NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit ay nagbibigay ng libre, madaling dalhin, pampublikong aklatan domain na may gamitin walang mga paghihigpit. Gumagana ito sa Unix, Windows MS, at Mac OS platform:
ย ท Networking at Interprocess Communication (IPC) library na may IOSTREAM adapter
ย ท MultiThreading Library
ย ท CGI at Fast-CGI Library
ย ท HTML sa Pagbuo ng Library
ย ท Database SQL Access Library
ย ท C ++ wrapper library para BerkeleyDB
ย ท C ++ IOSTREAM Adaptor / wrapper Library
ย ท gzip at BZ2 C ++ wrapper Library sa IOSTREAM adapter
ย ท ASN.1 at XML Serialization Library sa C ++ Code Generator Tool (datatool)
ย ท Petsa at Oras Library
ย ท File System Function Library
ย ท Command-Line argument, Configuration at Kapaligiran Processing Library
ย ท Sequence Paghahanay algorithm Library
ย ท sabog Engine Library
ย ท biological mga pagkakasunud-sunod Pagkuha at Pagproseso ng Library
ย ท Portable FLTK at OpenGL batay GUI at graphic library
Bukod sa itaas, may mga marami mas kapaki-pakinabang mga aklatan, parehong pangkalahatang layunin at mga kaugnay na Biotech-na patuloy na binuo, pinananatili at ginagamit sa produksyon tunay na buhay sa pamamagitan ng daan-daang Web at nakapag-iisang application at mga programmer (din binibilang sa daan-daang).
Kung ikaw ay isang C ++ developer makikita mo ang portable na likas na katangian ng library napaka kapaki-pakinabang sa pagbuo ng cross-platform application kahit na wala kang magkano ang interes sa Biyoimpormatika. Mga Aklatan tulad ng mga para sa CGI / Fast-CGI, HTML, Networking, Database SQL Access, ASN.1 at XML Serialization ay masyadong pangkalahatan layunin at maaaring gamitin sa iba't ibang mga application sa labas ng domain problema Biyoimpormatika.
Ang C ++ Toolkit sumasailalim sa mga aktibong pagbuo ng mga aklatan ini-built gabi-gabi. Ang source code ay malayang magagamit sa pamamagitan ng FTP at CVS. Ang dokumento para sa C ++ Toolkit ay magagamit online sa format na NCBI bookshelf at din bilang nada-download na libro sa format na Acrobat ng PDF

Ano ang bagong sa paglabas:.

• HIGHLIGHT:
• Added LDS2 (v.2 Lokal na Imbakan ng Data) na batay sa SQLite3, ay may mga bagong tampok at mas mahusay na pagganap. Ipinatupad din LDS2 data loader gamitin LDS2 mula sa Bagay Manager.
• XmlWrapp -this maginhawang XML API pangangasiwa ay halos tapos na (at kahit na pinakintab).
• Ipinatupad tunneling at pahintulot ng koneksyon ng HTTP at tunneling ng mga secure socket, sa pamamagitan ng mga proxy ng HTTP.
• Pinapayagan ka na ngayon CFormatGuess tangi sa pagitan ng GTF, GFF3, at GFF2. Ito ay isang posibleng breaking na pagbabago. Para sa higit pang mga detalye, tingnan sa ibaba.
• Ipinatupad ng mga pangunahing bahagi ng CFeatTree, ang klase upang ayusin ang mga tampok na tinukoy sa isang bayolohikal na pagkakasunud-sunod sa isang hierarchy na sumasalamin sa kanilang relasyon sa magulang-anak (batay sa mga tampok subtypes).
• CORELIB:
• Ipinatupad locale-independiyenteng conversion ng string i-double at i-back; binago ang core library upang gamitin ito.
• NStr ::-justify () - para sa pag-format ng talata ng mga teksto
.
• CNcbiApplication - gumawa FindProgramExecutablePath static, at mas matatag; magdagdag ng isang static na pamamaraan GetAppName mas mataas na antas. Hanapin ang mga pandaigdigang mga file ng configuration sa higit pang mga kaso.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Bagong paraan ng paglalantad ang logic nagpapasya kung aling mga file (kung mayroon man) upang i-load
• CEnvironmentCleaner -. Bagong klase upang itapon ang mga hindi nais na kapaligiran variable
• CFileIO - bumalik sa orihinal na pag-uugali:. Huwag isara ang file handle kung ito ay itinalaga sa pamamagitan ng SetFileHandle ()
• Serial:
• Serialization ng mga bagay na data AnyContent - maayos na makilala at maayos na proseso ng mga katangian sa kanilang mga halaga
.
• Nawastong ang pagbabasa ng data ng XML upang italaga sa isang elemento default na halaga kapag ito ay walang laman.
• Nagdagdag ng suporta para sa mga pagkakasunud-sunod ng mga elemento, kung saan ay may default na halaga ng elemento.
• DATATOOL:
• Nawastong code na henerasyon ng:
• bagay data pagpipilian;
• binary na uri ng data na may mga katangian.
• Nawastong conversion ng double halaga uri upang mapanatili ang higit pang makabuluhang mga digit.
• Connect:
• Idinagdag keepalive socket pagpipilian (fSOCK_KeepAlive).
• Added NCBI pagsubok pagkakakonekta (CConnTest).
• UTILITES:
• g_FindDataFile -. Bagong pag-andar para sa paghahanap ng mga file ng data sa (maaaring i-configure) standard lokasyon
• CChecksumStreamWriter -. Bagong klase upang makalkula ang checksum ng data na nakasulat sa isang stream
• g_GZip_ScanForChunks () - mga bagong API, para sa mga tanong na naka-compress na posisyon stream. Idinagdag pagpapatupad para sa pagkuha ng mga posisyon para sa hiwalay na gzip-file sa loob concatenated gzip file.
• manipulators Idinagdag compression / decompression stream (Kasama / util / i-compress / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp)-update, na may posibleng breaking na pagbabago. Ang layunin nito ay upang payagan ang CFormatGuess upang makilala sa pagitan ng GTF, GFF3, at GFF2. Sa kasalukuyan ito bugal lahat ng mga format na iyon sa isang halaga 'eGtf'. Ang halaga lumang 'eGtf' (3) ay pinalitan ng 'eGtf_POISONED', at hindi muli ibabalik. Ang bagong halaga para sa 'eGtf' (21) ay mangangahulugan ng file na dapat basahin sa CGtfReader (objtools / mga mambabasa / gtf_reader.hpp). Ang bagong mga halaga ng 'eGff3' (22) ay para sa mga file na sinadya upang mabasa sa CGff3Reader (objtools / mga mambabasa / gff3_reader.hpp), at 'eGff2' (24) ay para sa mga file na sinadya upang mabasa sa CGff2Reader (Kasama / objtools / mambabasa /gff2_reader.hpp)
• Bio-Objects:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Bagong paraan upang matulungan ang mga pagkakasunud-sunod lugar na na-import mula sa FASTA mga file na may mga pagtutukoy hanay sa higit pang konteksto; nakabalot sa pamamagitan ng CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (gayon din naman bago).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Ipatupad o mapabuti ang pagkilala para sa higit pang mga prefix (GA, HH, HI, Ho-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, at IAA-IZZ, ang ilan ay tumutugon sa mga bagong posibilidad ng DDBJ TPA WGS data) at halo-halong-in TPA protina accessions (karamihan ay mula sa EMBL, ngunit ang ilan mula GenBank masyadong).
• makilala WGS master accessions sa pamamagitan ng isang bagong flag na bit. Mamahinga over-mahigpit PDB pagkilala logic.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Bagong pag-andar para sa mga nagtatrabaho sa pagkakasunud-sunod plain-text identifier, isinasali out sa CFastaReader at pangkalahatan medyo
• SSeqIdRange - Bagong uri (kumpleto sa mga pang-parse at on-the-fly & quot; iterator & quot;) para sa pakikipagtulungan sa mga hanay ng Seq-id, pati na sa ilang FASTA defline pinagmulan modifier
.
• Bio-TOOL:
• CFastaOstream - Opsyonal na tanggapin ang pasadyang mga pamagat para sa mga isahang mga pagkakasunud-sunod. I-tag ang mga negatibong-pili mga saklaw sa mga nangungunang 'c iyon.

.
• CFastaReader - Suportahan ang negatibong-pili mga saklaw at compact defline-style syntax puwang kislap sa bestido ni (?? & Quot; & gt; H & quot; kung saan N ay isang numero; o & quot; & gt; unk100 & quot;)
• Cobalt:
• -num_domain_hits Idinagdag command-line opsyon na naglilimita sa bilang ng mga conserved mga domain sa bawat pagkakasunud-sunod na ginagamit sa computing hadlang sa pagkakahanay.
• Phylogenetic puno:
• Idinagdag mas mataas na antas na interface para sa computing Punong pilohenetiko mula sa pagkakasunud-sunod alignments (halimbawa sabog at mga resulta ng Cobalt). Klase ng CPhyTreeCalc computes Punong pilohenetiko, at CPhyTreeFormater mga Kopya tree sa Newick at Nexus format.
• Bio-Bagay Mga Aklatan:
• Ipinatupad CheckNumRows () at iba pang mga pamamaraan para sa kalat-kalat alignments.
• Upang mabawasan ang memorya ng bakas ng paa: idinagdag na read-Hooks upang mabawasan ang memorya na ginagamit ng mga alignments pagkatapos deserialization; Ginagamit na ngayon Na-pili ng isang byte ng memorya kung saan maaari; Score.value choice ay naka-embed sa CScore ngayon.
• sulatin sa malaking titik pag-akyat sa CSeq_id :: GetLabel ().
• Bio-Bagay MANAGER:
• Idinagdag pamamaraan getter para sa boolean field sa CTableFieldHandle.
• Added GetBestGeneForFeat () batay sa CFeatTree.
• Ipinatupad GetBestOverlappingFeat () sa CFeatTree.
• Idinagdag mabilis CScope :: GetTaxid ().
• Ipinatupad bulk paglo-load para sa acc / ver, sundalo, label, at taxid.
• Idinagdag zero-length gaps suriin upang CSeqMap at CSeqVector.
• Ipinatupad GetLength () at GetCoverage () para sa mga lokasyon ng bono.
• Pagpapabuti:
• Idinagdag paraan ng helper upang punan CFeatTree sa lokasyon.
• Sped up ng pagma-map ng mga simpleng mga lokasyon CSeq_loc_mix sa CFeat_CI.
• Stricter-uuri-uri ng mga tampok sa CFeat_CI upang maiwasan ang mga ambiguities.
• CSeq_feat_Handle getters ngayon gumagana sa Seq-talahanayan Nagtatampok din.
• tampok Seq-talahanayan sinusuportahan ngayon field user multi-level.
• Mga Di-Seq dakilang gawa Seq-lamesa ay kinikilala ngayon kahit na matatagpuan sa hating tipak.
• Sped up CBioseq_Handle :: AddId ().
• Na-optimize CScope :: AttachXxx ().
• Suporta split ng may pangalang anotasyon.
• CSeqVector at CSeqVector_CI ng CanGetRange () ngayon return false halip na masusuka ng pagbubukod.
• Payagan upang tukuyin kung paano haharapin ang mga umiiral na mga handle sa ResetHistory ().
• -optimize na muling pagiging magulang kung mas maraming mga tampok ay naidagdag sa CFeatTree.
• Idinagdag posibilidad upang i-debug CScope paglikha / pagtanggal.
• Marami sa mga pagbabago sa pag-andar malinis ang C ++ gayahin ang pag-andar cleanup na ay umiiral na sa C. Mayroon pa ring pang trabaho na dapat gawin sa BasicCleanup, ngunit makabuluhang pag-unlad ay ginawa. Little trabaho ay nagawa para sa ExtendedCleanup bilang pa ng.
• CSeq_loc_Mapper ay maaari na ngayong nasimulan na may gc-Asembleya.
• Bug pag-aayos:
• Mga Fixed pagma-map ng mga lokasyon ng halo sa minus malagay sa kagipitan sa CFeat_CI.
• Maraming mga pag-aayos sa paraang CFeatTree nagli-link na mga tampok.
• Ang ilang mga pag-aayos sa thread-kaligtasan.
• Mga Fixed typo pumipigil sa pagdaragdag ng aligns at graph sa CSeq_annot_EditHandle.
• nagbabantay laban sa mga pagbubukod kapag pagbubukod-bukod ng mga tampok sa CFeat_CI.
• GENBANK DATA loader:
• Nakarehistrong HPRD panlabas na annotation.
• Idinagdag opsyonal exclude_wgs_master param sa pubseqos / pubseqos2 mga mambabasa.
• Ipinatupad bulk paglo-load para sa acc / ver, sundalo, label, at taxid.
• Added CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Pagpapabuti:
• Gamitin ang maramihang pag-load ng mga kahilingan sa CScope :: GetBioseqHandles ().
• Paghiwalayin ang mga istatistika ng mambabasa ayon sa uri ng na-load blobs.
• Idinagdag timestamp sa GenBank-debug ng mga mensahe.
• Gamitin ang IConnValidator para sa pagbubukas PubSeqOS na koneksyon.
• Idinagdag split-bersyon sa mga kahilingan ng tipak tipak at subkeys sa GenBank cache upang iwasan ang paggamit ng maling chunks kapag patak hating estado ay nagbago sa ID.
• Idinagdag pangalawang mas nakalilito mga pangalan param para sa open-timeout.
• Huwag i-multiply ang bilang subukan muli sa pamamagitan ng bilang ng mga koneksyon.
• Bagay MANAGER PAGSUBOK AT demo na application:
• id2_fetch_simple -. Naidagdag -id mga pagpipilian para sa di-makatwirang Seq-id
• test_bulkinfo -. Bagong pagsubok application
• FASTA:
• pag-andar tampok talahanayan C ++ ay ginawa nang higit pa nagagamit na tulad ng para sa bahagi ng proyekto BankIt.
• asn2flat utility
• Napakalaking bilang ng mga pagbabago sa flatfile-format upang dalhin ito magkano ang mas malapit sa ilabas-ready estado (maaaring ilabas handa na sa puntong ito, bagaman ang ilan ay mananatiling relatibong maliit na mga isyu).
• XMLWRAPP:
• Mga Fixed segmentation fault sa kaso ng pagkuha ng isang reference sa xpath na expression tumatakbo ang mga resulta.
• Idinagdag helpers upang makakuha ng pampublikong ID, ID system at pangalan DTD para sa panlabas at panloob na mga subset.
• Idinagdag pamamaraan upang lookup katangian na node.
• Mga Fixed pagpapatupad ng xpath na expression:. Ngayon magsimula ito mula sa ibinigay na node
• Mga Fixed na naghahanap ng mga katangian (kabilang ang default) kapag ang isang namespace ay ibinigay.
• Idinagdag kakayahan upang patakbuhin ang xpath na expression nang walang pangangailangan para magparehistro namespace tahasang.
• Idinagdag kakayahan upang magbigay ng mga lalagyan para sa pagkolekta ng mga error at babala habang pina-parse ng mga dokumento.
• Idinagdag kakayahan upang baguhin ang mga halaga at namespace ng default na mga katangian ng node.
• Idinagdag kakayahan upang subukan kung ang isang katangian ay default.
• Idinagdag kakayahan upang ipasok o alisin ang mga katangian habang isinasaalang-alang ang kanilang mga namespace.
• Idinagdag kakayahan upang i-strip pagpapahayag XML kapag ang isang dokumento ay naka-save.
• WindowMasker:
• Nagdagdag ng bagong format ng input, & quot; seqids & quot ;; na may ganitong format ng input, ang input ay isang file na naglalaman ng id pagkakasunud-sunod sa bawat linya, at ang algorithm ay gumagamit ng Bio-Bagay Manager upang hanapin ang mga pagkakasunud-sunod.
• Nagdagdag ng bagong klase CWinMaskConfig, para sa pag-iimbak ng lahat ng mga WindowMasker mga parameter ng configuration. Ang class na maaaring magamit upang idagdag ang mga kinakailangan argumento command-line sa CArgDescriptions, at pagkatapos ay kunin ang mga parameter ng configuration mula sa mga argumento command-line.
• Buuin ang balangkas (UNIX):
• Bigyang-kahulugan ang mga pagtutukoy command-line ng APP_PROJ o LIB_PROJ bilang isang cue upang i-clear ang iba pang mga setting * _PROJ Hindi rin basta. (Nangangailangan ng GNU Gawing;. Build sa Araw ginagawa patuloy na tumakbo tulad ng dati)
• Supply para sa higit pang mga target sa mga subdirectory:. * _f (Gamit ang mga lokal na flat makefiles-produce on demand, binabalewala ang mga dependency sa iba pang mga bahagi ng puno), * _fd (wrapping ang top-level na Makefile.flat), clean_sources at purge_sources
• Isaayos at ang kaginhawahan ng script (compiler / Unix / * SH.):
• Katangi-tanging bagong i-flag --without-3psw -. Huwag gamitin sa anumang 3rd-party na software
• Nagdagdag ng tseke para GLEW.
• Pinahusay na mga tseke para sa Boost at OpenGL.
• Suporta ng pagtukoy run path sa Darwin (Mac) na mga sistema ng mga modernong toolchains.
• sabog:
• Sa Darwin (Mac OS X), bumuo lamang para sa Intel processors kahit na kung hindi man ay unibersal build dahil sa PowerPC toolchain limitasyon.
• Nagdagdag ng suporta para sa pagbawi ng NCBI taxonomy ID kung saan WindowMasker suporta ay magagamit.
• Payagan ang pagtutukoy ng isang pagkakasunod-sunod query kasama ang maramihang mga pag-align ng pagkakasunud-sunod file sa psiblast.
• hard-masking suporta Idinagdag database.
• Idinagdag database soft-masking para isinalin na paghahanap.
• Nagdagdag ng suporta para sa btop (pagpapatakbo sabog traceback) at query at haba ng paksa sa sa hugis ng mga talaan ng ulat.
• Command-line mga aplikasyon - payagan psiblast upang maghanap ng mga maramihang query, nagdagdag opsyonal -input_type para sa makeblastdb
• Payagan ang paggamit ng pinakamahusay na hit at XML sa mode na blast2sequences.
• Pinahusay na pag-format ng pagganap para sa remote na paghahanap.
• makembindex ay maaari na ngayong bumuo ng lihim MegaBLAST index nang direkta mula sa database sabog nucleotide paggamit ng impormasyon na naka-imbak masking sa database sabog. Ito ay nagagawa sa pamamagitan ng bagong pagpipilian sa linya ng command upang -db_mask makembindex. Tumatanggap ang pagpipiliang Ang mga id integer ng algorithm sa pag-filter suportado ng database sabog. Ang pagpipilian ay maaari lamang ilapat sa pagsama ng -iformat blastdb.
• Upang tulungan ang isang user sa paghahanap ng mga out ang numeric na mga id ng pag-filter ng algorithm suportado ng isang database sabog, i-flag ang -show_filters ay ipinakilala. Paglalapat ng mga flag na may -iformat blastdb at database sabog bilang isang input nagiging sanhi ng makembindex sa output ng isang listahan ng mga magagamit na pag-filter ng algorithm at lumabas.
• Mga Application NETCACHE:
• NetCache ay reworked upang isama ang sumusunod na mga tampok:
• mas mahusay na pamamahala ng disk space;
• lock-gaanong trabaho na may blobs,-bersyon ay sa halip na ginagamit;
• pakikinig multi-port at mga setting para sa bawat client differentiating.
• NetCache at ICache API:
• Gamitin ang Uint8 sa lahat ng dako para sa laki ng patak.
• Payagan ang bahagyang patak pagbawi.
• ipinakilala proteksyon patak password; Walang laman ang password ay itinuturing bilang walang password.
• Worker API node:
• Bagong parameter para sa pagwawakas ng mga manggagawa na node kung nito pagkonsumo ng memorya ay lumampas sa tinukoy na limitasyon (parameter & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Bagong parameter para sa pagwawakas ng mga manggagawa na node kung ang oras nito run ay lumampas sa tinukoy na limitasyon (parameter & quot; total_time_limit & quot;)
.
• grid Application:
• netscheduled
• Ang Nakatakdang ng isang bug na sanhi walang tugon sa utos pagtanggal queue.
• remote_app
• Bagong parameter ng configuration (& quot; tmp_dir & quot;). Upang kontrolin kung paano pansamantalang pangalan ng direktoryo ay binubuo - upang bawasan ang haba nito
• error pagsulat patak-log.
• netcache_control
• Payagan ang bahagyang patak pagbawi.
• Bagong utos -remove tanggalin blobs sa pamamagitan ng kanilang mga id.
• Bagong parameter -auth upang tukuyin ang authentication string gamitin.
• Bagong command -reconf at -reinit para sa paggamit ng NetCache mga administrator.
• netschedule_control
• Pinagana ang compatibility mode upang gumawa netschedule_control gumagana sa mga mas lumang mga manggagawa node.
• cgi2rcgi.cgi
• Huwag lumikha ng isang walang laman na NetCache patak bilang isang placeholder para sa mensahe ng pag-unlad.
• Mag-log Grid error na inulat sa user.
• Payagan ang mga puwang sa parameter ID trabaho.
• Suporta output ng impormasyon sa katayuan ng trabaho sa JSON format.
• Payagan ang mga template ng pasadyang HTML na tinukoy para sa grid error at iba pang mga kaganapan.
• Idinagdag no-cache HTTP header upang maiwasan ang pag-cache ng mga intermediate na resulta.
• ncfetch.cgi
• Bagong parameter upang ma-access ang password-protected na blobs.
• Bigyang-kahulugan ang mga dagdag na parameter & quot; filename & quot; bilang isang pangalan ng file para sa nai-download na file.

Ano ang bagong sa bersyon 31 Disyembre 2008:

• Ang release na ito ay nagdadagdag ng isang paraan upang makalkula ang haligi na tukoy sa pseudocounts sa PSI-sabog.
• Ito refactors ang mga serbisyo ng grid library.
• Ito ay nagdaragdag ng yunit ng pagsubok framework at error sa pag-log para sa lahat ng klase ng File API.
• Ito Inaayos ng suporta pthread sa IRIX. Ito Pinahuhusay ng suporta ng XML Serialization.
• Ito Inaayos ng suporta para sa Sybase.
• Ito ay nagdadagdag ng suporta para sa mas maliit na mga talahanayan lookup para sa maliliit na mga query.
• Nagdadagdag ito ng isang API upang makuha ang GenBank istatistika loader.
• Ito ay sari-sari iba pang mga pagpapahusay, speedups, at bugfixes.