Ang SPInDel ay isang alternatibong pamamaraan para sa biological pagkakakilanlan batay sa haba ng ribosomal RNA (rRNA) gene rehiyon. Sa pangkalahatan, alignments ng pangunahing rRNA gene sequences mula sa iba't ibang mga species ipakita alternating rehiyon ng nucleotide konserbasyon at pagkakaiba-iba, sa parehong mga tuntunin ng nucleotide substitutions (karaniwang tinatawag na "SNPs") at insertion / pagbura (indel) kaganapan. Ang pagkakaroon ng mga indels resulta sa sequence ng iba't ibang haba at introduces gaps sa alignment, kadalasan naka-denote ng isang gitling "-".
Ang aming mga konsepto para sa biological identification gumagamit rRNA gene sequences tulad ng sumusunod: conserved rehiyon ay ginamit upang tukuyin ang mga variable na mga segment ("SPInDel hypervariable rehiyon") kung saan ang isang kumbinasyon ng mga sequence haba ay katangian ng bawat uri ng hayop (isang "SPInDel profile"). Kaya, ang bawat uri ng hayop ay maaaring tinukoy sa pamamagitan ng isang natatanging numeric profile.
Sa teorya, ang isang survey na 6 lang hypervariable rehiyon na may 20 alleles bawat (o 11 rehiyon na may 5 alleles bawat isa) ay sapat na upang makita ang kaibhan sa lahat eukaryotic species sa Earth, na kung saan ay tinatayang na sa pagitan ng 5 at 15 milyon sa numero. Sa pagsasanay, SPInDel ay maaaring makita ang kaibhan 93.3% ng eukaryotic species na may mababang mga variation intraspecific at mataas phylogenetic resolution.
Mga Komento hindi natagpuan