Marvin

Ang proyekto Marvin nag-aalok ng isang koleksyon ng Java mga tool sa pagguhit, at pagpapakita ng characterizing kemikal na kaayusan, substructures at reaksyon.
Marvin maaaring madaling-install sa iyong desktop at walang putol isinama sa mga web page at mga third party na application sa pamamagitan nito Application Programming Interface (API).
Ang pamilya Marvin ay binubuo ng mga sumusunod na tool:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets o Beans?
Marvin ay magagamit sa dalawang mga pakete depende sa paggamit:
* Marvin Applets para sa mga web developer ang
* Marvin Beans para sa desktop sa botika at para sa mga software developer.
Marvin Applets mga tool para sa pagbuo ng kemikal na mga web page, na mga katugma sa karamihan sa mga browser (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, atbp) Nag-aalok ang mga ito ng access papunta / JavaScript at ay nako-customize sa pamamagitan ng applet parameter.
Marvin Beans ay madaling nai-install na mga application para sa desktop at mga tool para sa pagsasama ng mga kakayahan Marvin sa anumang Java application

Ano ang bagong sa paglabas:.

• MarvinSketch:
• Pampublikong paghahanap database sa chemicalize.org.
• posibilidad na baguhin ligand order sa MarvinSketch.
• Ulap-epekto ay maaaring kinokontrol sa iba't ibang mga paraan:
• May slider sa Display tab ng dialog na Mga Kagustuhan sa Sketch / Tingnan ang GUI upang itakda ang lakas ng fog-epekto at isang checkbox upang lumipat-off ang awtomatikong pag-fog-bisa.
• Applet at beans na mga parameter ay ipinakilala: fogFactor, automaticFogEnabled. (Paksa sa forum).
• -attach sa isang punto ng attachment grupo ay hindi awtomatikong Huwag ipagpangkat ang Sgroup na ngayon.
• pagpapasiya ng nilalaman S-grupo ng:. Maramihang mga generic at S-group na kailangang maglaman ang buong subgraph sa pagitan ng mga bono ay nagku-krus ang mga bracket
• I-update ang nilalaman S-pangkat ng kung babaguhin posisyon bracket: alinman sa mga bracket o ang istraktura ay inilipat
.
• S-group-embed at sumanib ay naka-check sa Molekyul pagkakapare-pareho sa mga pagsusuri.
• SMARTS pag-import ay sumusuporta sa aliphatic carbons na may double bono (paksa sa forum).
• ngiti ang import / export sumusuporta allenes.
• Bumuo ng mga tradisyonal na pangalan para sa mga fragment sa loob ng isang mas malaking compound (eg & quot; dextromethorphan hydrobromide & quot;).
• Suporta para sa Cas numero ng conversion.
• Pinahusay na OCR error pagwawasto sa DocumentExtractor (nawawalang kuwit, misrecognized uri ng panaklong, labis na espasyo, ...).
• taga bunot ng dokumento sa mga dokumento na PDF ay nagbibigay sa ngayon ang bilang ng mga hit na pahina.
• Pinahusay na suporta para sa mga karaniwang pangalan sa istraktura-to-name at pangalan-ng-istraktura. Ang pangkalahatang suporta para sa mga pangalan ng pag-import nadagdagan ng sa paligid ng 5% para sa mga karaniwang at 10% para sa systematic pangalan. Bilis ng conversion ay nadagdagan ng 20%.
• JChem at Marvin Beans installer para sa Windows ring kunin shell script para sa cygwin.
• Panatilihin ang exocycyclic group sa Bemis-Murcko Framework.
• Haloheno maaaring magkaroon ng higit pa sa isang koneksyon sa panahon ng pag-isa isa.
• aromatic bono ay isinasaalang-alang sa panahon ng pagkalkula ng mga bilang ng double bono para sa homology checking ari-arian.
• mode Lasso seleksyon maaaring itakda sa magiging default sa MSketchPane (paksa sa forum).
• Isang bagong pag-andar, isChiral ay naidagdag na sa TopologyAnalyzer.
• Bagong Chmical Tuntunin mga pag-andar: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Bugfixes:
• kahon ng Pangalan ay hindi na-update matapos ang paglikha ng grupo dahil sa paglikha ng isang pangkat ay hindi taasan graph invariant pagbabago count (paksa sa forum).
• MarvinSketch application ay hindi maunawaan ang & quot; - {name} & quot; parameter ng command line.
• Kapag ang Istraktura & gt; Hanapin buuin ang mga online na menu ay pinagana sa ilalim ng Linux, hindi ma-natukoy na upang ipakita ang resulta (paksa forum) ang default na browser.
• Nabigo ang pag-load ng isotopes.data file mula sa cache ng java kung hindi na-compress na bersyon nito ay naka-imbak sa cache (ibig sabihin, kung ang uncompression ay awtomatikong nagagawa ng webserver, at hindi sa pamamagitan ng Marvin). Paksa sa forum, dokumentasyon.
• Graphical bagay ay hindi ipinapakita sa window ng resulta Geometry Plugin.
• Sa elektron-daloy ng arrow, ang asul na kahon para sa pag-highlight ay hindi nasagot na (paksa sa forum).
• Ligand pagkakasunod-sunod ay hindi ipinapakita sa plantsa kung ang mga kahulugan ay tinanggal, kahit na ang & quot; Palaging & quot; pagpipiliang display ay nakatakda para sa & quot; Ligand Mga Order & quot; sa dialog ng mga kagustuhan.
• Index ng multicenter atom ay naging corrupt pagkatapos ng pag-export sa MDL Mol format kung ito ay nakakonekta sa isang R-group.
• natigil Arrow sa mga parihaba ay napinsala habang ang import / export (paksa forum) Mrv.
• Nabigo ang pag-import ng ng 1-titik na peptide sa isang solong Histidine (paksa sa forum).
• Implicit hydrogens ay nawawala sa pamamagitan ng pag-import mula sa skc.
• Walang bisa halaga ng ari-arian ng MolAtom ay hindi na-export / import sa Mrv format.
• Sa pamamagitan ng pag-import ng ilang mga SMARTS, maling uri ng bono ay natutukoy sa halip ng solong o aromatikong bono.
• Ang ilang mga bracket na-import mula sa Cdx file iguguhit na ChemDraw ay ipinakita ito sa maling direksyon.
• SMARTS-export:. 1-atom kapit-bahay solong bono ng isang aromatikong singsing ay nai-export na bilang nag-iisang bono sa halip na solong / aromatic
• Pag-export ng mga query na may node link at R-grupo sa format na SMARTS ay hindi tama.
• Ang handling H atom ay hindi maliwanag sa SMARTS expression.
• Nabigo ang Mol file komento field na pag-import.
• Pag-import ng ilang mga ngiti ay mali (paksa sa forum).
• Kung ang template ay naglalaman ng isang kadena bahagi na maaaring matatagpuan sa target bilang bahagi ng isang ring (o singsing system) na dapat naming huwag pansinin ang bahaging iyon ng template.
• Ang mga masasarap na may Hydrogenize pagpipilian ng Clean3D hindi awtomatikong Huwag ipagpangkat S-group na ito (paksa sa forum).
• Molecule.contractSgroups () messed up ang Molekyul mga coordinate (paksa sa forum).
• Tahasang hydrogens ay hindi maayos na isinasaalang-alang sa pagkalkula Estereokimika CIS / Trans.
• Tautomer generator threw ArrayIndexOutOfBoundsException sa ilang mga kaso.
• Homology baybay-produce pabagu-bagong mga molecule para sa ilang VMN input.

Bilangin
• Hindi tamang pagsingil pagkatapos ng paglalapat ng CovalentCounterion tagaayos.
• Ang format ng output ng log ng StructureChecker command line differed mula sa output format ng wizard.
• ChiralFlagErrorChecker ay hindi mahawakan ang tama chirality. Sa halip na nagkakalkula chirality mula sa data pagkakapare-pareho, ginamit ito ng isang pagpapatupad batay sa mga pamamaraan ng TopologyAnalyser isChiral.

Ano ang bagong sa bersyon 5.4.0.1:

• Highlighting ng elektron daloy ng mga arrow ay mali noong mga batayang o hangganang tuldok ay isang bono (paksa sa forum).
• Serialized configuration menu ay hindi gumagana.
• Ang index ng multicenter atom ay hindi tama nilikha sa panahon ng MDL MOLFile-export sa kaso ng mga kaayusan kung saan ang R-grupo ay konektado sa multicenter atom (pagkakaiba-iba ang posisyon ng bono).
• Implicit hydrogens ay nawawala mula sa atoms matapos ang pag-import o i-paste ng mga istraktura sa Isis / Symyx Sketch format ng file (SKC format ng file).
• CDX mga file kabilang ang pinaikot na graphical na mga bagay-export mula sa lumang bersyon ng ChemDraw hindi ma-import.
• pagkalkula Tautomer
• Mga generic na tautomer ay hindi natatangi sapat na sa ilang mga kaso. Dahil sa pag-aayos, ang generic na tautomer ay ibinigay aromatic form na ito.
• Canoncical pagkalkula tautomer ay napabuti dahil sa pag-aayos ng dearomatization.
• Ang ilang mga istraktura na may tahasang hydrogens konektado sa magsiksik ng bono ay nagbigay ng pagbubukod sa panahon ng generic tautomerization.
• pagkalkula Dami ay nawawala mula sa cxcalc.
• Istraktura ng Checker threw NullPointerException sa halip ng hindi papansin ang maling configuration file.

Ano ang bagong sa bersyon 5.1.03.2:

• IUPAC Pangalan import: nagko-convert ang mga pangalan ng IUPAC sa istraktura.
• Ole 2 sa suporta:. Pinahusay na suporta sa pag-paste MarvinSketch bagay sa dokumento opisina MS
• Kemikal Tuntunin:. Makukuha mula Marvin sa command line, API at maaaring magamit sa mga script ng Java (sa applets)
• Pinabilis pagsisimula ng MarvinSketch at MarvinView sa startup, parehong bilang nakapag-iisang bersyon, at bilang bahagi ipinapatupad sa ibang mga application.

Mga Kinakailangan :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment