Cell Electrophysiology Simulation Environment (CESE) ay isang komprehensibong framework partikular na dinisenyo upang maisagawa computational electrophysiological simulation, halimbawa, simulation ng puso myocyte electrical aktibidad.
Cell Electrophysiology Simulation Environment ay kapaki-pakinabang para sa mga simulation ng potensyal na aksyon, mga indibidwal na ionic na alon, at mga pagbabago sa ionic concentrations.
CESE ay isang programa cross-platform, ito ay tumatakbo sa anumang sistema na may Java runtime environment (JRE) na bersyon 1.4 o sa itaas. Ito ay nasubok sa Windows, Linux, Solaris, MacOS X, at Aix.
CESE gumagamit
CESE ay isang nakapaloob na kapaligiran para sa pagganap ng computational simulation gamit ang iba't ibang electrophysiological modelo.
Sa hakbang na ito ay nagbibigay-daan CESE paglikha at pagpapatupad ng mga single-cell na mga modelo (na naglalaman ng parehong Hodgkin-Huxley (HH) at Markovian kasalukuyang formulations). Modelo ng elektrikal na aktibidad ng puso myocytes sa source code ay kasama sa pamamahagi CESE. Umaasa kami upang palawakin ang bilang ng mga magagamit na mga modelo, at magdagdag ng ilang mga neuronal mga modelo sa hinaharap.
Ang pangunahing lakas ng CESE ay sa kanyang pagkakapareho & # 65533; isang programa ng interface ay nananatiling ang parehong para sa iba't ibang uri ng mga modelo. Maaari mong madaling lumipat sa pagitan ng mga modelo at ihambing simulation outputs. Maaaring mabago parameters Model, napili para sa output at / o clamped sa parehong, karaniwang paraan.
CESE umaabot ang maginoo electrophysiological kahulugan ng "boltahe salansan". Maaari mong supilin ang halos anumang variable modelo, kabilang ang boltahe (lamad potensyal na), total o indibidwal ionic na alon, ionic concentrations, temperatura, variable gating, atbp Ang mga utos clamping maaaring maging mahirap unawain piraso-pantas-andar, paisa-set para sa mga modelo na variable ng interes . Ito ay bubukas walang hanggan mga posibilidad para sa pagsaliksik ng kumplikadong pag-uugali ng modelo.
CESE nagbibigay ng simple, ngunit mahusay na visualization ng data. Resulta Simulation maaaring iharap sa mga graphic at tabulated form. Maaaring customized Plots, at rehiyon ng interes naka-zoom.
Kahit CESE ay hindi idinisenyo upang maging isang tool sa pagtatasa ng data, maaari kang bumuo ng kasalukuyang-boltahe relasyon (I-vs) at makalkula statistical parameter para sa isang ibinigay na signal sa loob ng programa. Maaari mong i-export ang iyong data sa ASCII, Axon Text File (ATF), at NetCDF format upang magpatuloy sa pagtatasa sa iyong mga paboritong package.
CESE developer
CESE ay nilikha mula sa lupa up upang isama ang mga pinakamahusay na kasanayan sa programming na magagamit sa mga developer ng Java, parehong sa mga tuntunin ng user interface pareho at code na kalinawan at muling paggamit. Hangga't maaari, CESE umaasa sa mga magagamit na mga API ng Java (halimbawa Java2D, JavaBeans, JAXP) upang gawing simple ang mga code.
Nangangailangan ng paglikha ng Modelo ng isang bilang ng mga bahay-iingat function na naka-code & # 65533; ang mga ito kasama ODE integrators, mga gawain para sa paghawak ng mga parameter ng modelo, pag-save / ibalik sa estado model, visualising resulta ng simulation, etc. CESE nagbibigay sa iyo ng pagpapatupad para sa mga gawain, samakatuwid, maaari mong isiping sa pagsulat ng code para sa kongkreto ionic (s) na kasalukuyang, at CESE ay hawakan ang natitira.
CESE ay hindi sinusubukan upang lumikha ng komplikadong balangkas programming sa sariling & # nito 65,533; sa halip, ito ay gumagamit ng mga pangunahing mga API ng Java. Halimbawa, ang mga modelo ay Java sangkap matularin sa mga detalye JavaBeans. Ginagamit namin ang XML upang tukuyin clamping utos, at Java object serialization upang i-save / ibalik parameter ng modelo.
Ano ang Bago sa Paglabas na ito:
Mga Komento hindi natagpuan