CodonW ay isang programa na dinisenyo upang gawing simple ang mga Multivariate na pagsusuri (analysis correspondence) ng paggamit codon at amino acid. Ito din kinakalkula standard indeks ng paggamit codon. Ito ay may parehong menu at command-line interface.
Ang mga proyekto ng CodonW ay isinulat ni john Peden sa lab ng Paul Biglang, Dept ng genetika, University of Nottingham. John ay nagtatrabaho sa human genetics at sa kasalukuyan ay nagtatrabaho bilang ProCardis database manager sa WTCHG sa Oxford University.
Narito ang ilang mga pangunahing katangian ng "CodonW":
· Nakasulat sa Ansi sang C
· Menu hinimok
· Malawak na bilang ng mga opsyon ng command line
· Genetic code independent
· Walang mga limitasyon sa
1. bilang ng sequence
Haba 2. sequence
· Kinakalkula ang mga indeks ng paggamit codon
1. CAI: Codon halaw index
2. Fop: Dalas ng optimal codons
3. NC: mabisang bilang ng codons
4. CBI: Codon bias Index
· Kinakalkula amino acid indeks
1. sarsa score
2. Aromaticity
· Kinakalkula analysis liham ng
1. Codon Paggamit
2. RSCU (Kamag-anak magkasingkahulugan paggamit codon)
3. amino acid paggamit
· Correspondence analysis
1. Maaari isama / ibukod codons / amino acids
2. maaaring makabuo ng mga detalyadong ulat ng mga uso
3. pagtatangka upang awtomatikong makilala ang optimal codons
4. Maaari payagan ang mga karagdagang data set na idadagdag
5. talaan ng anumang bilang ng mga uso
· Kinakalkula gene parameter
Haba 1. Gene
2. GC, GC3s at posisyon codon tiyak G + C
3. dinucleotide composition (sa lahat ng tatlong mga codon frames)
4. amino acid paggamit
5. Kamag-anak sa paggamit ng amino acid
6. Codon paggamit
7. Kamag magkasingkahulugan paggamit codon
· Puwede conceptually sinasalin sequences sa protina
· Reformats sequence data
· Human o makina nababasa output
· Maaari pagdugtungin genes (habang pagpepreserba frame pagbabasa) upang makalkula
1. pangkalahatang paggamit codon
2. gc nilalaman
3. dinucleotide composition
· Bumubuo talahanayan ng mga codon, amino acid, o paggamit RSCU
· Maaari kahit na makakatulong sa inyo na malaman ang Genetic code.
· At iba pa
Mga Komento hindi natagpuan