: 3.localhost.local
& Nbsp; Job_Name = pbstest
& Nbsp; Job_Owner = goerz
& Nbsp; server = localhost.local
& Nbsp; exec_host = localhost.local
& Nbsp; PID = 14649
& Nbsp; Error_Path = STDERR
& Nbsp; Join_Path = True
& Nbsp; Mail_Points = n
& Nbsp; Output_Path = pbstest.out
& Nbsp; resources_used.walltime = 00:00:43
goerz @ localhost: ~> lqdel 3.localhost.local
Ang utos qsub ay dinisenyo upang maunawaan ang lahat ng mga pagpipilian sa linya ng command ng command qsub sa metalikang kuwintas bersyon 2.18, maliban sa ang lahat ng mga pagpipilian na may kaugnayan sa pag-iiskedyul ay tahimik pinansin. Samakatuwid, dapat na submittable nang walang pagbabago sa lahat ng PBS trabaho script. Para sa mga detalye, patakbuhin lqsub, lqstat, at lqdel na may pagpipilian --help, at / o tumingin sa manual ng metalikang kuwintas.
Isang Halimbawa ng Trabaho Script
Ang sumusunod ay isang halimbawa ng isang simpleng trabaho PBS script na i-print ang buong kapaligiran na nakikita ng trabaho. Baka gusto mo upang isumite ito ng trabaho sa parehong may LPBS at PBS / metalikang kuwintas upang i-verify na may naaangkop na mga setting sa lpbs.cfg, LPBS ay nagbibigay ng isang magkatulad na kapaligiran bilang LPBS.
#! / Bin / humampas na malakas
#PBS -N Pbstest
#PBS -j Ōe, Yamagata
#PBS -l Node = 1: ppn = 1
#PBS -l Walltime = 00: 00: 10
#PBS -l Mem = 10MB
#PBS -o Pbstest.out
echo "################################################ #### "
echo "User: $ PBS_O_LOGNAME"
echo "na sinimulan ng Batch trabaho sa $ PBS_O_HOST"
echo "PBS trabaho id: $ PBS_JOBID"
echo "Pangalan ng trabaho PBS: $ PBS_JOBNAME"
echo "PBS nagtatrabaho direktoryo: $ PBS_O_WORKDIR"
echo "na sinimulan ng Trabaho sa" `` hostname` date`
echo "Kasalukuyang direktoryo:" `pwd`
echo "PBS kapaligiran: $ PBS_ENVIRONMENT"
echo "################################################ #### "
echo "################################################ #### "
echo "Buong Kapaligiran:"
printenv
echo "################################################ #### "
echo "Job Ang ay pinaandar sa sumusunod na node:"
pusa $ {PBS_NODEFILE}
echo "################################################ ########## "
echo "Job Tapos na:" `date`
exit 0

Mga Kinakailangan :

• Python