CLC Main Workbench

Ang 4-week fully functional na demo ng CLC Combined Workbench aggregates lahat DNA sequence pinag-aaralan ng CLC Gene Workbench at lahat protina sequence pinag-aaralan ng CLC Protein Workbench. Lahat pinag-aaralan ay ganap na naisama sa isang solong, user-friendly, at madaling gamitin na application software

Ano ang bago sa ito release:.

Pagpapabuti

• Na-update ang paghihigpit enzyme listahan mula rebase & nbsp;.

• Inayos ang isang isyu na may tumatakbong BLAST sa MacOS Sierra
• na-update link PFAM & nbsp;. iniulat ng Pfam domain Search tool
• Inayos ang isang isyu ipinakilala sa & nbsp;.. CLC Main Workbench 7.7.2 kung saan enzymes nakalista ayon sa alpabeto pagkatapos RdeGBI ay nawawala methylation impormasyon
• Iba't ibang mga menor bugfixes

Ano ang bago sa bersyon 7.7.2:

Workflows

• Workflow outputs ay maaari na ngayong i-configure upang ang mga subfolder upang maglaman ang outputs ay nilikha.
• New placeholder ay magagamit kapag pagtukoy sa mga pangalan ng workflow outputs: {user}, {host}, at para sa mga elemento ng timestamp ng output object, {taon}, {buwan}, {day}, {oras}, {minute}, {ikalawang}.
• placeholder loob pangalan workflow output na dati magagamit lamang bilang digits maaari na ngayong tinukoy gamit nakasulat na mga pangalan: {name} ay isang salitang kasingkahulugan para sa {1} at {input} ay isang kasingkahulugan para sa {2}
.
• 
  

  Kapag ginagamit ang {2} placeholder para sa mga pasadyang pagpapangalan sa mga elemento ng workflow output, lamang unlocked inputs ay isasama sa ang nabuong pangalan.

  
  
• 
  

  Sa nakabuo pdf nagpapakita ng lahat ng naka-configure mga parameter ng isang workflow, mga entry para sa mga parameter na konektado sa isang kasangkapan o isang input elemento ngayon ilista ang mga pangalan ng mga pagtukoy elemento. Dati ang parameter listahan para sa mga naturang mga elemento ay iwanang blangko.

  
  
• 
  

  Kung saan ang isang tool pangalan ay binago sa isang daloy ng trabaho, ang orihinal na pangalan ay kasama na ngayon sa tabi ng nagbago pangalan kapag ine-export parameter workflow.

• 
  

  Ang Kasaysayan view ng mga sangkap ng data nilikha gamit ang isang workflow Kasama na ngayon sa impormasyon tungkol sa mga workflow na lumikha sa kanila.

  
  
• Ang hanay ng mga kasangkapan sa workflow "Magdagdag Element" menu ngayon ay tumutugma sa order sa menu Workbench Toolbox.
• Pinahusay workflow validation upang tulungan ang gumagamit sa pagkilala input na ay hindi papansinin dahil sa ang configuration ng mga elemento workflow.

& nbsp;

& nbsp;

• Ang Quick tool Launch ay ngayon matatagpuan sa ilalim ng Toolbox menu sa halip na sa menu ng View at isang pindutan na tinatawag Launch na pinagsasama-up ang tool na ito ay naidagdag na sa ang toolbar.

• Analyses ay maaari na ngayong inilunsad sa mga sangkap ng data na nakalista sa talahanayan ng mga resulta ng isang Lokal na Paghahanap sa pamamagitan ng pagpili ng mga elemento ng interes, i-right click sa mouse at pag-navigate sa pamamagitan ng menu ng konteksto na lilitaw.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A & nbsp;. "Alisin Association (s)" na opsyon para sa pagtanggal ng mga asosasyon metadata mula sa mga napiling mga sangkap ng data ay naidagdag kasalanan ang Metadata Elements tanawin sa isang karapatan menu click konteksto

• Sa Metadata Maghanap Associated Data tingnan ito ay ngayon din posible na gamitin Hanapin sa Navigation Area kapag maramihang mga hilera ay pinili.

  
  
• Kapag pag-import ng metadata mula sa isang spreadsheet na may mga formula sa loob nito, ang resulta ng pagsusuri ng mga formula (tulad ng ipinapakita sa Excel) ay ini-import sa halip na ang formula mismo.

& nbsp;

• Ang lahat ng NCBI server komunikasyon ay ngayon naka-encrypt. (NCBI ay gumagalaw ang lahat ng mga serbisyo sa web sa HTTPS protocol sa Septiyembre 30, 2016) & nbsp;.

  
  

• Ang listahan ng mga enzymes pre-install sa workbench & nbsp;. Na-update mula sa rebase

  
  

• Ang pagpipilian na "ay hindi sa listahan ng" ay ipinakilala bilang isang bagong opsyon talahanayan filtering.

  
  

• Magbasa ng mga detalye ng grupo ay ipinapakita na ngayon sa Element Info view ng listahan sequence.

  
  

• GenBank import ngayon ay nagpapahintulot din para sa mga pangalan ng file na may 'GBFF' extension.

  
  

• Ang "Ayusin folder na" tool ngayon ay gumagamit ng mga de-numerong pag-uuri para sa filenames may prefix na isang numero.

• New placeholder ay magagamit kapag pagtukoy sa mga pangalan ng tagaluwas outputs: & nbsp; {User}, & nbsp; {host}, at para sa mga elemento ng timestamp ng output object, {taon}, & nbsp; {buwan}, & nbsp; {day}, & nbsp; {hour, & nbsp; {minute}, & nbsp; . {ikalawang} & nbsp;
• placeholder loob pangalan export output na dati magagamit lamang bilang digits maaari na ngayong tinukoy gamit nakasulat na mga pangalan: {input} ay isang salitang kasingkahulugan para sa {1}, {extension} ay isang salitang kasingkahulugan para sa {2} at {counter} ay isang kasingkahulugan para sa {3}.

Ano ang bago sa bersyon 7.7.1:

• Inayos ang isang isyu na lumitaw kapag Isinasagawa workflows na may maramihang mga inputs sa batch, kung saan ang mga pagbabago sa mga pre-natukoy na, naayos inputs tinukoy sa panahon ng proseso ng paglunsad ay hindi ilalapat.
• Inayos ang isang isyu kung saan ang Motif Search tool mali iniulat ang lahat ng match accuracies bilang alinman sa 0% o 100%.
• Mga Fixed isang isyu kung saan sa pag-uuri ng isang folder habang nagse-save sa ito maaaring mag-trigger ng isang error.
• Nakatakdang ng isang bug sa mode dialog batch na humantong sa isang error kapag problema na may kaugnayan sa ang kalakip na file o data ng lokasyon ay nakatagpo.

Ano ang bago sa bersyon 7.7:

I-import Metadata - basic at madaling metadata import. Ang tool na ito ay karagdagan sa mga kasangkapan na magagamit sa Metadata Table Editor.

Ano ang bago sa bersyon 7.6.4:

• Ang Nakatakdang ng isang bug kapag ang Search para sa pagkakasunud-sunod sa NCB tool ay mabibigo upang i-download nucleotide sequence na may mensahe ng error na "Ang mga sumusunod na mga pagkakasunud-sunod ay hindi na-download nang tama.
• Mga Fixed isang problema sa BLAST sa NCBI hakbang ng Lumikha Protein Isumbong tool.
• Inayos ang isang isyu na humahantong sa isang error sa panahon VCF export kung saan ang data na kasangkot ay orihinal na-import mula VCF file at ang mga halaga sa patlang qual ay integers & nbsp;.
• I-export ng mga lumulutang-point (decimal) numero sa VCF & nbsp; format dati ay nakasalalay sa mga tinukoy na locale. Ito ay naayos na sa gayon ay ang & nbsp; decimal separator & nbsp;. Ngayon palaging ay isang punto
• Kapag gumagawa automatic samahan ng metadata, ang log ay nagpapakita ngayon na metadata mga hilera ay hindi kaugnay sa anumang data.
• Nakatakdang ng isang bug na pumigil sa metadata manual impormasyon upang ma-access mula sa loob ng Workbench.
• Nakatakdang ng isang bug kung saan ang paggawa automatic association paggamit ng isang metadata mesa na naka-imbak sa isang CLC Server ay mabibigo.
• Awtomatikong samahan ng metadata ngayon humahawak association batay sa isang prefix ng mga pangalan data sa halip at eksaktong pagtutugma sa buong pangalan data.
• Ang isang metadata talahanayan hindi na nangangailangan ng isang susi haligi para sa kanyang mga hilera upang manu-mano na nauugnay na may mga elemento ng data.
• May option na i-override roles metadata dati makikita sa ang configuration ng Workflow outputs ay tinanggal.
• Inayos ang isang error nangyayari kapag ang isang Workbench Data Lokasyon ay tumuturo sa isang file sa sistema sa halip ng isang folder. Ito ay lilitaw na ngayon bilang hindi magagamit sa lugar Workbench Navigation.
• Pinagana tooltip para sa lahat ng mga parameter kapag configure at Isinasagawa workflows.
• Ang pag-login proseso mula sa isang workbench sa isang CLC Server ay dapat ngayong makumpleto bago pagbubukas ng isang clc url ay magsisimula.
• Ayusin ang isang problema sa mga Mac kung saan ang Workbench ay hindi kinikilala bilang isang pasadyang protocol handler para clc:. // Url
• Nalutas isang bihirang nagaganap exception na maaaring ma-trigger sa pamamagitan ng paglipat editor view na may isang double-click.

Ano ang bago sa bersyon 7.6.3:

Mga bagong tampok at mga pagpapabuti

• Batching sa mga napiling mga elemento ay posible na ngayon: ito ginagamit upang maging limitado sa mga napiling folder
.
• Maaari One ngayong piliin ang "EST" as database kapag gumagamit ang Search para sa pagkakasunud-sunod sa NCBI tool.
• Ang Hierarchical Clustering ng Samples tool ay maaari na ngayong ay pinaandar bilang bahagi ng daloy ng trabaho at sa server.
• Pinahusay na pamamahala ng memory kapag paghawak ng mga malalaking mga elemento ulat.
• tooltip sa mga dahon ng mga puno phylogenetic ngayon magpakita ng isang paglalarawan ng mga nakalakip sequence.
• Mga numero ay hindi na nakadugtong sa pangalan ng Workflow elemento kapag lumilikha ng isang kopya ng isang Workflow gamit "Buksan Kopya ng Workflow".
• Metadata Management. Subaybayan ang input file at i-import meta impormasyon para sa iyong mga sample.

Pag-aayos ng Bug

• Fixed isang bihirang nagaganap isyu kung saan ang Workbench nais ipakita ng mensaheng error kapag-install ng isang 3rd party na lisensiyado plugin.
• Mga Fixed isang isyu kung saan ang pagpili ng isang entry sa isang table Blast resulta ay maaaring i-highlight ang maling pag-align sa Blast editor kung ang talahanayan ay na-filter o pinagsunod-sunod.
• Mga Fixed isang isyu kung saan pag-click sa isang anotasyon sa Disenyo Primers editor ay maaaring pagsimulan ng isang error na mensahe.
• Mga Fixed isang isyu kung saan annotation na spanned sa mga wakas ng isang pabilog na sequence ay hindi tama ang inilagay sa Circular Sequence View.
• Ang Nakatakdang ng isang bug na sanhi ng workbench upang i-freeze kung ilang mga sequences ay ipinapakita sa circular view na may hugis ng bituin pag-render ng mga label.
• Fixed export ulat pagkakaroon ng maling-akda sa ilang mga sitwasyon.
• Inayos ang isang isyu kung saan ang Lumikha Box Plot at Principal Component Pagsusuri maaaring paminsan-minsan ay balungan dahil sa iligal na mga argumento, na humahantong sa isang error na mensahe.
• Ang output ng Reverse Makadagdag Sequence tool ngayon ay nakakakuha ng suffix -RC naka-attach sa ang pangalan ng input sa halip ng -1 bago.
• Nakatakdang ng isang bug sa Hulaan Secondary Structure kasangkapan kapag ang pagpipilian upang makalkula ang partition function na ay napili para sa mahabang molecules (& gt; 1000 nucleotides).
• Mga Fixed isang isyu kung saan hindi isa ay maaaring mag-zoom in pagkatapos mag-zoom out ganap sa napakalaking daloy ng trabaho.
• Inayos ang isang isyu na pumigil sa isang root folder sa Windows mamaneho mula sa ginagamit bilang File Location.
• Mga Fixed isang isyu kung saan pag-update ng isang umiiral na instalasyon sa Windows ay magreresulta sa .vmoptions file tinatanggal, na gumagawa ng Workbench run na may mga default Java configuration.

Ano ang bago sa bersyon 7.6.2:

• Idinagdag isang trabaho sa paligid sa isang isyu java na paminsan-minsan nagresulta sa Workbench pagpapakita ng isang uninformative error at nangangailangan ng pag-restart upang magpatuloy sa pagtatrabaho.
• Inayos ang isang isyu na may tumatakbong BLAST sa NCBI kung saan ang isang NCBI-generated error tungkol sa kanilang mga limitasyon sa paggamit ng CPU na lumampas ay hindi na nai-ulat halatang at isang resulta ng "no hits" ay nai-ulat sa halip.
• Ang pag-aayos ay inilapat upang maiwasan ang isang exception sa mga pangyayari kapag ang paglilinis ng mga nai-download ng mga file mula BLAST nabigo.
• Ang Reverse Isalin tool pinansin anumang genetic code na tinukoy sa talahanayan codon frequency. Lahat reverse translation ay kaya default sa karaniwang genetic code.
• Kapag-install ng isang workflow na may bundled data, ito ay hindi na posible upang pumili ng isang read-only folder para sa pagtatabi ng data.
• Fixed maling display ng "Mga sinusuportahang format" kapag ine-export elemento mula sa alinman sa Folder Editor o ang Lokal na Paghahanap Editor.
• Fix ng mga potensyal na maling file na-save kapag ine-edit ang isang file na natagpuan sa pamamagitan ng Lokal na Paghahanap Editor.
• Plots loob ulat ay ipinapakita na ngayon sa kanilang mga naka-save na mga setting side panel.
• Fixed pag-save ang iba't ibang kulay na linya sa plots sa pamamagitan ng side panel.
• Side panel pagpipilian upang ipakita ang mga alamat para sa isang lagay ng lupa na may higit sa 10 mga halimbawa ay pinagana ngayon.
• Inayos ang isang isyu na humantong sa isang error kapag ang rendering plots para sa walang laman na set ng data.
• Inayos ang isang isyu kung saan ang "Empty Recycle Bin" na opsyon ay minsan hindi tama hindi magagamit.

Ano ang bago sa bersyon 7.6.1:

• Ang GTF tagaluwas ay magagamit na ngayon para sa Main Workbench.
• Transcriptomics eksperimento at sample talahanayan ay maaari na ngayong pinagsunod-sunod, kahit na may malaking bilang ng mga hilera.
• Pinahusay Excel, HTML at tab delimited export ng mga variant (Piliin lamang ang mga anotasyon / haligi kailangan mo).

• Nakapirming isang error na nakakaapekto sa "Cut Sequence Bago / Pagkatapos Selection" tool sa pag-clone editor.
• Mga Fixed bug kung saan ang isang kaliwa-click mabilis na sinundan sa pamamagitan ng right-click ay interpreted bilang double-click sa OS X (sa listahan ng resulta pagtitiyaga sa paghahanap, sa tree toolbox, at sa daloy ng trabaho editor).

Ano ang bago sa bersyon 7.6:

• Track:
  • Pare-pareho output kapag enriching variant track at annotation tracks na may dagdag na mga haligi ng talahanayan. Output track mula mga kasangkapan na ito ngayon ay may parehong bilang ng mga idinagdag haligi ng talahanayan at ang mga haligi ay palaging magiging sa parehong pagkakasunud-sunod. Noong nakaraan, kung ang isang idinagdag haligi nagkaroon walang laman na mga halaga para sa lahat ng variant hilera, ito sana ay inalis mula sa final table, na nagreresulta sa iba't ibang bilang at kamag-anak pagkakasunud-sunod ng karagdagang mga haligi kapag maramihang mga halimbawa ay na-proseso na may parehong tools / daloy ng trabaho. Lahat ng mga hanay ay mananatili ngayon, facilitating sa ibaba ng agos sa pagpoproseso ng nai-export mga talahanayan, at nagbibigay ng agarang visual reference bilang na kung saan pagpayaman / annotation kasangkapan ay maaaring ipatupad, kahit na hindi nila gumawa ng anumang mga resulta para sa isang partikular na sample.
  • Table para variant track at annotation track ay maaaring ngayon-uri-uriin at filter hanay na may mga cell na naglalaman ng maramihang mga numero.
  • Pinagbuting ang track viewer para variant track upang ipakita ang sequence pagbabago sa render variant.
  • Graph track ngayon ipakita negatibong mga halaga na puno paitaas sa y = 0 (gaya ng inaasahan).
  • Tumaas decimals para sa mga numero kapag ine-export talahanayan upang CSV, tab delimited text, at Excel.
  • Pinahusay na pag-uulat ng mga error na may kaugnayan sa mababang puwang sa disk.
  
  

Ano ang bago sa bersyon 7.5.1:

• Ito ay posible na ngayon upang magpatakbo ng isang workflow na walang isang opsyonal na input.
• Ang AAC tool ay hindi annotate variants sa 3 'UTR sa kanilang DNA-level pagbabago gamit ang HGVS c.xxx format. Ito ay nakakaapekto sa anumang pagtatasa tapos na Gx 7.5 o mas maaga batay sa Ensembl CDS track mula sa mas lumang versons. Ang AAC analysis dapat maulit gamit Gx 7.5.1 para sa tama annotation.
• Pfam filtering bug fixed. Noong nakaraan, Pfam lamang iniulat sa unang domain ng bawat uri sa isang query at bilang resulta maraming mga domain ay hindi nakuha. Inirerekumenda namin na ang mga gumagamit na ang pananaliksik ay depende sa Pfam annotation muling patakbuhin ang tool sa kanilang data.
• Nakatakdang ng isang bug sa tool 'Maximum Posibilidad Phylogeny' na bigo kapag bumubuo bootstrap halaga para sa ilang mga alignments input.
• Fixed problema sa pag-scroll sa mga kaugnay na mga file kapag ang pagpili ng mga bagay tulad ng mga parameter sa tool wizard.
• Ang mga resulta Blast text ay nai-pinabuting kaya ipakita nila ang tamang query at paksa posisyon nang walang kinalaman sa malagay sa kagipitan.
• Fixed problema na pumigil sa mga operasyon BLAST kapag pumipili upang patakbuhin ang mga ito sa CLC Server.
• Ito ay posible na ngayon upang magpatakbo ng isang workflow na walang isang opsyonal na input.