Biopython

Binuo ng internasyonal na koponan ng mga developer ito ay isang ipinamamahagi collaborative pagsusumikap upang bumuo ng Python library at application na matugunan ang mga pangangailangan ng mga gawa sa kasalukuyan at sa hinaharap sa Biyoimpormatika.

Ano ang bagong sa ito release:.

• Bio.Phylo ngayon ay puno konstruksiyon at pinagkasunduan ng mga module, mula sa GSoC trabaho sa pamamagitan ng Yanbo Ye
• Bio.Entrez ay awtomatikong ngayong i-download at i-cache bagong NCBI DTD mga file para sa pag-parse ng XML sa ilalim ng home directory ng user (gamit ~ / .biopython sa Unix tulad ng mga system, at $ APPDATA / biopython sa Windows).

Kasama na ngayon
• Bio.Sequencing.Applications ng wrapper para sa samtools command line tool.
• Bio.PopGen.SimCoal ngayon Sinusuportahan din ng fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-text, hmmer3-tab, at sinusuportahan ngayon hmmer3-domtab output mula sa hmmer3.1b1.
• BioSQL ay maaari na ngayong gamitin ang MySQL-connector ng package (magagamit para sa Python 2, 3 at PyPy) bilang isang kahalili sa MySQLdb (Python 2 lamang) na kumonekta sa isang MySQL database.

Ano ang bagong sa bersyon 1.63:

• Ngayon ay gumagamit ng Python 3 estilo built-in na susunod na pag-andar sa lugar ng .next ang Python 2 style iterators '() method.
• Inalis ang kasalukuyang bersyon ang kinakailangan ng ang 2to3 library.

Ano ang bagong sa bersyon 1.62:.

• Unang release ng Biopython na opisyal na sumusuporta sa Python 3

Ano ang bagong sa bersyon 1.60:

• Sinusuportahan ng Bagong module Bio.bgzf pagbabasa at pagsusulat ng BGZF file ( Naka-block ng GNU Zip Format), isang variant ng gzip na may mahusay na random na pag-access, pinaka karaniwang na ginagamit bilang bahagi ng format ng file daya at sa tabix.
• Ang GenBank / EMBL pang-parse ay ngayong bigyan ng babala sa hindi nakikilalang mga lokasyon ng tampok at magpatuloy sa pag-parse (umaalis sa lokasyon ng tampok bilang None).
• Ang Bio.PDB.MMCIFParser ay pinagsama-sama na ngayon sa pamamagitan ng default (ngunit hindi pa rin magagamit sa ilalim ng Jython, PyPy o Python 3).

Ano ang bagong sa bersyon 1.59:

• Bagong module Bio.TogoWS nag-aalok ng wrapper para sa TogoWS REST API.
• Ang NCBI Entrez Kunin ang function na Bio.Entrez.efetch ay na-update upang mahawakan ang stricter pangangasiwa ng maramihang mga argumento ng ID ng NCBI sa EFetch 2.0.

Ano ang bagong sa bersyon 1.58:

• Isang bagong interface at parsers para sa PAML (Phylogenetic Pagsusuri Maximum na Posibilidad na) pakete ng mga programa, ang pagsuporta codeml, baseml at yn00 pati na rin ng Python muling pagpapatupad ng chi2 ay idinagdag bilang ang module Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO Kasama na ngayon basahin ang suporta para sa ABI file (& quot; Sanger, Kaliporniya & quot; maliliit na ugat sequencing trace ng mga file, na naglalaman ng tinatawag na pagkakasunud-sunod sa Phred katangian)
.
• Ang Bio.AlignIO & quot; fasta-M10 & quot; pang-parse ay na-update upang makayanan ang mga linya marker bilang ginamit sa FASTA bersyon Bill Pearson ay 3.36.

Ano ang bagong sa bersyon 1.57:.

• Biopython ay maaari na ngayong i-install sa buto ng bungang-kahoy

Ano ang bagong sa bersyon 1.56:

• Ang module Bio.SeqIO ay na-update upang suportahan ang mga protina EMBL file (ginagamit para sa mga patent database), IMGT file (isang variant ng format ng EMBL file, na may tulong mula sa Uri Laserson), at UniProt XML file.

Ano ang bagong sa bersyon 1.55:

• May maraming trabaho ay patungo sa Python 3 suporta (sa pamamagitan ng ang 2to3 script), ngunit maliban kung namin sinira ng isang bagay na dapat mong hindi mapansin ang anumang mga pagbabago.
• Sa mga tuntunin ng mga bagong tampok, ang pinaka-kapansin-pansin highlight ay ang command application line tool wrapper class ngayon executable, na dapat gawin itong mas madali upang tawagan ang panlabas na mga tool.

Mga Kinakailangan :

• Python 2.6 o mas mataas