BioJava

Ito ay nagbibigay ng Analytical at statistical gawain, parsers para karaniwang format ng file at nagbibigay-daan sa pagmamanipula ng mga pagkakasunud-sunod at 3D na kaayusan.

BioJava ay isang tool para sa pagsisiyasat ng mga posibilidad ng Java sa bioinformatics mundo

Ano ang bagong sa paglabas:.

• Pare-pareho error log. SLF4J ay ginagamit para sa pag-log at nagbibigay adapters para sa lahat ng mga pangunahing pag-log pagpapatupad.
• Pinahusay na pangangasiwa ng mga pagbubukod.
• Inalis pinapagamit na pamamaraan.
• Pinalawak ang BioJava tutorial.
• Na-update dependencies kung saan naaangkop.
• Magagamit na sa Maven Central.

Ano ang bagong sa bersyon 4.0.0:

• Pare-pareho error log. SLF4J ay ginagamit para sa pag-log at nagbibigay adapters para sa lahat ng mga pangunahing pag-log pagpapatupad.
• Pinahusay na pangangasiwa ng mga pagbubukod.
• Inalis pinapagamit na pamamaraan.
• Pinalawak ang BioJava tutorial.
• Na-update dependencies kung saan naaangkop.
• Magagamit na sa Maven Central.

Ano ang bagong sa bersyon 3.1.0:

• Bagong Tampok:
• CE-CP bersyon 1.4, na may karagdagang mga parameter
• I-update sa saklaw 2.04
• Pagpapabuti sa FASTQ parse
• Ayusin ang mga bug sa PDB parse
• Maliliit na mga pag-aayos sa istraktura alignments

Ano ang bagong sa bersyon 3.0.8:

• Bago:
• GenBank writer
• pang-parse para karyotype file mula sa UCSC
• pang-parse para sa mga lokasyon Gene mula UCSC
• pang-parse para sa mga pangalan Gene file mula genenames.org
• Module para Cox pagbabalik code para sa pagtatasa ng kaligtasan ng buhay
• Pagkalkula ng accessible ibabaw na lugar (ASA)
• Module para sa pag-parse .OBO file (ontologies)
• Pinahusay na:
• Representasyon ng klasipikasyon scop at Berkeley-scop

Ano ang bagong sa bersyon 3.0.7:

• Nagdagdag ng basic GenBank parser
.
• Naayos na ang problema kapag ang pagsasalin codons may N.
• Ngayon ay maaari magpakilala bono sa mga istraktura na protina.
• Nagdagdag ng suporta upang i-parse talaan mmcif para organismo at sistema ng expression.
• Maraming mga maliliit na pag-aayos sa bug at pagpapahusay.

Ano ang bagong sa bersyon 3.0.6:

• inilipat Development sa GitHub sa: https: // github.com/biojava/biojava

Ano ang bagong sa bersyon 3.0.5:.

• New parser para sa CATH uuri
• New parser para sa Stockholm format ng file.
• Makabuluhang pinabuting representasyon ng biological mga kapulungan ng mga kayarian ng mga protina. Ngayon ay maaari muling lumikha ng biological pagtitipon mula sa walang simetrya unit.
• Pag-aayos ng ilang mga bug.

Ano ang bagong sa bersyon 3.0.4:

• Ito ang unang-una ng isang bug release fix pagtugon sa mga isyu sa ang mga protina na istraktura at disorder modules.
• Isang bagong tampok:. Maaari na ngayong mag-access scop data mula sa orihinal na scop site sa UK o ang bersyon Berkeley

Ano ang bagong sa bersyon 3.0.3:

• Ang mga makabuluhang pagpapabuti sa module ng serbisyo sa web (NCBI sabog at mga serbisyo hmmer web).
• & quot; Bagong & quot; fastq parser (port mula sa series biojava 1 sa bersyon 3).
• Suporta para sifts-PDB sa UniProt mapping.
• Protmod module ay muling pinangalanan sa modfinder.

Ano ang bagong sa bersyon 3.0.2:

• protina-istraktura: Pinahusay na pangangasiwa ng mga protina na mga domain: Ngayon ay sumusuporta scop. Bagong pag-andar para sa mga automated na hula ng protina domain, batay sa protina Domain pang-parse.
• Maliliit na pagpapabuti at pag-aayos ng bug sa ilang iba pang mga module.
• biojava3-aa-Panukala: Ang bagong module ay nagbibigay-daan sa mga pagkalkula ng physico kemikal at iba pang mga katangian ng protina sequence
.
• biojava3-protina-disorder: Ang isang bagong module para sa mga hula ng mga sakit sa mga rehiyon sa protina. Ito ay batay sa isang Java pagpapatupad ng RoNN hulaan.

Ano ang bagong sa bersyon 3.0.1:

• Ang 3.0.1 release ay pangunahing isang bug fix release para sa mga kamakailan-lamang na 3.0 inilabas na ibinigay ng isang pangunahing muling pagsulat ng mga biojava code base.

Mga kinakailangan

• Java 1.6 o mas mataas