relax

relaks ay isang open source at malayang ipinamamahagi software proyekto na ay dinisenyo para sa pag-aaral molecular dynamics sa pamamagitan ng pagsusuri experimental NMR data, na sumusuporta sa organic molecules, RNA, protina, sugars, DNA, at marami pang ibang biomolecules.

relaks sumusuporta sa ilang NMR theories, nagpapatupad iba't ibang mga tool sa pagtatasa ng data bilang modular sangkap, at maaari itong mag-interface sa iba pang mga programa, tulad ng Dasha at Modelfree. Bukod pa rito, ito ay sumusuporta sa isang malawak na hanay ng NMR theories, incorporates ng ilang mga kasangkapan sa pagtatasa ng data, nagpapahintulot sa mga user upang maisalarawan data, pati na rin ang makipag-ugnay sa ibang mga programa.

Sa kabila ng katotohanan na ang application ay may parehong isang CLI (Command-line Interface) at GUI (Graphical User Interface) front-end, ilang mga third-party graphical user interface (GUI) na umiiral para magpahinga.

Kabilang sa mga suportadong uri ng pinag-aaralan, magpahinga maaaring panghawakan relaxation pagpapakalat, hindi pabago-bago pagsubok ng maramihang mga patlang NMR (Nuclear magnetic lagong) relaxation data, N-estado modelo at frame order, model-free pag-aaral, R1 at R2, NOE, RSDM (Nabawasan Spectral Density Mapping), pati na rin ang stereochemistry pagsisiyasat.

Upang i-automate ang proseso ng data analysis, ito ay posible upang lumikha ng napaka kumplikadong mga script sa pamamagitan ng gamit ang mga bloke gusali. Para sa mga ito, ang mga developer magbigay ng iba't ibang mga script sample na makakatulong sa iyo upang maunawaan ang mga script konstruksiyon at upang mas madaling lumikha ng iyong sariling grupo.

Naghahanap sa ilalim ng hood, maaari naming mapansin na ang programa ay ganap na nakasulat sa mga programming language Python at gumagamit ng cross-platform Qt GUI toolkit para sa kanyang graphical user interface, na nangangahulugang ito ay tumatakbo sa Linux, Microsoft Windows at Mac OS X mga operating system.

Ang application ay magagamit para sa pag-download bilang binary archives para sa maraming mga GNU / Linux operating system, na sumusuporta sa parehong 32-bit (x86) at 64-bit (x86_64) pagtuturo set architectures, pati na rin ang isang pinagmulan tarball.

Ano ang bago sa ito release:

• Mga Tampok:
• Maraming mga pagpapabuti para sa compilation ng HTML na bersyon ng manual relaks.
• Na-update relaks upang maalis ang lahat FutureWarnings mula numpy & ge; 1.9, sa hinaharap-katibayan relaks laban paparating na pagbabago numpy pag-uugali.
• Kakayahan na hawakan replicated R2, eff data mga puntos sa pamamagitan ng pag-andar relax_disp.r2eff_read user, ngunit ang pagdaragdag 0.001 sa dalas na halaga para sa replicated point.
• Ang isang bagong sample script para sa loading ng isang modelo-free resulta ng file at back-pagkalkula data relaxation.
• Pagpapabuti para sa paghawak ng PDB estruktural data.
• Pagpapatupad ng user function na structure.pca para sa pagganap ng mga prinsipyo pinag-aaralan na bahagi (PCA) ng isang grupo ng mga istraktura.
• Ang pagdagdag ng isang script para sa mabilis na paglawak sa Google Cloud Computing infrastructure.
• Mga Pagbabago:
• Ayusin para sa matibay frame sunod modelo 2nd degree frame sunod matrix sa manwal. Ang maling simbolo ay ginagamit.
• Inalis ang newparagraph at newsubparagraph kahulugan mula manual LaTeX. Ang mga ito ay nagiging sanhi ng salungatan sa latex2html, na pumipigil sa HTML na bersyon ng manu-manong mula sa pagiging naipon. Ang mga kahulugang ito ay hindi kinakailangan para sa kasalukuyang set up ng sectioning sa manwal.
• Binago ang maikling caption sa bagong frame modelo kabanata ng manwal. Ang runik á> ž karakter ay pinalitan sa pamamagitan lamang ng 'Daeg'. Ito ay dahil sa hindi pagkakatugma sa latex2html na pinipigilan ang HTML manual mula sa pagiging naipon.
• Pag-alis ng ang kahulugan ng isang nakapirming lapad haligi ng talahanayan mula sa manwal LaTeX preamble. Ito ay kinakailangan bilang ang kahulugan break latex2html compatibility, nagiging sanhi ng isang katiwalian sa figure numbering na nagreresulta sa ang mga imahe sa HTML na mahalagang randomized.
• Pag-alis ng mga accent package upang payagan ang HTML manual na naipon. Ang accent LaTeX package ay hindi tugma sa latex2html, kaya ang pinakamadaling ayusin ay upang puksain ang mga package.
• Manu-manong Pinaikot ang frame upang matrix elemento EPS manual numero, para latex2html compatibility. Ang '90 rotate 'command has been deleted at ang bounding box permuted bilang b c d - & gt; b -c d -a. Ito ay nagpapahintulot sa anggulo argument sa includegraphics {} utos na bumaba, pati latex2html ay hindi kilala na ito. Pinapayagan nito ang mga numero na nakikita sa HTML bersyon ng manu-manong.
• Palitan ang disenyo ng frame upang parameter nesting table sa manu-manong para latex2html compatibility. talahanayan ay gumagamit ng TikZ pakete, na kung saan ay nakamamatay para latex2html, kahit na hindi ginagamit. Kaya't ang dulang sa loob ng docs / latex / frame_order / parameter_nesting.tex file ay nai-convert sa isang standalone LaTeX dokumento upang lumikha ng isang maigsi pahabol bersyon ng TikZ format table. A compilation script ay naidagdag pati na rin. Ang nanggagaling * PS file ay kasama na ngayon sa PCS seksyon numerical integration, sa halip na ang seksyon na ito paglikha ng TikZ table. Lahat TikZ preamble text ay tinanggal dahil upang payagan latex2html upang tumakbo.
• Workaround para latex2html hindi ma-hawakan ang allrunes package o nauugnay font. Sa paunang salita htmlonly kapaligiran, ang frame upang simbolo ay redefined gamit ang text 'Daeg' sa halip na ang runik karakter á> ž.
• Pag-aayos para sub at superscript sa buong manwal. Ito introduces {} sa paligid ng lahat sub at superscripted textrm {} pagkakataon. Na ito ay hindi kinakailangan para sa mga PDF na bersyon ng manu-manong bilang ang nawawalang bracket problema ay iwasan, ngunit ito ay nakakaapekto sa HTML bersyon ng tinipon ng latex2html manual, kung saan ay nangangailangan ng tamang notation. Ang pag-aayos ay para sa parehong mga bagong frame sunod chapter pati na rin ang relaxation pagpapakalat kabanata.
• Pag-edit at pag-aayos para sa relaks 4.0.0 bahagi ng PAGBABAGO file.
• Na-update at pinabuting mga tagubilin wiki sa relaks release checklist dokumento.
• Isa pang wiki pagtuturo tungkol sa pagsusuri para sa mga patay na link sa release checklist dokumento.
• Higit maliit na pagbabago sa seksyon ng 'Announcement' ng release checklist dokumento.
• Na-update ang shell script para sa paghahanap ng mga dobleng mga pamagat sa ang mga file LaTeX ng manwal.
• Pinalitan ang mga dobleng pamagat sa paghahanap ng shell script sa isang sawa script. Ang Python script ay malayo mas advanced at ay gumagamit ng isang iba't ibang mga logic upang makabuo ng isang talaan ng mga replicated mga pamagat at ang kanilang bilang. nagbabalik din script isang Nabigo ang status exit kapag replicates umiiral.
• Pinalitan ang replicated title paghahanap Python script na gumamit ng isang klase istraktura. Ito ay nagpapahintulot sa script na ma-import bilang module. Ang magtiklop pasiya ay Paglipat sa isang find () klase method.
• Pinalitan ng pangalan ang magtiklop title paghahanap script.
• Inalis ang duplicate LaTeX title paghahanap shell script. Ito ngayon ay pagdederekta sa pamamagitan ng malayo mas advanced Python script.
• Ang scons compilation ng PDF at HTML manuals ngayon tseke para replicated pamagat. Ang isang bagong replicate_title_check target ay naidagdag na sa ang scons script. Ang mga tawag sa find () method ng magtiklop LaTeX title paghahanap script upang matukoy kung mayroon man pamagat ay replicated, at kung gayon ang scons target nagbabalik sa isang sys.exit (1) tawag. target na ito ay naka-set sa simula ng user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons target. Ang resulta ay na ang manu-manong ay hindi maaaring naipon kung magtiklop pamagat umiiral, pagpilit na ang mga pamagat upang maging nagbago. Ang resulta ay na ang mga HTML na pahina ay ang lahat ay natatangi, bilang replicated pamagat resulta sa lamang ng isang HTML na pahina na nilikha para sa lahat ng mga seksyon.
• Pag-aalis ng replicated mga pamagat sa mga pinagkukunan LaTeX na ang bagong frame sunod chapters ipinakilala.
• Pag-alis ng isang lumang replicated pamagat sa pinagkukunan LaTeX para sa manu-manong. Ito ang title 'Model-free analysis' na kung saan ay ginagamit para sa buong tiyak na pagtatasa chapter pati na rin ang para sa mga modelo-free pagtatasa seksyon ng mga halaga, gradients, at Hessians para sa optimization na kabanata.
• Pag-aayos at pinabuting printouts para sa replicate_title_check scons target.
• Na-update ang lahat ng mag-relaks upang maprotektahan laban sa hinaharap na mga pagbabago na nagaganap sa numpy Python package. Mula numpy bersyon 1.9, ang FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: paghahambing sa `None` ay magreresulta sa isang elementwise object paghahambing sa hinaharap. ay makikita sa isang malaking porsyento ng lahat ng magpahinga ni function user. Na ito ay nahuli at naka sa isang RelaxWarning na may parehong mensahe. Ang isyu ay na ang pag-uugali ng mga operator paghahambing == at! = ay magbabago sa hinaharap numpy bersyon. Ang mga ito ay pinalitan ng ay at ito ay hindi sa buong relaks code base. Pagbabago na rin ang ginawa sa mga minfx at bmrblib pakete upang tumugma sa.
• Higit hinaharap na proteksyon laban sa numpy pagbabago. FutureWarning ay `rank` ay deprecated; gamitin ang `ndim` katangian o function sa halip. Upang malaman ang ranggo ng isang matrix makita `numpy.linalg.matrix_rank`. Kaya't ang N-estado modelo target function na paraan paramag_info () ay na-update upang gamitin ang .ndim attribute at mas mahaba paggamit numpy.rank () function.
• Nilikha ang Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids sistema ng pagsubok. Ito ay dinisenyo upang mahuli bug # 23,933, ang "NameError: global name 'id' ay hindi tinukoy" problema kapag ang pagkarga ng data relaxation. A pinutol na bersyon ng PDB file at relaxation data, ang buong bersyon ng kung saan ay naka-attach sa ulat ng bug, na binubuo lamang ng residues 329, 330, at 331 ang naidagdag sa pagsubok suite shared directories data, at ang sistema ng pagsubok na nakasulat sa mahuli ang NameError.
• Na-update ang Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids sistema ng pagsubok upang makuha ang RelaxMultiSpinIDError. Ito ay nagpapahintulot sa sistema ng pagsubok upang pumasa, bilang RelaxMultiSpinIDError ay inaasahan.
• Na-update ang minfx at bmrblib bersyon sa release checklist dokumento sa 1.0.12 at 1.0.4. Ito ay upang alisin ang numpy FutureWarning mensahe tungkol sa == None at =! Wala paghahambing sa numpy istruktura ng data, na sa hinaharap ay magbabago sa pag-uugali.
• Tumaas na ang Gna! news item sectioning depth sa release checklist dokumento.
• Ang pinalawak na ang paglalarawan ng pag-andar sequence.attach_protons user. Ito ay sumusunod mula http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Idinagdag paunang data para sa data testing mula sa Paul Schanda. Ito ay nagpapakita na may ilang mga posibilidad upang mapahusay ang R2, eff point method.
• Idinagdag ang Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistema ng pagsubok. Ito ay mahuli ang pagpapautang ng nan mga halaga.
• Made karagdagang check sa pagkakasunud-sunod sa pagbabasa, na nan halaga ay nilaktawan.
• Pagtiyak na ang replicated 4000 Hz point para sa 950 MHz eksperimento ay hindi mapapatungan.
• Sa sistema test Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, nagdagdag ng isang pagsubok ng pagbibilang ng R2, eff halaga. Ito ay nagpapakita na ang replicated R2, eff sa 950 MHz / 4000 Hz punto ay mapapatungan. Ang isang solusyon ay maaaring upang baguhin ang pagpapakalat frequency napakakaunting, upang payagan ang pagdaragdag ng mga punto ng data.
• Idinagdag karagdagang mga pagsusuri upang Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Na ito ay magpapakita na replicates ng R2, eff halaga ay hindi hawakan na rin.
• Sa pag-andar ng r2eff_read sa data module ng pagpapakalat, idinagdag ang mga posibilidad na basahin R2, eff halaga na kung saan ay replicated. Ito ay ginagawa sa unang checking kung ang pagpapakalat key umiiral sa R2, eff diksyunaryo. Kung ito ay umiiral, patuloy si 0.001 sa dalas hanggang umiiral na ang isang bagong posibilidad. Ito ay dapat makatulong hawakan ng maramihang R2, eff puntos, bilang hiwalay na mga halaga at hindi pagkuha ng anumang desisyon na average ang mga ito.
• Idinagdag ang pag-asa ng pagpapalaki ng isang relaks error, kung sinusubukan mong i-plot at walang model impormasyon ay naka-imbak.
• Ang pagpapataas ng isang error kung plotting pagpapakalat curves, at walang model ay naka-save.
• Binago Halimbawa script para sa pagtatasa ng data.
• Pinalawak ang Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 sistema ng pagsubok na isama ang auto-pag-aaral at tinipong Tama ang sukat. Ito ay dapat ipakita na ang pagsusuri ay posible na ngayon.
• Idinagdag isang pansamantalang estado at isang script para sa GUI setup sa data Paul Schanda.
• Idinagdag ang Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI pagsubok. Ito ang magpapakita na paglo-load ng isang estado ay lumikha ng isang problema. Traceback (pinakabagong call huling): TypeError:. Int () argument ay dapat na isang string o isang numero, hindi 'NoneType'
• Nagdagdag ng sample script para sa back-pagkalkula relaxation data mula sa isang modelo-free resulta file. Ito ay kapaki-pakinabang kapag ang mga resulta ng file ay hindi ang huling modelo, pati na ang mga resultang ito file ay hindi naglalaman ng back-kinakalkula ang data. Ito ay bilang tugon sa Christina Moller ni kahilingan support # 3303.
• Ang paggamit ni Gary lib.float.isNaN () sa halip ng math.isnan (), upang magkaroon ng paurong sa pagiging tugma sa python 2.5.
• Ayusin para pagbaybay pagkakamali at documenting ang bagong pag-uugali ng relax_disp.r2eff_read, kapag nagbabasa R2, eff puntos na may parehong dalas. Kung ang magsulid-container na naglalaman R2, eff halaga sa 'dalas ng CPMG pulse' o 'magsulid-lock field lakas', ang dalas ay nagbago sa pamamagitan ng isang katiting na katiting maliit na halaga ng + 0.001 Hz. Ito payagan para sa mga duplicate o higit pa ng parehong dalas.
• Binago ang panloob na istraktura object na mas mababa naiimpluwensyahan ng format ng PDB. Ang PDB serial number ay ngayon intelligently hawakan, sa na ito ay i-reset sa 1 kapag ang isang bagong modelo ay nilikha. Ang impormasyong ito ay pa rin itinatago para sa pagsuporta sa logic ng pagbabasa ng mga talaan Conect, at ay eliminated sa hinaharap. Ang impormasyon chain ID ay ngayon ay hindi na naka-imbak sa ang panloob na istraktura object, ang impormasyon na ito ay recreated sa pamamagitan ng function structure.write_pdb user batay sa kung paano ang mga panloob na istraktura object ay nagawa na.
• Mga update sa Noe at Istraktura sistema ng pagsubok klase para sa panloob na istruktura pagbabago object. Ang serial number ay maaari na ngayong i-reset, at ang impormasyon chain ID ay hindi na naka-imbak.
• Nagdagdag ng file sa pagsubok suite shared data upang makatulong na ipatupad ang PCA estruktural analysis. Ito ang N-domain ng CaM-IQ complex na ginagamit sa isang frame upang analysis. Ito ay ang unang 5 mga istraktura mula sa isang tawag sa function frame_order.distribute user, na may iba't ibang mga matibay-bodies ipinagsama pabalik sama-sama sa isang solong Molekyul.
• Nilikha ang structure.pca user function na front end. Ito ay kasalukuyang imo-modelo sa structure.rmsd function na user framework.
• Basic pagpapatupad ng structure.pca user function na back end. Ito ay ang bagong PCA () function ng pipe_control.structure.main module. Ito lamang gumaganap ng ilang mga pagsusuri, assembles ang atomic coordinates, at ang pumasa kontrolin sa relaks library pca_analysis () function ng kasalukuyang unimplemented lib.structure.pca module.
• Bahagyang ipinatupad ng PCA pagtatasa sa relaks library. Ito ay para sa bagong function structure.pca user. Ang lib.structure.pca module ay nagawa na, at ang pca_analysis () function nilikha upang makalkula ang istraktura covariance matrix, sa pamamagitan ng calc_covariance_matrix () function, at pagkatapos ay kalkulahin ang eigenvalues ​​at eigenvectors ng covariance matrix, pag-uuri ang mga ito at truncating sa nais na bilang ng PCA mode.
• Idinagdag ang algorithm at num_modes argumento sa function structure.pca user. Ang mga ito ay humihigit sa lahat ng mga paraan sa relaks backend library.
• Ipinatupad ang SVD algorithm para sa PCA pagtatasa sa relaks library. Ito lamang tawag numpy.linalg.svd ().
• Ang PCA pagtatasa sa relaks library ngayon kinakalkula ang bawat istraktura projections sa kahabaan ng PCs.
• Ang PCA pagtatasa function sa relaks library ngayon ay bumabalik data. Kabilang dito ang mga halaga PCA at vectors, at ang bawat istraktura projections.
• Ang PCA halaga at vectors, at ang bawat istraktura projections ay ngayon ay naka-imbak. Ito ay nasa structure.pca user function na backend sa pipe_control.structure.main module.
• Idinagdag ang format at dir argumento sa function structure.pca user. Ito ay upang ang harap at likod dulo.
• Binago ang assemble_structural_coordinates () method upang bumalik sa karagdagang impormasyon. Ito ay mula sa pipe_control.structure.main module. Ang mga listahan boolean argument ay ngayon tinanggap na magiging sanhi ng ang pag-andar sa Bilang karagdagan ibalik ang object ID list per Molekyul, ang model number list per Molekyul, at ang Molekyul listahan Pangalan ng per Molekyul.
• Ang function structure.pca user ngayon lumilikha graphs ng projections PC. Kabilang dito ang PC1 vs. PC2, PC2 vs. PC3, etc.
• Idinagdag ang resulta Gromacs PCA para sa distribution.pdb file. Kabilang dito ang isang script na ginagamit upang maisagawa ang lahat ng bahagi ng Gromacs at lahat output file.
• Na-update ang mga resulta Gromacs PCA para sa pinakabagong bersyon 5.1.1 Gromacs.
• Nilikha ng isang paunang Structure.test_pca sistema ng pagsubok. Ito executes ang bagong function structure.pca user, at mga tseke kung ang data ay naka-imbak sa cdp.structure.
• Pinagbuting ang mga graph sa backend ng pag-andar structure.pca user. Ang mga graph ay ngayon tinipong upang ang iba't ibang mga modelo ng parehong istraktura sa parehong data pipe ay sa loob ng isang graph set. Ang graph header ay din ay pinabuting.
• Ang pinalawak na ang Structure.test_pca sistema ng pagsubok pagsusuri upang ihambing sa ang mga halaga mula Gromacs.
• Ang isang weighted mean istraktura ay maaari na ngayong kalkulahin. Ito ay para sa calc_mean_structure () function ng relaks library module lib.structure.statistics. Timbang ay maaari na ngayong ibinibigay para sa bawat istraktura upang payagan para sa isang weighted mean na kinakalkula at ibinalik.
• Added suporta para sa tagamasid structures sa function structure.pca user. Ito ay nagpapahintulot sa isang subset ng mga istraktura na ginagamit sa pag-aaral PC na magkaroon zero timbang upang ang mga kaayusan ay maaaring gamitin para sa mga layunin ng paghahambing. Ang obs_pipes, obs_models, at obs_molecules argumento ang naidagdag sa front end function na user. backend ay gumagamit na ito upang lumikha ng isang hanay ng mga timbang para sa bawat istraktura. At ang lib.structure.pca function gamitin ang zero weights upang alisin ang mga istraktura tagamasid mula sa mga kalkulasyon PC mode.
• Nilikha ang Structure.test_pca_observers sistema ng pagsubok. Ito ay para sa pagsubok sa bagong tagamasid structures konsepto ng pag-andar structure.pca user.
• Pinagbuting ang printouts mula sa relaks library analisis ng pangunahing bahagi. Ito ay nasa pca_analysis () function ng lib.structure.pca module.
• Pag-aayos at mga pagpapabuti para sa mga graph na ginawa ng mga pag-andar structure.pca user. Ang iba't ibang mga hanay ay ngayon tama nilikha, at ngayon ay may label na sa plots.
• Ang pagdaragdag ng isang testing deploy script, para sa mabilis na pag-deploy sa Google Cloud Computing. Ito ay para sa isang inilaan install sa Ubuntu 14.04 LTS.
• Pagpapalawak script para sa installation.
• Paglagay pag-install sa mga function sa lumawak script.
• Ang paghahati lumawak script sa ilang maliit na mga pag-andar.
• Pagdaragdag checking pahayag upang i-install script.
• Kapag sourcing ang mga script, ilang mga function ay maaaring gumanap sa halip.
• Idinagdag puwang upang i-install script para sa mas mahusay na pag-print.
• Ang pagdaragdag ng isang tutorial script.
• Pagdaragdag 2 tutorial script.
• Fix para sa mga maliliit spin ID error sa tutorial script.
• Lumikha ng sistema ng pagsubok para sa pansing bug # 24,131, ang BMRB export failure kapag ang SpinContainer object Wala S2 attribute, tulad ng iniulat sa pamamagitan ng Martin Ballaschk.
• Binago ang Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition sistema ng pagsubok upang suriin para sa RelaxError. Ang mga resulta ng pagsubok sa isang RelaxError, pati na ang mga resulta ng file ay hindi naglalaman ng mga napiling spins.
• Idinagdag ang Mf.test_bug_24131_missing_interaction sistema ng pagsubok upang mahuli ang isa pang problema. Ito ay bahagi ng bug # 24,131, ang BMRB export failure sa SpinContainer object walang S2 halaga. Gayunman nakaraang fix ng laktaw deselected spins nagpasimula ng isang bagong problema ng mag-relaks pa rin naghahanap para sa interatomic mga pakikipag-ugnayan para sa na deselected spin.
• Bugfixes:
• Ginagaya pamagat sa HTML na bersyon ng manual magpahinga, at samakatuwid replicated HTML mga pangalan ng file overwriting mga naunang bahagi, ay eliminated.
• Ayusin para sa bug # 23,933, ang "NameError: global name 'id' ay hindi tinukoy" problema kapag ang pagkarga ng data relaxation. bug ay ipinakilala pabalik sa Nobyembre 2014, at ito ay dahil sa ilang mga hindi kumpletong error handling code. Ang problema ay na ang magsulid type na ang relaxation data ay kabilang sa (@N vs. @H) ay hindi pa tinukoy. Ngayon ang tamang RelaxMultiSpinIDError ay itataas. Ang mga id variable ay hindi umiiral -. Ito ay code na ay binalak upang maidagdag, ngunit hindi kailanman ay at ay nakalimutan
• Ayusin para sa CSA constant equation sa modelo-free kabanata ng manwal. Ito ay batik-batik sa pamamagitan ng Christina Moller at iniulat sa relaks-user mailing list.
• Bug fix para sa imbakan ng mga XML structural bagay sa ang mga file ng estado at mga resulta. Dati anumang bagay na idadagdag sa cdp.structure (o anumang istraktura object) hindi maliligtas sa pamamagitan ng estruktural object to_xml () method maliban kung ang function ay malinaw na baguhin upang mag-imbak na object. Ngayon ang lahat ng mga bagay sa kasalukuyan ay convert sa XML.
• Ayusin para sa relaxation pagpapakalat analysis sa GUI, tulad ng nahuli sa pamamagitan ng Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI pagsubok. Kapag naglo-load mula sa isang script file ng estado, ang halaga ng None maaaring kasalukuyan. Ito ngayon ay nakatakda sa ang karaniwang mga halaga.
• Ayusin para tumatakbo relaks sa isang server na walang graphical display at paggamit matplotlib. Ang error ay natagpuan sa sistema test Relax_disp.test_repeat_cpmg. At ang error na nabuo ay: QXcbConnection: Hindi makakonekta sa ipakita. Itinigil (core dumped). Ang backend ng matplotlib ay upang maging nagbago. Ito ay para sa mga halimbawa inilarawan sa: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display at http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Binago ang pag-uugali ng pag-andar bmrb.write user backend para sa isang modelo-free analysis (fix para sa bug # 24,131). Ito ay nasa bmrb_write () method ng mga modelo-free analysis API. Deselect spins ay ngayon nilaktawan at ng isang tseke ay naidagdag upang siguraduhin na spin data ay binuo.
• Ang isa pang fix para sa bug # 24,131, ang BMRB export failure kapag ang SpinContainer object Wala S2 attribute. Ngayon walang data ay naka-imbak sa BMRB file kung ang isang modelo-free modelo ay hindi pa set up para sa spin. Ito ay nagpapahintulot sa test suite upang pumasa.
• Bug fix upang payagan ang Mf.test_bug_24131_missing_interaction sistema ng pagsubok upang pumasa. Ito ay bahagi ng bug # 24,131, ang BMRB export failure sa SpinContainer object walang S2 halaga. Ang problema ay kapag assembling ang data pagsasabog tensor. Ang spin_loop () function ay ini-tinatawag na, bilang ang pagsasabog tensor ay iniulat para sa lahat ng residues. Kaya't ang skip_desel = True ay naidagdag upang tumugma sa mga modelo-free bahagi.

Ano ang bago sa bersyon 4.0.0:

• Mga Tampok:
• Ang huling, kumpleto, at tamang pagpapatupad ng frame order ng teorya sa pag-aaral matibay katawan motions. Ito ay kasalukuyang para sa pagtatasa RDC at PCS data mula sa loob nakahanay sistema.
• Mga Pagbabago:
• Pagtanggal ng pag-andar frame_order.average_position user at lahat ng nauugnay na backend code. user Function na ito pinapayagan sa gumagamit na tukuyin limang iba't ibang uri ng pag-aalis sa average na posisyon paglipat domain: isang dalisay na pag-ikot, na walang translation, tungkol sa mga pivot ng paggalaw sa sistema; isang pag-ikot tungkol sa mga pivot ng galaw ng sistema kasama ang isang pagsasalin; isang purong translation na walang pag-ikot; isang pag-ikot tungkol sa mga sentro ng mass ng ang paglipat ng domain na walang pagsasalin; isang pag-ikot tungkol sa mga sentro ng mass ng ang paglipat ng domain kasama ang isang pagsasalin. Ngayon ang huling option ay ang default at lamang na pagpipilian. Ang opsiyon na ito ay katumbas ng ang standard na superimposition algorithm (ang Kabsch algorithm) sa isang hypothetical istraktura sa ang tunay na average na posisyon. Ang iba pang apat na ay dahil sa ang kasaysayan ng pag-unlad ng teorya. Ang mga limitasyon ng pagiging kapaki-pakinabang ng mga teorya at lamang maging sanhi ng pagkalito.
• Clean up ng frame sunod target function na code. Na ito ay tumutugma sa nakaraang pagbabago ng pagtanggal ng pag-andar frame_order.average_position user. Ang mga pagbabago isama ang pag-aalis ng ang bandila translation optimization bilang na ito ay ngayon palaging ginanap, at ang pag-aalis ng ang bandila na nagiging sanhi ng average na pag-ikot domain pivot point upang tumugma sa mga kilos pivot point dahil ang mga ito ay ngayon nang permanente decoupled.
• Alpabetikal pag-order ng mga function sa lib.frame_order.pseudo_ellipse module.
• Eliminated lahat ng 'linya' frame pagkakasunod-sunod ng mga modelo, habang ang mga ito ay hindi pa ipinapatupad. Ito ay lamang ng frontend code -. Backend ay hindi umiiral
• Na-update ang isotropic kono CaM frame sunod test modelo optimization script. Dahil sa lahat ng mga pagbabago sa frame upang analysis, ang lumang script ay hindi na nagagamit.
• Lumikha ng script para sa CaM frame modelo upang test para sa paghahanap ng average na posisyon domain. Samantalang ang pag-ikot tungkol sa isang nakapirming pivot ay eliminated, ang shift mula 1J7P_1st_NH_rot.pdb sa 1J7P_1st_NH.pdb may upang ma-convert sa isang pagsasalin at pag-ikot tungkol sa com. Ang script na ito ay gagamitin upang palitan ang pivot ikot Euler angles sa vector pagsasalin at pag-ikot com Euler angles. Subalit ang pag-andar structure.superimpose user ay kailangan upang mabago upang hawakan ang parehong ang standard centroid superimposition pati na rin ang isang COM superimposition.
• Na-update ang CaM frame sunod test modelo superimposition script. Ang structure.superimpose user function ay ngayon tama tinatawag na. Ang output log file ay naidagdag sa lalagyan sapagkat naglalaman ito ang tamang pagsasalin at Euler-ikot impormasyon na kinakailangan para sa mga modelo ng pagsubok.
• Parameter update para sa isotropic kono CaM frame sunod test modelo optimization script. Ang Euler angles para sa pag-ikot tungkol sa mga kilos pivot ay papalitan ng translation vector at Euler anggulo parameter com pag-ikot.
• Fix para sa isang bilang ng mga modelo frame pagkakasunod-sunod na walang constraints parameter. Ang linear_constraint () function ay bumabalik A, b = [], [] para sa mga modelo, ngunit ang mga walang laman na numpy arrays ay nagiging sanhi ng mga minfx library sa mabibigo. Ang mga halaga ay ngayon nahuli at ang pagpilit algorithm naka-off sa minimize () tiyak na paraan API.
• Tumaas na ang katumpakan ng lahat ng mga data sa CaM frame sunod test dato base script. Ang mga ito ay ang lahat ng na-convert mula sa float16 sa float64 numpy uri.
• Ayusin para sa error setting RDC sa CaM frame sunod test dato base script. Ang rdc_err data istraktura ay matatagpuan sa interatomic lalagyan data, walang ang magsulid lalagyan.
• Pagbabago ng istraktura loading bahagi ng CaM frame pagkakasunod-sunod ng mga dato base script. Ang istruktura ay ngayon lamang load kung ang DIST_PDB bandila ay naka-set, habang ang mga ito ay ginagamit lamang para sa pagbuo ng 3D pamamahagi ng mga istraktura. Ito sine-save ng maraming oras at computer memory.
• Huge speedup ng CaM frame data sunod pagsubok henerasyon base script. Sa pamamagitan ng paggamit ng maraming interes numpy arrays sa tindahan ang atomic posisyon at XH unit vectors ng lahat spins, at gumaganap ang pag-ikot sa mga istruktura gamit numpy.tensordot (), ang mga kalkulasyon ay ngayon ng isang factor ng 10 beses na mas mabilis. Ang progreso meter ay upang mabago upang ipakita sa bawat 1000 sa halip na 100 iteration. Ang pag-ikot ng mga posisyon at vectors ay ngayon ginanap sequentially, aksidenteng pag-aayos ng isang bug sa double modelo paggalaw (hal ang 'double rotor' modelo).
• Binago ang CaM frame sunod test dato base script upang makatipid ng computer RAM. Ang XH vector at atomic posisyon data structures para sa lahat ng N rotations ay ngayon ng numpy.float32 halip numpy.float64 uri. Ang pangunahing pagbabago ay upang makalkula ang mga averages RDCS at average PCSs magkahiwalay, sa pagbubura ng mga N-sized istruktura ng data sa sandaling ang mga file ng data ay nakasulat.
• Kumpletuhin muling idisenyo ng CaM frame pagkakasunod-sunod ng mga dato base script para sa bilis at memory savings. Kahit na ang pinaikot na XH bond vector at atomic posisyon code ay napakabilis, ang halaga ng memorya na kinakailangan upang mag-imbak ang mga ito sa mga lalagyan iikot at interatomic lalagyan data ay malaking kapag N & gt; 1E6. Ang kasunod rdc.back_calc at pcs.back_calc user tawag function gusto ring kumuha ng malayo masyadong mahaba. Kaya't ang base script ay muling idisenyo. Ang _create_distribution () method ay nahati sa apat: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), at _pipe_setup (). Ang _pipe_setup () method ay tinatawag na unang-set up ang data pipe na may lahat ng mga kinakailangang data. Pagkatapos ay ang _calculate_rdc () at _calculate_pcs () pamamaraan, at sa wakas _create_distribution () kung ang DIST_PDB bandila ay naka-set. Ang mga tawag sa mga rdc.back_calc at pcs.back_calc user function ay eliminated. Sa halip ang _calculate_rdc () at _calculate_pcs () pamamaraan makalkula ang mga averages RDC at PCS kanilang sarili bilang numpy structures array. Sa halip na pag-iimbak ng malaking Pinaikot vectors at atomic posisyon data structures, ang RDCS at PCSs ay summed. Ang mga ito ay pagkatapos ay hinati sa self.N sa dulo sa average ang mga halaga. Kung ikukumpara sa mga lumang code, kapag N ay nakatakda sa 20 milyong mga RAM paggamit patak mula sa ~ 20 GB sa ~ 65 MB. Ang kabuuang run oras ay din nabawasan sa isang sistema mula sa isang ilang araw hanggang ilang oras (isang order o dalawang ng magnitude).
• Binago ang pag-unlad meter pag-update para sa CaM frame sunod test dato base script. manunulid ay malayo masyadong mabilis, pag-update bawat 5 increments, at ngayon ay ina-update araw 250. At ang kabuuang bilang ay ngayon lamang naka-print sa bawat 10,000 mga palugit.
• Pagpapabuti sa pag-unlad meter para sa CaM frame data sunod pagsubok henerasyon base script. Kuwit ngayon ay naka-print sa pagitan ng mga libu-libo at ang mga numero ay ngayon right justified.
• Malaking pagtaas sa kawastuhan ng mga RDC at PCS averaging. Ito ay para sa CaM frame data sunod pagsubok henerasyon base script. Sa pamamagitan ng lagom ang mga RDCS at PCSs sa 1D numpy.float128 arrays (para sa, isang 64-bit na sistema ay kinakailangan), at pagkatapos ay naghahati sa pamamagitan ng N sa dulo, ang average na halaga ay maaaring kalkulahin na may isang mas mataas na katumpakan. Bilang N nagiging mas malaki, ang mga de-numerong averaging introduces padami ng padaming halaga ng truncation artifacts. Kaya ang pagbabagong ito alleviates ito.
• Ayusin para sa RDC at PCS averaging sa CaM frame sunod test dato base script. Para sa double rotor modelo, o anumang maramihang kilos mode modelo, ang averaging ay hindi tama. Sa halip na naghahati sa pamamagitan ng N, ang mga halaga ay dapat na hinati sa pamamagitan ng N ^ M, kung saan M ay ang bilang ng kilos mode.
• Huge pagtaas sa precision para sa CaM frame sunod libreng rotor data modelo test. Ang mas mataas na katumpakan ay dahil ang bilang mga istraktura sa pamamahagi ay ngayon dalawampung milyong sa halip na sa isang milyong, at ang mas mataas na precision numpy.float128 averaging ng na-update ng mga dato base script ay ginagamit na. Ang data na ito ay dapat na payagan para sa isang mas mas mahusay na pagtatantya ng beta at gamma average domain halaga posisyon parameter para sa libreng mga modelo rotor na apektado ng pagbagsak ng parameter alpha sa zero.
• Huge pagtaas sa precision para sa CaM frame upang double rotor data modelo test. Ang mas mataas na katumpakan ay dahil ang bilang mga istraktura sa pamamahagi ay ngayon higit sa dalawampung milyon (4500 ^ 2) sa halip na isang-kapat ng isang milyong (500 ^ 2). At ang mas mataas na katumpakan numpy.float128 averaging ng na-update ng mga dato base script ay ginagamit na.

• Mga Pagbabago:



• Bugfixes:

• Mga Tampok:















• Mga Pagbabago:












































































































Ibig sabihin,

Ano ang bago sa bersyon 3.3.4:

• Mga Tampok:






• Mga Pagbabago:






































































• Bugfixes:

• Mga Tampok:








• Mga Pagbabago:





















































• Bugfixes:

• Mga Tampok:








• Mga Pagbabago:








































































































































• Bugfixes:

• Mga Pagbabago:












































































































































































































































• Bugfixes:

Ano ang bago sa bersyon 3.3.0:

• Mga Tampok:



















• Mga Pagbabago:

Ano ang bago sa bersyon 3.1.5:

• Mga Pagbabago:




• Bugfixes:

• Mga Tampok:




• Mga Pagbabago:
























• Bugfixes:

• Mga Pagbabago:

Ano ang bago sa bersyon 3.1.2:

• Mga Pagbabago:













• Bugfixes:

Ano ang bago sa bersyon 3.1.1:

• Mga Tampok:













• Mga Pagbabago:

Ano ang bago sa bersyon 3.1.0:

• Mga Tampok:






























• Mga Pagbabago:


































































- & Gt;

Ano ang bago sa bersyon 3.0.2:

• Mga Tampok:




• Mga Pagbabago:























































• Bugfixes:

Ano ang bago sa bersyon 3.0.1:

• Mga Tampok:






• Mga Pagbabago:







































































































• Bugfixes:

Ano ang bago sa bersyon 3.0.0:

• Mga Tampok:





















• Mga Pagbabago:





























































































































































































































































































































• Bugfixes:

• Mga Tampok:







• Mga Pagbabago:










































• Bugfixes:

• Mga Tampok:


• Mga Pagbabago:

• Mga Tampok:









• Mga Pagbabago:














































































































































• Bugfixes:

• Mga Tampok:


• Mga Pagbabago:


























• Bugfixes:

Ano ang bago sa bersyon 2.2.1:

• Mga Pagbabago:









• Bugfixes:

• Mga Tampok:













• Mga Pagbabago:




















































































































• Bugfixes:

Ano ang bago sa bersyon 2.1.2:

• Mga Tampok:





• Mga Pagbabago:

Ano ang bago sa bersyon 2.1.1:

• Mga Tampok:










• Mga Pagbabago:


















































































































































• Bugfixes:

Ano ang bago sa bersyon 2.1.0:

• Mga Tampok:





• Mga Pagbabago:




































































































































• Bugfixes:

Ano ang bago sa bersyon 2.0.0:

• Mga Tampok:





















• Mga Pagbabago:

• Mga Tampok:


• Mga Pagbabago:


• Bugfixes:

Kinakailangan