goby

bya ay isang Python API para sa pagbabasa ng binary data file na nilikha gamit ang bya susunod na-gen pamamahala ng data balangkas.
Karaniwan, ang direktoryong ito ay bilang bahagi ng kumpletong pakete bya, magagamit mula sa:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Ang kumpletong pakete kasama ang Java source code. Kung na-download mo ang paketeng ito mula sa PyPI o ilang iba pang mga mapagkukunan ng Python na tiyak, maaaring nakatanggap ka lamang ang Python bahagi ng code.
Pag-unlad Babala
Ang bya Python library ay hindi pambata ang bilang ng Java pagpapatupad. Maaari itong maging mas maraming surot at hindi inilaan upang magbigay ng kumpletong hanay ng mga tampok na natagpuan sa na bersyon ng Java.
Pag-install:
& Nbsp; 1. Tiyaking mayroon kang Python 2.5 o mas bago. Kung may pagdududa, patakbuhin ang:
python -V
& Nbsp; 2. I-download at i-install ang paunang kinakailangan python package ng:
& Nbsp; 1. Protocol Buffers
& Nbsp; Magagamit na mula http://code.google.com/p/protobuf/ o PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python kapalit para sa java.util.Properties
& Nbsp; Magagamit na mula http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. I-install ang bya package:
python setup.py-install
& Nbsp; Ang hakbang na ito ay maaaring mangailangan ng superuser pribilehiyo.
Paggamit:
Halimbawa script ay ibinigay upang ipakita kung paano i-access ang nilalaman ng bya file sa Python.
& Nbsp; * Narito kung paano i-scan ang isang pag-align bya file:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Dapat lumabas ang mga file basename.entries at basename.header.)
& Nbsp; * Ang susunod na command ay i-print ang nilalaman ng isang pag-align ng file bilang teksto:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Ang susunod na command na magko-convert ng isang compact na bumabasa ng file upang fasta format:
GobyCompactToFasta.py file.compact-bumabasa
& Nbsp; * Ang susunod na command ay i-print ang mga istatistika tungkol sa nilalaman ng isang compact na bumabasa ng file:
GobyReadsStats.py file.compact-bumabasa

Mga Kinakailangan :

• Python