Malign

Ang maramihang mga pamamaraan ng pagkakahanay ipinatupad sa siraan malapit parallels sa mga ginagamit sa paghahanap para sa minimum na haba cladograms. Ang lohika at programa utos ay maging malinaw sa mga pamilyar sa mga programa tulad ng Hennig86, NONA, at PAUP. Linya topologies ay itinayo sa pamamagitan ng iba't-ibang mga sequences at pinabuting sa pamamagitan ng pagpapalitan ng sangay. Bawat alignment topology ay magbubunga ng isang maramihang pagkakahanay at cladograms ay itinayo mula sa na alignment. Ang halaga ng mga pinaka maigot cladogram pagkatapos itinalaga bilang ang maramihang mga cost alignment.