Expression2Kinases

Genome-wide mRNA profiling ay nagbibigay ng isang snapshot ng mga global na estado ng mga cell sa ilalim ng iba't-ibang mga kondisyon. Gayunman, ang mRNA antas ay hindi nagbibigay ng direktang pag-unawa sa upstream regulasyon mekanismo. Expression2Kinases (X2K) ay isang bagong diskarte upang makilala ang upstream regulators malamang na responsable para sa naobserbahang pagbabago sa genome-wide gene expression. Sa pamamagitan ng pagsasama chip-seq / chip at posisyon-timbang-matrices (PWMs) data, pakikipag-ugnayan ng protina-protina, at kinase-substrate phosphorylation reaksiyon X2K maaaring magamit upang makilala ang regulasyon mekanismo upstream ng genome-malawak na pagkakaiba sa gene expression. Ang ideya ay upang unang ipahiwatig ang pinaka-malamang na pagkasalin kadahilanan na pangalagaan ang mga pagkakaiba sa gene expression, pagkatapos ay gamitin ang mga pakikipag-ugnayan ng protina-protina upang ikonekta ang mga kinilala pagkasalin kadahilanan ng paggamit ng karagdagang mga protina para sa pagbuo ng transcriptional regulasyon subnetworks nakasentro sa mga kadahilanang ito, at sa wakas gamitin kinase-substrate protina phosphorylation reaksyon, upang makilala at kandidato rank protina-kinases na malamang pangalagaan ang pagkaayos ng mga kinilala transcriptional complexes. Naglalaman din X2K kasangkapan upang maisagawa ang gene-list analisa pagpapayaman at mahuhulaan mga gamot na maaaring baligtarin o magpagalit pagbabago sa gene expression. . Ang X2K diskarte ay maaaring isulong ang aming pang-unawa ng cell pagbibigay ng senyas at lumutas drugs mekanismo ng pagkilos

Kinakailangan :

Java Runtime Environment 6.0