E-Cell System

E-Cell System ay isang konsepto ng paggawa sa virtual na mga cell sa mga computer.
E-Cell System ay isang object-oriented software suite para sa modeling, simulation, at pagtatasa ng mga malalaking antas kumplikadong system tulad ng biological cells, architected pamamagitan Kouichi Takahashi at nakasulat sa pamamagitan ng isang kahanga koponan ng mga developer. Core bahagi ng sistema, E-Cell Simulation Environment bersyon 3, nagbibigay-daan sa maraming mga sangkap na hinimok sa pamamagitan ng maramihang mga algorithm sa iba't ibang timescales upang magkakasamang mabuhay.
E-Cell Project ay isang internasyonal na proyekto sa pananaliksik pagpuntirya sa pagbuo ng mga kinakailangang panteorya suporta, teknolohiya at software platform upang payagan ang tumpak buong cell simulation.
Binubuo E-Cell System sa mga sumusunod na tatlong pangunahing mga bahagi:
- E-Cell Simulation Kapaligiran (o E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Kapaligiran (o E-Cell ME)
- E-Cell Pagsusuri Toolkit

Features :

• Basic na kakayahan:
• Object-oriented pagmomodelo at simulation ng mga kumplikadong system.
• Plug-in architecture. New user-object klase ay maaaring binuo, dynamic na load, at ginagamit sa simulation.
• Real-time na pakikipag-ugnayan ng gumagamit at visualization sa panahon ng simulation.


• Scripting:
• Python scripting ng isang simulation session (manipulasyon tumakbo / stop / parameter / data sa pagpoproseso atbp ...).
• Python scripting ng isang simulation eksperimento na binubuo ng maraming mga nagpapatakbo ng mga sesyon simulation (tulad ng mga parameter ng pag-tono, metabolic pagtatasa control etc ..)
• Python scripting ng henerasyon modelo ng file (halimbawa para sa mga automated na modelo construction mula sa database).


• compatibilities:
• SBML level 1/2 import.
• level SBML 1/2 export.


• Parallel pagtutuos:
• Ibinahagi-memory, multi-thread parallelization ng isang solong simulation session. (Na ipinagsama sa mga pangunahing sangay.)
• Cluster at grid ibinahagi pagtutuos ng maramihang mga sesyon ng simulation. Sun Grid Engine, (Globus toolkit).

Ano ang bago sa release na ito.

• Ang bersyon na ito ay nagdadagdag ng iba't-ibang bugfixes

Ano ang bago sa bersyon 3.1.107 RC2:

• Nakatakdang ng isang bug sa ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Mga Fixed isang bug sa ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Ano ang bago sa bersyon 3.1.107 RC1:

• Mga Fixed compilation problema sa mas bagong GCC (& gt; = 4.3). (Moriyoshi)
• Integrated pyecs sa pyecell. (Moriyoshi)
• Pinagsama ecell.emc sa ecell.ecs upang maiwasan ang static initializer weirdness sa ilang mga platform (kabilang ang Mac OS X). (Moriyoshi)
• Two GUI frontends (session-monitor at modelo-editor) ay nabago na dalawang pakete ng python modules, ecell.ui.osogo at ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Inilipat GtkSessionMonitor sa ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor na tirahan sa ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Pinalitan ng pangalan ecell.SessionManager sa ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Inalis ang mga sumusunod na constants mula ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)