mpiBLAST ay isang MPI batay parallel na pagpapatupad ng NCBI sabog. Ang proyekto ay binubuo ng isang pares ng mga programa na palitan formatdb at blastall may mga bersyon na maipatupad jobs BLAST kahanay sa isang kumpol ng mga computer na may MPI install. Mayroong dalawang pangunahing mga pakinabang sa paggamit mpiBLAST kumpara sa tradisyunal na sabog.
Una, mpiBLAST Splits ang database sa kabuuan ng bawat node sa kumpol. Dahil segment ang bawat node ng database ay mas maliit ito ay karaniwang naninirahan sa buffer-cache, mapagbigay ng isang makabuluhang speedup dahil sa ang pag-aalis ng disk I / O. Pangalawa, ito ay nagpapahintulot sa mga gumagamit BLAST upang samantalahin ng mahusay, low-cost Beowulf tumpok dahil hinihingi interprocessor komunikasyon ay mababa.
mpiBLAST achieves super-guhit speedup sa mga sitwasyon kung saan ang mga database ay masyadong malaki upang magkasya sa RAM, at malapit sa guhit na speedup sa ibang mga sitwasyon. Ito ay hindi nangangailangan ng isang dedikado kumpol.
Mga kailangan:
Mga Komento hindi natagpuan