ZOOM Lite

ZOOM Lite ay isang susunod na henerasyon-mapping at paggunita sequencing data software. Input Users reference genomes at Illumina / Solexa maikling nagbabasa ng mga file o nagbabasa ng AB solid kulay space ng mga file sa iba't-ibang mga format, tulad ng * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta atbp ZOOM outputs ang resulta pagmamapa ng mga maikling mababasa sa reference sequence. ZOOM Lite ay isang mabilis at tumpak na kernel ng pagmamapa na batay sa isang bagong disenyo ng maramihang spaced buto theory. Parehong single-end at ipares-end nagbabasa ng iba't-ibang haba mula sa ay maaaring hawakan 15bp sa 240bp. Anumang bilang ng mga mismatches at isa insertion / pagtanggal ng iba't-ibang haba sa pagitan ng mga basahin at ang kanyang target na rehiyon sa reference sequence ay pinahihintulutan. Katangi-map ng mga resulta o pinakamahusay na (top N) resulta para sa bawat read ay maiuulat ayon sa minimal mismatches at haba indel. Marka ng kalidad ay ginagamit upang mapahusay ang katumpakan mapping. Batay sa kernel mapping, ay nagbibigay-daan ZOOM Lite gumagamit upang i-load ang lokal na data na basahin at data sequence reference, piliin ang tamang mga parameter, data sa mataas na dami ng proseso kahanay gitna hanggang sa apat na CPUs, monitor ang tumatakbo gawain, tindahan ang mga resulta mapping, tingnan ang mga graph ng resulta mapping at mga resulta ng output mapping sa alinman * .BED o * format .GFF file para sa karagdagang pagtilingin gamit ang impormasyon sa track browser UCSC. Resulta Mapping maaaring matingnan sa anumang nais na antas, mula sa graph read depth sa isang buong chromosome na detalyadong sequence alignments pagitan bumabasa at ang reference sequence. Users madaling mag-navigate sa mga rehiyon ng interes lamang sa pamamagitan ng pag-click at i-drag o pag-scroll. ZOOM Lite ay isang kinopyang ng ZOOM Studio software

Ano ang bago sa release na ito.

Version 1.5 nagsasama Sam format export, architecture ayusin, mas mahusay na code optimization, mas maliit program binary na sukat, at na-upgrade dabase engining para sa mas mahusay na pagganap.