Pathomx

Pathomx (dating MetaPath) ay isang open source graphical software na ipinapatupad sa IPython, Qt at PyQt, dinisenyo mula sa lupa up upang kumilos bilang isang interactive na utility para sa visualization at pagtatasa ng metabolic data sa ilalim ng GNU / Linux at iba pang mga POSIX & nbsp; operating mga system. Ito ay una ininhinyero upang gamitin para sa pagproseso ng metabolomics data.Features sa isang glanceKey mga tampok isama ang suporta para sa pag-import at pag-export NMR (Nuclear magnetic lagong) data, Spectra processing, kabilang ang normalisasyon, binning at pag-align, pati na rin ang metabolic pathway na visualization at pagmimina. Makakapag-import ng genomic at metabolomics data sa pamamagitan ng iba't-ibang mga ruta para sa mga visualization sa tinukoy na daanan mo rin.
Iba't ibang MetaCyc mga annotation database Kasama rin sa Pathomx application, bukod sa kung saan namin banggitin ang database ng pag-iisa ng mga link, kasingkahulugan, pati na rin ang nauugnay na daanan at reaksyon. Tandaan na ang MetaCyc database ay nagmula sa mga pampublikong API.
Ang application ay gumagamit ng malakas na MetaCyc database para sa mabilis na pagtuklas ng mga kumplikadong mga dataset, salamat sa extensible at i-configure ang mga plugin. Bilang karagdagan, ginagamit nito ang Numpy at Scipy mga aklatan para sa paghawak ng mga numero, Matplotlib para sa graphing, nmrglue para sa NMR-import ng data, d3.js para mapag-ugnay na mga graph, at scikit-matuto para sa statistical pagtatasa methods.Under ng hood at suportado OSesLooking ilalim ng hood ng Pathomx, maaari naming mapansin na application ay binuo sa IPython utos shell. Mayroon din ay mahusay na gumagana sa ilalim ng Microsoft Windows at Mac OS X operating system, na kung saan ito ay magagamit para sa pag-download bilang pre-built na binary pakete. Para sa GNU / Linux, ang software na ipinamamahagi lang bilang isang gzipped pinagmulan archive tugma sa 32-bit at 64-bit platform hardware.
Kapag gumagamit ng Pathomx, dapat tandaan ang mga gumagamit na ang application ay gumagamit ng data mula sa database pathway MetaCyc sarili nito, na bahagi ng pamilya BioCyc. Ang MetaCyc API ay ginagamit upang bumuo ng ang ibinigay na database, na kung saan ay lokal na iniimbak

Ano ang bagong sa paglabas:.

• Ang isang ganap na bagong drag-drop visual na editor ay idinagdag.
• Pinapayagan ka nitong lumikha ng mga daloy ng trabaho sa pagtatasa sa pamamagitan ng pag-drag sa mga tool sa workspace, pag-edit ng mga koneksyon sa pamamagitan ng pagkaladkad ng mga linya ng data sa pagitan ng mga tool, at paggamit ng mga tanawin inline upang makakuha ng isang pangkalahatang-ideya ng kasalukuyang processing.
• Data maaaring bumaba sa workspace para sa instant na pag-import.
• din idinagdag Ito live na per-tool sa progreso notification, bar, at mga tagapagpahiwatig ng katayuan.
• Mga error na na-flag ng tulong na teksto (tooltip sa mga tool kapag isinaad pula).

Mga Kinakailangan :

• Graphviz