MetagenomeDB

MetagenomeDB ay isang Python library na dinisenyo upang madaling tindahan, kunin at annotate metagenomic sequences. & Nbsp; MetagenomeDB kumilos bilang isang abstraction layer sa tuktok ng isang MongoDB database. Ito ay nagbibigay ng isang API upang lumikha at baguhin at ikonekta ang dalawang uri ng mga bagay, katulad sequences at mga koleksyon:
& Nbsp; * sequences (Sequence class) ay maaaring maging nagbabasa, contigs, PCR clones, etc.
& Nbsp; * koleksyon (class Collection) ay kumakatawan sa mga hanay ng mga sequences; eg, nagbabasa na nagreresulta mula sa sequencing ng isang sample, contigs binuo mula sa isang set ng mga nagbabasa, PCR library
Anumang bagay ay maaaring annotation paggamit ng isang diksyunaryo-like syntax:
# Una, import namin ang library
import MetagenomeDB bilang mdb
# Pagkatapos ay lumikha ng isang bagong Sequence bagay na may dalawang
# (Mandatory) properties, 'name' at 'sequence'
s = mdb.Sequence ({"pangalan": "My sequence", "sequence": "atgc"})
# Ang object ay maaari na ngayong annotation
print s ["haba"]
s ["type"] = "basahin"
# Sandaling binago, kailangan ang mga bagay na nakatuon
# Sa database para sa mga pagbabago upang manatili
s.commit ()
Bagay na type Sequence o Koleksyon maaaring konektado sa isa't-isa upang kumatawan sa iba't-ibang mga metagenomic dataset. Kabilang sa mga halimbawa ang, ngunit hindi limitado sa:
& Nbsp; * koleksyon ng mga nagbabasa nagreresulta mula sa isang sequencing tumakbo (relasyon sa pagitan ng maramihang mga Sequence bagay at isa Collection)
& Nbsp; * set ng contigs nagreresulta mula sa mga kapulungan ng isang set ng mga nagbabasa (relasyon sa pagitan ng dalawang mga bagay Collection)
& Nbsp; * mababasa na bahagi ng isang Contig (relasyon sa pagitan ng maramihang Sequence bagay at isa Sequence)
& Nbsp; * sequence na katulad ng sa isa pang sequence (relasyon sa pagitan ng dalawang bagay Sequence)
& Nbsp; * collection na ito ay bahagi ng isang mas malaking koleksyon (na relasyon sa pagitan ng dalawang mga bagay Collection)
Ang resulta ay isang network ng mga sequence at koleksyon, na maaaring ma-navigate gamit dedikadong pamamaraan; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Ang bawat isa sa mga pamamaraan payagan para sa sopistikadong mga filter gamit ang MongoDB pagtanong ukol sa syntax:
# List lahat ng mga koleksyon ng uri ng 'collection_of_reads'
# Sequence 's' ay nabibilang sa
koleksyon = s.list_collections ({"type": "collection_of_reads"})
# List lahat sequences na nabibilang din sa mga koleksyon
# May haba ng hindi bababa sa 50 bp
para sa c sa koleksyon:
& Nbsp; print c.list_sequences ({"haba": {"$ gt": 50}})
Nagbibigay din MetagenomeDB ng isang set ng mga kasangkapan sa command-line na import nucleotide sequences, protina sequences, sabog at alignment FASTA algorithms output, at ACE assembly files. . Iba pang mga kasangkapan ay ipinagkakaloob upang magdagdag o tanggalin ang maramihang mga bagay, o upang annotate ang mga ito

Kinakailangan :

• sawa