SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter ay isang graphical na tool Python sa interactive segment stack larawan ng mga cell sa tissue sa gilid-label & nbsp (aka puting guhit-balangkas.);. Ang pakikipag-ugnayan ay ganap na batay sa pag-edit ng mga buto, na siya namang ay pinalawak na sa pamamagitan ng isang watershed algorithm. Ang mga pangunahing pagkakaiba sa pagitan ng SWS at iba pang mga tool ay maaari mong ilagay ang higit pa sa isang binhi sa bawat cell na maaaring makatulong sa iyo na isaayos ang mga hangganan ng mahirap na mga cell.
SWS ay binuo sa tuktok ng wxPython, matplotlib, numpy, scipy, at mahotas.
Sa core nito, ito ay gumagamit ng isang kidlat-mabilis watershed algorithm (salamat sa proyekto mahotas) at nagbibigay-daan sa real-time na update. Ito ay isang simpleng (kung cluttered) UI at ito ay ganap na interactive, kahit na kabilang ang 1 antas ng undo.
Ang publication tungkol sa SWS na nagbibigay sa lahat ng mga detalyeng ito at higit pa sa Cytometry Bahagi A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Ang source code ay mirror sa apat na mga repositoryo at sa PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Ang pahina ng Google Code ay mayroon ding ilang mga binary release (http://code.google.com/p/seedwater/) na dapat gumana sa 32-bit Windows o 64-bit Linux, ngunit ang mga ito ay ngayon gulang. Mangyaring gamitin ang "easy_install" paraan ngayon.
Para sa higit pang mga detalye, tingnan ang Python I-install Mga Tagubilin 20XX.txt Baka gusto mo ring basahin ang manu-manong: SeedWater Segmenter V xx Manual.txt
Pag-install at Tumatakbo
Pag-install ay sa wakas ay madali lamang!
Sa katunayan, ikaw ay maaari na ngayong "easy_install SeedWaterSegmenter"
Mabilis na tagubilin:
Windows / Mac:
& Nbsp; I-install ang Enthought Python Pamamahagi http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; Sudo apt-get-install ang python-setuptools python-wxtools python-numpy python-scipy python-matplotlib python-imaging python-xlrd python-xlwt
Sa isang cmd window (dapat tumakbo bilang Administrator sa ilalim ng Windows Vista / 7) o Terminal (Mac / Linux), patakbuhin ang:
& Nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Detalyadong Tagubilin:
Ang pinakabagong bersyon ay tinatawag na:
"Python I-install Mga Tagubilin Agosto 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python I-install Mga Tagubilin Agosto 2012.txt

Mga Kinakailangan :

< li> Python