tapir

tapir ay isang Python tool na naglalaman ng mga programa upang tantiyahin at balangkas phylogenetic informativeness para sa mga malalaking dataset.
Binabanggit tapir
Kapag gumagamit ng mga tapir, mangyaring tukuyin:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir ay nagbibigay-daan sa mataas na pagtatasa throughput ng phylogenetic informativeness.
- Townsend JP: Profiling phylogenetic informativeness. Sistematikong Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: hyphy: teorya pagsubok gamit phylogenies. Bioinformatics 2005, 21: 676-679.
Pag-install
Para sa mga sandali, ang pinakamadaling paraan upang i-install ang mga programa ay:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / path / sa / tapir
Upang patakbuhin ang pagsusulit:
cd / path / sa / tapir /
python test / test_townsend_code.py
I
Ang estimate_p_i.py code tawag sa isang batch ng file para hyphy na nasa template /. Ang file na ito ay kailangang sa parehong posisyon ng kamag-anak sa kung saan mo inilagay ang estimate_p_i.py. Kung i-install thins bilang sa itaas, makikita mo fine, para sa mga sandali.
Upang patakbuhin ang:
cd / path / sa / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - epochs = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ulit = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
--multiprocessing ay opsyonal, walang ito, ang bawat locus ay tatakbo nang magkasunod.
Kung kayo ay tumakbo sa itaas at naka-save na mga resulta ang sa iyong output folder (tingnan sa ibaba), maaari mong gamitin ang mga pre-umiiral na mga talaan ng mga site-rate kaysa sa pagtantya mga muli na may:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - output Output_Directory
& Nbsp; - epochs = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ulit = 37,93,100,170
& Nbsp; - multiprocessing
& Nbsp; - site-rate
Resulta
magsusulat tapir resulta sa isang sqlite database sa direktoryo ng output na iyong pipiliin. Ang directory na ito din humahawak rate site ng mga file sa JSON format para sa bawat locus dumaan sa pamamagitan tapir_compute.py.
Maa-access mo ang mga resulta sa database ang mga sumusunod. Para sa higit pang mga halimbawa, kabilang ang plotting, tingnan ang dokumentasyon
- Pihitan up sqlite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / phylogenetic-informativeness.sqlite
- Makakuha ng mahalagang data para sa lahat epochs:
& Nbsp; piliin locus, interval, pi mula loci, pagitan ng kung saan loci.id = interval.id
- Makakuha ng mahalagang data para sa isang tiyak na panahon:
& Nbsp; piliin locus, interval, pi mula loci, interval
& Nbsp; kung saan interval = '95 -105 'at loci.id = interval.id;
- Makuha ang bilang ng loci pagkakaroon max (pay) sa iba't ibang epochs:
& Nbsp; lumikha ng pansamantalang talahanayan max bilang piliin id, max (pi) bilang max mula sa pagitan ng grupo sa pamamagitan ng id;
& Nbsp; lumikha ng pansamantalang talahanayan t bilang piliin interval.id, na pagitan, max mula interval, max
& Nbsp; kung saan interval.pi = max.max;
& Nbsp; piliin interval, count (*) mula sa t grupo sa pamamagitan ng interval;
Pagkilala
Nagpapasalamat kami sa Francesc Lopez-Giraldez at Jeffrey Townsend para sa pagbibigay sa amin ng isang kopya ng kanilang mga web-application source code. . BCF thanks S Hubbell at P Gowaty