Ang Chemistry Development Kit (kilala rin bilang CDK) ay isang platform-independent, malayang ipinamamahagi at open source library software ipinatupad sa Java at dinisenyo lalo na para sa estruktural bioinformatics, cheminformatics at computational kimika.
Ang mga proyekto comprises ng iba't-ibang mga kapaki-pakinabang na mga algorithm at data istruktura partikular na iniayon para sa mga programmer na gustong i-save ng maraming oras at pagsisikap sa pamamagitan ng reusing code. Ang Chemistry Development Kit ay hindi na dinisenyo upang magamit sa pamamagitan ng end-user.
Tampok sa isang sulyap
Mga pangunahing tampok isama ang suporta para sa pagbabasa at pagsusulat format kemikal data, suporta para sa pag-render structures kemikal, suporta para sa QSAR (Dami Structure & ndash; aktibidad Relasyon). Descriptors, pati na rin ang built-in na algorithm para sa pagsuporta sa mga kemikal graph theory
Para sa iyong kaginhawaan, ang application ay ipinamamahagi bilang pre-built binaries sa format JAR file. Upang gamitin ito sa iyong mga proyekto, i-download ang pinakabagong bersyon kwadra mula Softoware gamit ang link sa itaas, kung saan maaari mo ring mahanap ang mga programa & rsquo;. S source tarball
Programmers ay mahanap ang detalyadong impormasyon tungkol sa kung paano sumulat ng libro sa programa mula sa mga pinagkukunan, kung paano patakbuhin ang iba't-ibang mga pagsubok, pati na rin ang kung paano gamitin ito sa iba pang mga programa sa README.txt file na ito ay matatagpuan sa loob ng tar.gz archive.
Sa ilalim ng hood at suportado OSes
Ang pagkuha ng isang tumingin sa ilalim ng hood ng CDK (Chemistry Development Kit) software, maaari naming banggitin na ito ay nai-ganap na nakasulat sa wika ng Java programming.
Sa kasalukuyan, ito ay ganap na katugma sa 32-bit at 64-bit flavors ng GNU / Linux, Microsoft Windows at Mac OS X operating system. Gayunman, ito ay gagana sa anumang OS suportado ng Java Runtime Environment (JRE) & nbsp; at Java Development Kit (JDK) & nbsp; teknolohiya
Ano ang bago sa release na ito:
- ang pormal na singil ng IAtomcontainer ay ililipat sa IMolecularFormula
- Mga Fixed bug 2787332 Ang lumang bond array sa pagkalkula Gasteiger charge ay nakatakda sa
- Na-update upang ayusin bug 2788357 SMARTSQueryTool ngayon catches TokenMgrError sa construc
- Nagdagdag ng bagong taglet upang iproseso cdk.githash tag at link Javadocs sa mga pinagkukunan sa Git repo
- Na-update cdk.svnrev tag sa cdk.githash tags
- Bug_2787332. Idinagdag pagsubok para sa Triclosan Molekyul (Inchi = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Inalis laos renderer code: gamitin ang alinman sa CDK-1.0.x o jchempaint-primary
- Idinagdag test para sa bug 2786624 sa parser test suite
- Idinagdag ng mga link sa mga pahina PMD
- Nagdagdag ng link sa JUnit stats
- Idinagdag listahan ng mga klase sa module, na may mga link sa Nightly @ Pele
- Added set up para sa paglikha ng module HTML na pahina
- Added set up para sa paglikha ng module HTML na pahina
Ano ang bago sa bersyon 1.5.10:
- Ang pormal na singil ng IAtomcontainer ay ililipat sa IMolecularFormula
- Mga Fixed bug 2787332 Ang lumang bond array sa pagkalkula Gasteiger charge ay nakatakda sa
- Na-update upang ayusin bug 2788357 SMARTSQueryTool ngayon catches TokenMgrError sa construc
- Nagdagdag ng bagong taglet upang iproseso cdk.githash tag at link Javadocs sa mga pinagkukunan sa Git repo
- Na-update cdk.svnrev tag sa cdk.githash tags
- Bug_2787332. Idinagdag pagsubok para sa Triclosan Molekyul (Inchi = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
- Inalis laos renderer code: gamitin ang alinman sa CDK-1.0.x o jchempaint-primary
- Idinagdag test para sa bug 2786624 sa parser test suite
- Idinagdag ng mga link sa mga pahina PMD
- Nagdagdag ng link sa JUnit stats
- Idinagdag listahan ng mga klase sa module, na may mga link sa Nightly @ Pele
- Added set up para sa paglikha ng module HTML na pahina
- Added set up para sa paglikha ng module HTML na pahina
Ano ang bago sa bersyon 1.2.2:
- Fixed link. Suboptimal, pati na ang landas ay pa rin hardcoded sa isang solong Nightly halimbawa, ngunit hindi namin ay may XML framework pa upang sabihin sa maikling pangungusap bagay sa lahat nightlies (tumatakbo
- Na-update numero ng bersyon
- Idinagdag test upang matiyak IAtomContainers ay hindi sneaked in sa pamamagitan IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
- mapapatungan addAtomContainer (IAtomContainer, double) masyadong, upang ihagis ng isang IllegalArgumentException kapag ang isang non-IMolecule Lumipas
- Ngayon throws ng isang IllegalArgumentException kapag ito ay sinubukan upang i-imbak ang isang IAtomContainer na kung saan ay hindi isang IMolecule
- Idinagdag unit test para sa # 2784182
- bagong pagsubok na may reserpine
- Idinagdag taglets para sa threading sa kaligtasan
- Sa pamamagitan ng isang atom o mas mababa, tukuyin namin ito na konektado, dahil walang partitioning kinakailangan (mga pag-aayos # 2,784,209, NullPointerException sa IAtomContainer na walang atoms)
- Idinagdag unit test para sa bug # 2784209 na kasalukuyang nabigo
- Higit pagtanggal ng tahasang org.openscience.cdk pangalan package: throws clauses
- Higit sa pag-alis ng mga pangalan tahasang org.openscience.cdk package
- Higit pagtanggal ng tahasang mga pangalan org.openscience.cdk package: para sa mga bagong org.openscience.cdk.Foo () tawag
- Inalis tahasang org.openscience.cdk.interfaces pakete pangalan (pag-aayos # 2,783,549)
- Inalis tahasang mga pangalan ng pakete, sa pabor ng pag-import, para org.openscience.cdk sa datadebug module (mga pag-aayos # 2,783,549)
- Inalis tahasang mga pangalan ng pakete, sa pabor ng pag-import, para org.openscience.cdk sa module data (mga pag-aayos # 2,783,549)
- breakout ng recursion opsyon sa AllRingsFinder
- bunutan mula sa string elemental formula ang singil.
- bunutan mula sa string elemental formula ang singil.
- Controller ng masa kapag ito ay sa labas ng saklaw
- Nai-update sa intelligently si H sa isang PLANAR3 N, Inaayos bug 2,781,199
- Idinagdag test kaso para bug 2781199
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block na ngayong magsama ng ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block Kasama na ngayon ang ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block Kasama na ngayon ang ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block Kasama na ngayon ang ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block Kasama na ngayon ang ugat exception upang mapanatili stack trace
- tawag sa CDKException constructor na ginawa sa loob ng isang catch block Kasama na ngayon ang ugat exception upang mapanatili stack trace
- Nagdagdag ng unit test upang matiyak SD patlang ay basahin para sa lahat molecules
- maghiwalay test
- bagong file
- higit pang mga pagsubok para sa cml pagbabasa
- Added unit test para sa # 1848591: hindi tamang Murcko framework
- Fixed cast, alisin kalabisan buong pangalan package
- Idinagdag unit test para sa # 2692107
- Fixed typo: missing 's'
Ano ang bago sa bersyon 1.2.1:
- Mga Fixed bug 2,714,283, na kung saan maayos throws ng exception kapag rings ay hindi nakasara ng maayos. Kung ang isang singsing ay hindi nakasara sa naaangkop na numero ng ring, InvalidSmilesException ay thrown. Tumutugma Daylight uugali
- Mga Fixed bug 2729120 at idinagdag unit test
- Na-update puna upang ayusin bug 2,768,643.
- Bahagyang fix para sa bug 2719237. Made getBondOrderSum static, idinagdag unit test para dito
- Typo: proteinl - & gt; protina
- Made klase pampublikong, upang Unbreak pagdagdag nito sa build / *. Javafiles
- Bahagyang nakapirming smarts pagtutugma para R0. Na-update target Molekyul initialization upang malinaw ipahiwatig atoms hindi sa isang singsing at din na-update RingMembership atom na gawin ang isang tahasang check kapag R0 ay tinukoy. Bahagyang pag-aayos bug 2587204
- Fixed dubious pagkakapantay-pantay test. Ang isang pribadong paraan ay check Double bagay sa pamamagitan ng reference. Nagtrabaho multa kapag sila ay null. Nabigo kapag kailangan namin upang ihambing sa pamamagitan ng halaga. Code ay na-update upang dalhin ito sa account. Idinagdag unit test (at ginawa ang paraan protektado upang maaari itong masuri)
- Idinagdag pagsubok na pamamaraan anotasyon. Nakatapos coverage para sa data module
- Refactored ChiIndexUtils upang gawin itong pakete pribado. Cleans up pampublikong API, dahil ito ay ginagamit lamang sa pamamagitan ng chi descriptor code. Nai-update ang lahat ng umaasa klase. Inilipat test code (na kailangang ma-napunan!) Pati na rin
- Code cleanup ng ChiIndexUtils. Pinalitan sa 1.5 idioms
- Clean up ng PathTools at idinagdag pagsubok na pamamaraan annotation, upang ang core ay ganap na sakop
- Fixed nakaraang ipasok sa i-edit ang cdk.keyword line, hindi ang cdk.module linya
- Higit pare-pareho mga keyword na ginamit
- Nagdagdag ng pagsubok upang matiyak na Integer mga bagay ay inihambing sa pamamagitan ng halaga sa halip na reference
- Nagdagdag ng test kaso upang suriin na atom container diffs ay tama kapag gumagamit deserialized bagay
- Fixed IntegerDifference upang ito aktwal na sumusuri ang halaga ng integer sa halip na mga sanggunian ng Integer object. Inaayos ang problema kung saan ang isang bagay serialized sa disk at pagkatapos ay deserialized ay hindi tumutugma sa orihinal na object (ibig sabihin, non walang laman diff string)
- Applied patch # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch upang magdagdag ng isang removeReaction sa reactionSet
- Gamitin ang interface sa halip ng pagpapatupad
- Inalis isang di pa nagamit import
- Gamitin IAtomContainer halip ng IMolecule, bilang ang aktwal na pagtutugma ay gamit IAtomContainers na (pag-aayos # 2,686,249)
- Nakapirming isang ClassCastException (pag-aayos # 2,685,134)
- Idinagdag pinagmulan attrib upang ayusin gusali ang Ubuntu .deb
- Fixed Tulong bumuo ng sistema: gamitin doclet garapon sa develjar /; update para sa mga bagong src folder src / main; dahil napaka hindi napapanahong paggamit ng rt.jar
- Inalis libdepends isama para sa test-ioformats, na hindi tunay na may libdepends
- Na-update upang kung ang isang target na atom Wala simbolo (tulad ng pseudo atoms) ang tugma nagbabalik false (sa halip na isang NPE)
- Fixed tamang handling ng #N smarts querys
- Idinagdag test kaso para bug 2686473
- Idinagdag nota sa Ant 1.7.1 kinakailangan
- Mga Fixed isang NPE source: 'null == 2' nagiging sanhi ng isang exception, kaya unang pagsubok para nullness
- Fixed abiso sa copyright para sa 2009
- Fixed duplicate imbakan ng mga template ng layout, na kung saan lamang pag-aari sa sdg module, hindi dagdag na module masyadong
- Pagsamahin branch 'local1.2' ng ../../ git-svn / CDK
Ano ang bago sa bersyon 1.2.0:
- Pag-aayos ng ilang smarts parse problema, ang paggamit ng dalawang -Letter simbolo at IPseudoAtom sa Fingerprinter, at nagdadagdag ng 4 na bagong kahulugan atom uri, para sa yodo at sulfur.
Ano ang bago sa bersyon 1.1.5:.
- Mostly-aayos ng bug
Ano ang bago sa bersyon 1.1.4:.
- Mostly maliit bugfixes
Ano ang bago sa bersyon 1.1.1:
- Mostly maliit-aayos ng bug at pangkalahatang code paglilinis.
Ano ang bago sa bersyon 1.1.0:.
- Maraming, maraming mga pagbabago
Kinakailangan
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
Mga Komento hindi natagpuan