AREM

AREM ay isang batay sa MACS (Based Pagtatasa Modelo para sa chip-Seq data).
High-throughput sequencing kaisa sa chromatin immuno- ulan (chip-Seq) ay malawak na ginagamit sa characterising genome-wide na umiiral na pattern ng pagkasalin kadahilanan, cofactors, chromatin modifier, at iba pang DNA nagbubuklod protina. Ang isang mahalagang hakbang sa pagtatasa ng data chip-Seq ay ang mapa maikling nagbabasa mula sa mga high-throughput sequencing sa isang reference na genome at kilalanin ang rurok rehiyon nagpayaman sa maikling nagbabasa.
Bagaman ang ilang mga paraan na ito ay iminungkahi para sa pagtatasa chip-Seq, isaalang-alang lamang ang karamihan sa mga dating paraan isting nagbabasa na maaaring maging katangi-tangi na inilagay sa mga reference genome, at samakatuwid ay mayroong mga mababa kapangyarihan para sa tiktik Peaks lo- cated loob ulitin sequences. Narito namin ipakilala ang isang probabilistic ap- proach para sa pagtatasa ng data chip-Seq na gumagamit ng lahat nagbabasa ng pagbibigay ng isang tunay na genome-wide na view ng mga umiiral na pattern,.
Nagbabasa ay modelo gamit ang isang modelong pinaghalong nararapat sa K enriched rehiyon at isang null genomic background. Ginagamit namin ang maximum na posibilidad upang matantya ang mga lokasyon ng mga nagpayaman rehiyon, at magpatupad ng isang pag-asa-Pinalawak (em) al- gorithm, tinatawag AREM, i-update ang pagkakahanay pagkakataon ng bawat basahin sa iba't ibang mga genomic lokasyon.
Para sa karagdagang impormasyon, tingnan ang aming papel sa RECOMB 2011 o bisitahin ang aming website: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
AREM ay batay sa mga popular MACS rurok tumatawag, tulad ng inilarawan sa ibaba:
Sa pamamagitan ng pagpapabuti ng mga pamamaraan ng sequencing, chromatin immunoprecipitation sinusundan ng mataas na throughput sequencing (chip-Seq) ay nakakakuha ng popular na pag-aaral na pakikipag-ugnayan genome-wide na protina-DNA. Upang address ang kakulangan ng malakas na paraan ng pagtatasa chip-Seq, kasalukuyan namin ang isang nobela algorithm, na pinangalanang-based Modelo Pagsusuri ng maliit na tilad-Seq (MACS), para sa pagkilala ng transcript kadahilanan umiiral na mga site.
Kinukuha MACS ang impluwensiya ng genome kumplikado upang suriin ang kabuluhan ng nagpayaman rehiyon chip, at MACS aayusin ang spatial resolution ng mga umiiral na mga site sa pamamagitan ng pinagsasama ang impormasyon ng parehong posisyon tag sequencing at orientation. . MACS maaaring maging madaling gamitin para sa mga maliit na tilad-Seq data lamang, o may control sample sa pagtaas ng pagtitiyak

Kinakailangan :

• Sawa