Panama ay isang nobelang probabilistic modelo sa account para sa confounding kadahilanan sa eQTL pag-aaral, na nakasulat sa Python.
Nakatago confounding kadahilanan, tulad ng hindi napapansin covariates o hindi kilala banayad na perturbations ng kapaligiran ay maaaring lumikha ng hindi totoo false asosasyon o ilihim real genetic signal ng kapisanan. Sa kaibahan sa nakaraang pamamaraan, Panama natututo nakatagong mga kadahilanan sama-sama na may ang epekto ng kitang-kitang genetic regulators. Bilang isang resulta, ang bagong modelo ay maaaring mas tumpak na makilala ang tunay na signal ng genetic kaugnayan mula sa confounding pagkakaiba-iba.
N. Fusi, Oh. Stegle at nd Lawrence, "Pinagsamang mga pagmomodelo ng mga kadahilanan confounding at kitang-kitang genetic regulators Nagbibigay ang mas katumpakan sa genetiko Genomics pag-aaral", PLoS Computational Biology, 2012
Higit pang impormasyong sa http://ml.sheffield.ac.uk/qtl/panama.html
Requirements:
- Python
Mga Komento hindi natagpuan