Arabidopsis Motif Scanner

Arabidopsis Motif Scanner (AMS) ay isang Windows application na tumatakbo sa mga lokal na computer. Ito ay binuo upang bumuo ng gene mga network sa pamamagitan ng pagkilala ang mga posisyon ng CIS-regulatory elemento sa modelo ng halaman Arabidopsis thaliana at sa pamamagitan ng pagbibigay ng isang madaling interface upang masuri at suriin gene relasyon. Its pangunahing makabagong tampok ay upang pagsamahin ang CIS-regulatory element posisyon, NGS at DNA Chip Arrays expression data, Arabidopsis anotasyon at gene pakikipag-ugnayan para sa pagkilala ng gene networks kinokontrol ng transcription kadahilanan. Sa pag-aaral na nakatutok sa transcription kadahilanan function, ang software ay gumagamit ng expression data at umiiral site motifs sa regulatibo gene rehiyon upang mahulaan direct target genes. Bukod pa rito, AMS utilizes DNA-protina at proteinprotein interaction data upang mapadali ang pagkilala ng metabolic pathways kinokontrol ng transcription factor ng interes.