SSuMMo ay isang library ng mga pag-andar na dinisenyo sa paligid iteratively gamit hmmer upang italaga ang mga pagkakasunud-sunod na taxa. & Nbsp; Ang mga resulta ay lubos na nalagyan ng annotation puno na nagpapakita ng mga species / pamamahagi genus loob na komunidad.
Mga Programa kasama ang source code isama ang mga tool upang: -
- Bumuo ng isang hierarchical database ng nakatagong Markov Models - dictify.py;
- Maglaan ng mga pagkakasunud-sunod na kinilala taxonomic mga pangalan - SSUMMO.py;
- Pag-aralan ang biological na pagkakaiba-iba, gamit ang Simpson, Shannon at iba pang mga methods- rankAbundance.py;
- Isalarawan ang mga resulta habang cladograms na may natatanging kakayahan upang madaling cross-ihambing dataset - comparative_results.py
--Convert ang mga resulta sa mga phyloxml format: dict_to_phyloxml.py;
- Build html na representasyon - dict_to_html.py.
- Isang lagay ng lupa walang gaano curves at kalkulahin ang katumbas na mga indeks ng biodiversity
Python source code ay ibinigay dito, sa google code. Maaaring ma-download ang prebuilt hierarchical database ng mga HMMs, pati na rin ang isang naka-optimize ang database ng SQL taxonomy (ginagamit para sa deducing ranggo ng bawat taxon) mula sa: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Para i-install impormasyon, mangyaring sumangguni sa Readme. Para sa impormasyon sa paggamit, mayroong isang wiki (sa itaas), at isang paunang Manu-manong User ay naidagdag na sa mga puno ng kahoy svn
Mga Kinakailangan :.
- Python
Mga Komento hindi natagpuan