Gephi

Gephi ay isang kasangkapan upang i-import, galugarin, manipulahin, pag-aralan, filter, clusterize, spatialise at export ng malaking graphs at mga network

Ano ang bago sa release na ito:.

• Ang focus release sa mga bagong tampok para sa parehong mga gumagamit at mga developer, at ang bagong lisensya nagbubukas ng mga pagkakataon para sa negosyo. Ang Ranking at Preview modules ay ganap na muling pagsusulat sa isang modular na paraan at maaaring extended na ngayon sa mga plug-in! Preview ay maaaring ngayon ay pinalawig sa maraming mga paraan, halimbawa grupo hugis o edge bundling. Bukod dito, tuloy-tuloy na pag-unlad na ito ay ginawa sa mga dynamic na network ng suporta at pakawalan natin ngayon ang huling malaking bahagi: mga istatistika sa paglipas ng panahon, na makukuha mula sa module Statistics kapag ang network ay dynamic. Salamat sa mga gumagamit na iniulat bug, ito ay ang tanging paraan upang ayusin ang mga ito.

Ano ang bago sa bersyon 0.7 Beta:

• Bagong tampok:
• New Data Laboratory (Manipulahin haligi, Search / Palitan, Sumanib, Sparklines ...)
• haba visualization network, topology pagbabago sa paglipas ng panahon, pati na rin ang mga katangian
• Timeline ngayon ay nagtatrabaho nang maayos, lilitaw awtomatikong kapag ang graph ay dynamic, solong button upang paganahin ang pag-filter
• Ipakita / Itago ang mga label mula sa mga filter - maaaring i-reset sa pamamagitan ng 'I-reset ang Nakikita' action (sa kaliwa ng window graph)
• Display edge timbang bilang mga label sa visualization
• New STAX GEXF email at tagalipat, sa hierarchy at dynamic na pag
• Bagong List / Arrays attribute uri. Maaaring ma-import lamang mula GEXF para sa ngayon.
• HINDI Operator (filter)
• mask Operator (filter) - panatilihin ang mga gilid ng ayon sa source / target / parehong / anumang - ay madaling makakuha ng mga kapitbahay ng isang set ng mga nodes
• patagin Filter - patagin isang hierarchical graph sa mga nakikitang view, ibahin ang anyo ng meta-gilid sa normal gilid
• New Giant Component Filter
• import Time Frame, bagong opsyon sa 'Import ng Ulat' upang i-import ng sunud-sunod na static na mga file at ibahin ang anyo sa dynamic
• slider Zoom sa mga pagpipilian visualization
• pagpipiliang 'Import nawawalang nodes' sa ulat import - piliin kung upang lumikha ng mga ito o hindi
• Itakda ang laki para sa 'I-reset ang Sukat' action, sa pamamagitan ng pag-right click sa pindutan ng size reset
• Kumuha antas haligi mula undirected graphs
• Statistics mga ulat na-save na ngayon sa Gephi proyekto
• hitsura ang parehong bilang ng Pangkalahatang-ideya
option Bagong 'rescale Timbang' sa Preview, upang pilitin ang timbang
• 'Orihinal' option Bagong para sa mga gilid ng kulay sa Preview, mapigil ang orihinal na kulay edge, na nagmumula sa Partition halimbawa
• Kopyahin at ilipat nodes sa bago o umiiral workspace
• New preview presets
• localization ay posible na ngayon, at baguhin ang wika mula Gephi
• Kapag parallel dulo ay natagpuan sa panahon ng pag-import, ito ngayon ay nagdaragdag ang bigat ng gilid sa pamamagitan ng default
• Pagpipilian sa pagkamakaako Filter upang isama ang mga magulang na node o hindi
• Meta-gilid ay may nakahiwalay na slider scale sa mga setting ng Visualization ngayon, palitan kung paano makapal sila ay inihambing sa normal na gilid
• Ranking at Partition listahan ng mga katangian ay nakaayos ngayon
• Ranking ngayon update ang sarili sa nasala graphs. Pag-click sa Ilapat ay i-refresh hangganan at ang pagbabagong-anyo (kulay, laki) ay tama
• Ito ay posible na ngayon upang i-drag ang isang filter sub query upang maging isang pangunahing query
• Sa pamamagitan ng dynamic na mga katangian, Ranking, Partition, Visualization at mga filter ay gamitin ang mga kasalukuyang hanay Timeline upang mahanap values ​​
• Edge timbang ay maaaring maging dynamic, type DYNAMIC_FLOAT. Force Atlas layout ay gamitin ang mga kasalukuyang hanay Timeline
• Ang mga filter ay refresh kapag ang graph ay nabago, ang kasalukuyang filter ay reexecuted
• localization ay posible, French ngayon at Espanyol ay magagamit sa lalong madaling panahon
• Bugfixes:
• Maling edge inalis mula Edge Timbang filter (bug 603469)
• Pagsala sa matambok hulls ipinapakita (bug 541819)
• NullPointerException kapag pagsala undirected graphs (bug 571153)
• NullPointerException sa pag-import dynamic graph (bug 581872)
• gtk + problema slider (bug 529913)
• Meta-gilid ay hindi ipapakita (bug 584283)
• Preview ay hindi nagpapalabas meta-gilid (bug 584289)
• Mga Error sa Yifan Hu Multilevel Layout sa isang nasala graph (bug 594643)
• Laki Node Mode at Filter paramaters huwag i-save sa proyektong (bug 596430)
• tumagas Memorya GEXF / GraphML Parser (bug 596872)
• Maling mutual edge timbang sa Preview (bug 610469)
• Pag-unlad ay hindi ipinapakita kapag binubuksan / pag-save ng mga proyekto (bug 594644)
• Hindi ma-cancel ang isang pambungad na proyekto (bug 616415)
• kabagalan sa pagpili ng isang pagkahati entry (bug 519549)
• EdgeList Database Configuration ay hindi nai-save na (bug 571263)
• 'magsimula' at katangiang 'dulo' ay ang mga nawawalang kapag export dynamic GEXF (bug 521848)
• Partition & quot; Lahat ng mga Blacks & quot; Ang tampok na randomizes kulay (bug 601066)
• Hindi nailipat Sinala graph na may & quot; Piliin ang & quot; pinindot (bug 573685)
• Mga setting Partition in Filter hindi nai-save sa paglipat workspaces (bug 616052)
• Pagbukas archive ZIP file ay nasira (bug 578876)
• Exception sa pag-click sa 'Hierarchy' habang tumatakbo multilevel layout (bug 631663)

Data
• GraphML email ay hindi import node label (bug 581629)
• Hindi ma-save / sine-save bilang kapag pagbubukas ng isang Gephi pamamagitan doubleclick isang graph sa Windows (bug 583397)
• ForceAtlas at hindi layouting Fruchterman Reingold sa meta-gilid (bug 584286)
• tumagas Memorya Graph Distance (bug 587450)
• NullPointerException kapag Isinasagawa ang & quot; Eigenvector Sentro & quot; Statistic (bug 589731)
• NullPointerException kapag lumilipat sa pagitan workspaces habang ang isang layout ay tumatakbo (bug 597458)
• Hindi-drag ng isang filter sub-query para maging isang root query (bug 626495)
• Ranking parameters muling initialize sa bawat bagong ranking (bug 594231)
• Hindi refresh Ranking kapag nasala graph (bug 632459)
• Node invisible (masyadong maliit) kapag nilikha gamit ang mga node na lapis (bug 574807)
• Error kapag pagbubukas Plugin Center (bug 616829)
• Hindi mapili Postgresql driver sa import database ng mga setting (bug 595223)
• Hindi maipakita gilid pagbaba ng bilang teksto (bug 603134)
• I-import anyo upang undirected huwag sumanib timbang (bug 603478)
• I-right click workspace pagkatapos ng pagtanggal ng isang node throws & quot; node ay hindi maaaring maging null & quot; (Bug 605947)
• Sa / Out na degree metric ay hindi gumagana sa undirected graphs (bug 606305)
• NullPointerException kapag pumipili ng & quot; - Pumili ng isang Layout & quot; sa ComboBox Layout (bug 606964)
• workspace Pinili nabigo upang i-refresh matapos ang pagsasara workspace (bug 616814)
• selection Visualization pagbabaligtad ng kulay sa pagitan ng 'out' at 'parehong' color (bug 618726)
• 'Format' Hindi kinikilala sa DL import (bug 619069)
• I-edit ang window hindi nakatago sa tabs (bug 552494)
• dynamic graph nakikilalang kung walang hanggang nodes (bug 555637)
• FileNotFoundException panahon ikaliligtas ng mga PDF file (bug 572876)
• & quot; Node dapat nasa graph & quot; error kapag ini-import ang isang hierarchical graph na may taas na mas malaki sa 1 (bug 577180)
• Auto-scale flips graph (bug 577843)
• imposible upang ikansela ang Average Haba ng Path Statistic pagkalkula (bug 590226)
• Preview ratio hindi magagamit sa unang pagkakataon (bug 594176)
• Default na pagpipilian ng mga nodes sa Data Laboratory kinakailangan (bug 594515)
• & quot; CommandLineParsing null & quot; mensahe kapag error sa pagbubukas ng file mula sa command line o desktop (bug 594630)
• Hindi ma-import ang parehong file sa dalawang beses sa Welcome window (bug 598157)

Problema
• csv file export (bug 598767)
• Hindi Puwede malapit proyekto kapag pagbuo ng isang graph (bug 631341)
• size Visualization limitasyon (bug 602470)
• duplicate label sa window filter (bug 604003)
• Partitions huwag i-refresh kapag nagbubukas ng proyekto ay hindi mula sa Pangkalahatang-ideya ng (bug 612902)
• z-coordinate hindi nai-export sa GraphML (bug 614606)
• Maling posisyon node kapag nagse-set X o Y sa zero (bug 615844)
• Mga Napiling query filter hindi maayos refresh sa UI (bug 626483)
• I-export sa pdf background ay palaging white (bug 583386)
• files SVG hindi nakalista sa Export dialog (bug 626394)
• Maling size node kapag Ranking may parehong min at max na laki (bug 631689)
• Basahin posisyon mula sa tuldok file (bug 594793)
• Ranking at mga parameter Partition listahan ay hindi nag-utos (bug 594520)
• Node Degree hindi sa Label settings Text (bug 598170)
• Maling folder na napili sa Export Panel kapag ang pagbabago ng uri ng file (bug 620337)
• Sa pagbuo ng isang graph sa isang nakaraang nai-load undirected graph (bug 624671)
• Maling stroke timbang kapag imported SVG sa ilustrador (bug 626378)

Hindi refresh
• Filtering kapag sub-query itakda o inalis (bug 594511)
• Mga Error sa PDF export kapag label font size zero (bug 626865)
• Text hindi ipinapakita sa Preview (bug 627567)
• Gilid katutubong kulay ay hindi ipinapakita sa Preview (bug 586237)
• scale Edge timbang ay iba sa pagitan Graph at Preview (bug 569329)
• Negatibong gilid hindi nai-render sa Preview (bug 628223)
• Gilid timbang ay hindi isinama sa parallel gilid (bug 648600)

Awtomatikong sinasala
• filter Partition null halaga (bug 648600)
• Exception sa pagbubukas ng proyekto file (bug 648617)
• pagkamakaako Filter ay hindi kasama ang node mismo (bug 649908)
• PDF Export lamang sa default font (bug 651273)
• nodes hindi unselected pagkatapos na i-off ang Pinili sa Panel Filter (bug 649920)
• API:
• Magdagdag ng isang patagin () paraan upang HierarchicalGraph upang patagin ang hierarchical graph at anyo meta gilid sa regular na mga gilid.
• Magdagdag sirain (filter Filter) sa FilterBuilder upang makatanggap ng balita kapag ang isang query filter ay tinanggal at clean-up.
• Magdagdag MetaEdgeBuilder sa Graph SPI upang payagan ang mga pasadyang mga manggagawa. Magdagdag GraphSettings.setMetaEdgeBuilder () sa mga setting ng model graph.
• Baguhin ang StatisticsModel sa tindahan ng mga ulat nang direkta sa halip ng Statistics halimbawa. Bilang isang resulta, ang mga modelo ay may isang getReport () at isang getResult () method na maaaring gamitin UI ngayon. Ang kasalukuyang tumatakbo statistics ay maaari na ngayong makakuha ng isang bagong getRunning () method.
• Gawing simple at mapabuti ang pamamahala attribute events. Tagapakinig Event ngayon direkta subscribe mula sa AttributeModel halip ng AttributeTable at makakatanggap ng mga kaganapan para sa lahat ng mga talahanayan. Refactoring ng AttributeEvent klase sa AttributeTable bilang source at isang bagong AttributeEventData object bilang data. Isang bagong SET_VALUE ay naipatupad para sa pagkuha ng mga kaganapan kapag mga halaga ng katangian ay nakatakda.
• Ang mga pagbabago sa AttributeRowFactory, tumatagal ngayon ang newNodeRow () method sa object-ari NodeData bilang isang parameter. Katulad din para newEdgeRow () at newRowForTable ().
• Magdagdag getEdge (Node, node) sa GraphAPI para sa mga dahilan ng pagbabago.
• Ang mga pagbabago sa Processor SPI. Processor ngayon setters ay sa halip ng isang proseso () method sa mga parameter. Paano processors ay nilikha ay mananatiling pareho. Paglikha ng isang interface ProcessorUI para sa pagsasaayos ng mga setting processors. A ProcessorUI pagpapatupad ay nagbibigay ng isang panel, na kung saan ay ipapakita kapag ang mga ulat import ay pagsasara. Ay nagpapahintulot din sa ProcessorUI upang huwag paganahin ang isang processor na may ilang mga kundisyon.
• Magdagdag getColor () method sa NodeDraft at EdgeDraft.
• Tukuyin ang & quot; Pangkalahatang-ideya, & quot; Data Laboratory & quot; at & quot; Preview & quot; pati pananaw. Gumawa ng bagong SPI para perspecives at mga miyembro ng mga pananaw. Ang mga miyembro ay ang TopComponent na nabibilang sa isang perspektibo lang. Maaaring ipatupad plugins PerspectiveMember upang tukuyin ang bukas at malapit na pag-uugali.
• Magdagdag uri listahan / array sa Attribute API. Lahat ng mga katutubong uri ay may isang kaugnay na uri ng listahan, maliban dynamic uri ngayon. Ang mga uri ng listahan nagmamana mula AbstractList.
• Ang mga pagbabago sa paraan na trato Import API sa pagitan ng oras at dynamic data. Suporta para sa mga dynamic na mga katangian ay idinagdag sa isang bagong addAttributeValue () method sa NodeDraft at EdgeDraft. Para sa pagpapabuti ng paglilinis data posibilidad, nagbabalik ngayon NodeDraftGetter at EdgeDraftgetter isang AttributeRow sa halip ng isang listahan ng mga halaga ng katangian lamang. Panghuli upang kumita mula sa mga huling pagpapabuti, nagbabalik draft elemento direkta sa isang TimeInterval type sa halip na ang listahan ng mga hiwa. Pamamaraan sa 'slice' ay pinalitan ng 'Palugit' para sa mga dahilan ng pagbabago.
• Magdagdag dynamic uri sa Attribute API. Uri values ​​Dynamic na tindahan na may isang oras na interval at query ay maaaring customized sa estimators. Lahat ng mga dynamic na mga uri magmana mula DynamicType
• Graph API pagpapabuti ng pamamahala ng kaganapan. Ang GraphEvent may tiyak na ngayong mga kaganapan, kabilang ADD_NODES, REMOVE_NODES, ADD_EDGES, REMOVE_EDGES at VISIBLE_VIEW. Isang bagong interface GraphEventData ay nilikha upang makuha ang mga elemento na may kinalaman sa mga kaganapan.
• API Export refactoring, inspirasyon mula ImportAPI. Lumikha ng interface ExporterBuilder para tagalipat paglikha at iba't-ibang mga exporters: GraphExporter, VectorExporter, ByteExporter at CharacterExporter na sumasaklaw karaniwang mga kaso. Ang paraan exporters isulat ang data ay rationalized sa pamamagitan ng paggamit ng alinman sa java.io.Writer (text) o java.io.OutputStream (byte). Ang ExportController ay pinabuting upang suportahan ang lahat gamitin-kaso, kabilang ang file, manunulat at stream export.
• Magdagdag pasak ng suporta sa mga ImportAPI at SPI. Tulad DatabaseImporter, ang SpigotImporter interface ay isang bagong uri ng mga importer. Pagbabago may din ginawa sa mga ImportController upang suportahan ang pasak import.
• Refactoring at mga pagpapabuti sa Import API at SPI. Ang refactoring layunin ay upang malutas ang walang issue sa mga importer at ipaalam sa mga gumagamit ipatupad tagapagtayo interface na lumikha ng mga importer halimbawa. Kaya ang isang ImporterBuilder interface ay nalikha na at dapat ay nakarehistro saServiceProvider annotation. Ang mga uri ng mga iba't-ibang mga importer ay pinasimple at umalis ng mas maraming pagpipilian sa pagpapatupad tungkol sa kung paano ang input ay pinamamahalaan. XML at Text file mga importer ay ipinagsama sa isang interface FileImporter, nagtatrabaho sa mga java.io.Reader. Utility static na paraan, halimbawa makakuha Document mula Reader ay maaari na ngayong matagpuan sa isang bagong ImportUtils class. ImportController Ang ay pinasimple para sa mga import ng File at ngayon ay tumatanggap java.io.Reader din. Ang pangunahing mga pagpapabuti sa mga module na ito sa pamamagitan ng suporta ng mga sangkap ng UI para sa mga importer. Ang layunin ay upang ipaalam sa mga importer tukuyin ang isang ImporterUI pagpapatupad upang pamahalaan ang mga setting ng mga importer.
• Pagpapabuti sa GraphAPI tagapagkilala management. Ang sistema ay pagtatago ngayon String tagapagkilala nanggagaling mula sa mga gumagamit. New getters at pamamaraan setters ay nilikha sa Graph: Graph.setId (Node, String), Graph.setId (Edge, String), Graph.getNode (String), Graph.getEdge (String). Ang NodeData.setId () at EdgeData.setId () pamamaraan ay inalis, hindi maaaring manatili sa compatibility. Factory ay ring nagbago upang payagan upang lumikha ng mga elemento na may String ID direkta, tulad ng ito ay hindi posible na ngayon upang gawin ito mula NodeData.
• Ang mga pagbabago sa AttributesAPI sa pamamahala ng kaganapan. Ang sistema ng lookup sa AttributeTable ay papalitan sa pamamagitan ng isang mas tradisyunal na sistema ng pamamahala ng kaganapan, na may bagong AttributeEvent at AttributeListener interface. Ang pagpapadala ng pagpapatupad ay din ngayon sa isang hiwalay na thread.
• Ang mga pagbabago sa Import modules sa hiwalay na core at user interface. Ang ImportController ngayon ay ginagawa import gawain lamang at isang bagong ImportControllerUI ay nagpapalabas ng user interface (Report Panel). Ang ImportControllerUI interface ay matatagpuan sa mga module DesktopProject at dapat na maging maayos ang import na file mula sa plugins user. Ang mga pamamaraan ImportController maaaring gamitin mula sa toolkit.

Ano ang bago sa bersyon 0.7 Alpha 4:

• Ang alpha4 release ay pinakawalan, at dumating may isang hanay ng mga bagong tampok at maraming bufixes. Ang susunod na release ay dapat na beta at sumama sa mas katatagan at isang nakapirming hanay ng mga tampok.

Ano ang bago sa bersyon 0.7 Alpha 3:

• Higit sa 25 bugs ay nakatakda sa bersyon na ito , idinagdag at ilang maliliit na mga tampok. Nagdadagdag din version Ang & quot; Gephi 3rd Party & quot; plugin source sa plugins center. Catalog ay kasalukuyang basahin mula sa parehong mga opisyal at 3rd party na mapagkukunan. Dalawang bagong modules naidagdag.

Ano ang bago sa bersyon 0.7 Alpha 2:

• Bagong tampok:
• Mas mahusay na gilid support timbang. Timbang ay hindi nabago anymore sa pamamagitan ng & quot; auto-scale & quot; option sa import.

Pagbilang
• Better nodes / gilid. Ibinibilang nakikita lamang ng nodes.
• Pagbutihin Statistics / Metrics panel ng mga setting. Magdagdag paglalarawan at babasahin tungkol sa mga sukatan at ang kanilang mga setting.

I-save ang
• Project / load ay naitama. Tandaan na ang pagiging tugma sa 0.7alpha1 ay nasira.
• Ayusin ang mekanismo autoupdate. Karagdagang mga update ay magagamit sa pamamagitan ng built-in updater.
• Bugfixes:
• Application freeze kapag ini-import ang file sa Linux (bug 519423)

Hindi maaaring ibalik
• Layout Window kapag ito ay undocked (bug 519424)

Hindi makikita
• ANNER sa Mac OS X at Linux (bug 522403)
• Preview ay hindi itago nasala elemento (bug 522402)

Nabigo
• load Project / i-save ang interface (bug 522889)
• walang laman ang label node ay nagiging sanhi ng hindi tamang mensahe ng error sa panahon import & quot; unkown node id & quot; (Bug 519254)
• Sa GDF export, pag-alis ng isang haligi ay hindi alisin ang comma (bug 519810)
• Sa GDF export, ang patlang Id ay masama nakatakas (bug 519820)
• Attribute filtering edge masamang asal (bug 522771)
• data ay hindi gumagana sa undirected graph Konteksto (bug 522886)

Nagpapakita
• Dynamic filter 0 node (bug 523128)

Gumagana lamang
• Mga opsyon tag para sa mga halaga ng one-letter (bug 519252)
• Mga Paborito, Katangian at Output menu ay lilitaw sa Window at hindi maaaring sarado. (Bug 521400)
• pinabuting performances kapag nag-aayos ng hanay sa mouse (bug 521939)
• fixed bug kapag pagharap sa mga dynamic na mga uri ng data sa iba pang mga petsang iyon (bug 521544)
• fixed bug sa visual repartition ng pagtatapos (bug 521941)
• usability:
• Node at button Edge toggle sa VizBar may parehong teksto ng tooltip
• Report Panel (Import) ay patayo extensible
• Na-update Module:
• DesktopContext
• DesktopBranding
• DesktopHierarchy
• DesktopPartition
• DesktopRanking
• DesktopTools
• VisualizationModule
• DesktopImport
• DesktopLayout
• ProcessorPlugin
• DHNSGraph
• DesktopTimeline
• TimelineAPI
• TimelinePluginUI
• ExportPlugin
• ImportPlugin
• StatisticsPluginUI
• GraphAPI
• ExportPluginUI
• PreviewImpl
• DesktopPreview
• FiltersPlugin
• ImportAPI
• DesktopFilters
• ProjectAPI

Ano ang bago sa bersyon 0.7 Alpha:

• Ang Gephi 0.7 alpha bersyon ay pinakawalan at ito ay magagamit para sa mga layunin sa pagsubok. Bilang 0.7 ay isang kumpletong muling pagsusulat, ito ay kailangang bersyon alpha at beta na froze tampok at ayusin ang lahat ng mga bug.
• Ang lahat ng natitirang 0.6 bugs ay nabura na ngayon.
• Ang isang karagdagang paalala tungkol sa source code: Kailangan mong i-update ang Netbeans 6.8 sa kasalukuyang modules update na katugma sa mga kasalukuyang repositiory
.

Ano ang bago sa bersyon 0.6 Beta 3:

• Mga bug na may kaugnayan sa 0.6 serie ay malinis na. Kami ay muling pagsasaayos upang gawin itong malinaw sa 0.7 development.
• Ang katotohanan ay, 0.7 ay ganap na bagong kumpara sa 0.6, kaya bugs ay hindi naka-link at 0.6 pag-unlad ay tumigil.
• Samakatuwid ang tanging bagay na gawin ay ang maghintay para sa 0.7 alpha pagdating.
• Hindi na kailangang sabihin ng mga ulat bugs ay umiiral pa rin at kumuha kami ng magandang pag-aalaga ay hindi paulit-ulit na parehong pagkakamali para sa 0.7.

Kinakailangan :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment
• OpenGL