RAPTOR

RAPTOR ay isang makabagong software na dinisenyo para sa tumpak na hula ng istraktura na protina. Ito ay pinagsasama advanced na mga kasangkapan sa pagtatasa sa isang pinagsamang solusyon ng software at nagbibigay ng tatlong iba't ibang mga pamamaraan threading. Natatanging integer programming optimization diskarte RAPTOR ay pinaka-epektibo para sa paghahanap ng mga template ng istraktura ng mga target na may mababang sequence homology at ay magagawang upang bumuo ng mataas na kalidad na mga modelo. Ang madaling-gamitin na interface at madaling-maintindihan values ​​E ay tamang-tama para sa mga nagsisimula at mga eksperto. Higit sa lahat, ang intuitive display ng output ay nagbibigay-daan sa mga gumagamit upang maunawaan ang mga resulta lamang sa isang sulyap. Dahil sa isang sequence ng protina target, kung may isang homologo protina na may kilala 3D istraktura, ito ay maaaring matagpuan sa pamamagitan ng paggamit ng mga kasangkapan sa paghahanap sequence tulad PSI-sabog, ibinigay din sa RAPTOR. Ang istraktura target ay pagkatapos ay binuo mula sa mga kilala istraktura; gayunpaman, kapag ang pagkakasunod-sunod homology ay hindi makabuluhan, ibig sabihin, mas mababa sa 25%, PSI-sabog ay hindi maaaring magkaroon ng isang tiwala hit. Hindi tulad ng PSI-sabog, na kung saan ay lamang ng isang search sequence, protina threading, tiklop na pagkilala, ay gumagawa ng paggamit ng parehong mga homology at istraktura ng impormasyon. Ito Sinusuri ang pagkakasunod-sunod ng protina na may isang hindi kilalang istraktura laban sa isang database ng mga kilalang istruktura. Sa pamamagitan ng paggamit ng function pagpupuntos at pagsasagawa ng pagsusuri compatibility sa pagitan ng tatlong-dimensional istruktura at linear sequence ng protina, ang pinakamahusay na mga istruktura ng template na ito ay makikilala mula sa kung saan upang bumuo ng istraktura sa pagkakasunod-sunod ni. Bilang isang resulta, protina threading ay nagbibigay ng isang superior hula sa homology modelling kapag may gilid sequence homology

Limitasyon .

Limited functionality