CaPSID ay isang komprehensibong platform open source na Sumasama isang mataas na pagganap Computational pipeline para sa pagkakasunud-sunod pathogen pagkakakilanlan & nbsp; sama-sama at paglalarawan sa tao genomes at transcriptomes may nasusukat na database ng mga resulta at ang isang user-friendly na web-based na application software para sa pamamahala, querying at pagpapakita ng mga resulta.
Pagsisimula
Kakailanganin mo ng MongoDB database, isang Python pag-install 2.6+ at Apache pusang lalaki 6+. Para sa higit pang mga detalye, basahin ang wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What bago ang sa paglabas na ito:
- Pag-aayos Mensahe ng error kapag tumatakbo pagbabawas at pag-align Hindi nahanap
- Higit pang mga trabaho sa pag-aayos ng haba na agad query
Ano ang bagong sa bersyon 1.4.2:
- Tinatanggal ang MongoKit dependency
Ano ang bagong sa bersyon 1.4.1:
- Pag-aayos ng cursor timeout para sa mahabang mga query na tumatakbo istatistika
Ano ang bagong sa bersyon 1.4.0:
- Nagdadagdag ng mga istatistika habang sila ay tumatakbo sa halip na lahat sa dulo
- Sine-save ang natatanging id para sa gene bilang uid
Ano ang bagong sa bersyon 1.2.7:
- Pag-aayos Readme
Ano ang bagong sa bersyon 1.2.6:
- pagbabawas nagsasala out kapag hindi minarkahan gusali na nai-map bumabasa
Ano ang bagong sa bersyon 1.2:
- Utility upang lumikha FastQ mga file mula sa hindi minarkahan bumabasa
- Utility upang bumalik intersection ng FastQ file
- Utility upang bumalik filter FastQ file
- limitasyon ng flag Added mapq sa pagbabawas
- Gbloader ay maaari na ngayong-load ang bakterya at fungal genomes
- Sine-save ang Genome mga pagkakasunud-sunod sa database gamit ang GridFS
- Mas kaunting memory footprint kapag kinakalkula ang mga istatistika
- gumamit ng subprocesses sa halip na os.system
- score mapq upang isama 0
Kailangan ng filter
Ano ang bagong sa bersyon 1.1:
- Nagdadagdag ng suporta para sa mga pares-end na bumabasa
Ano ang bagong sa bersyon 1.0.1:
- Nagdagdag ng suporta para sa pagpapatunay ng MongoDB
Mga Kinakailangan :
- Python
Mga Komento hindi natagpuan