CWC Simulator

CWC Simulator ay isang C ++ pagpapatupad ng CWC, isang calculus para sa representasyon at simulation ng biological system. & Nbsp; Matapos ang isang matagumpay na-install (tingnan INSTALL) Makikita mo na patakbuhin ang simulation over CWC modelo, tulad ng ipinapakita sa ilang mga halimbawa (tingnan ang mga halimbawa /).
(Command-line) Interface
Bilang isang pangkaraniwang gumagamit, ikaw ay dapat na tumakbo:

-i model.cwc
-o
t
-s
n
c
--qt-threshold
q
w
Saan:
- ay ang pangalan ng executable (default: scwc);
& Nbsp; - model.cwc ay ang CWC program input (tingnan ang mga halimbawa);
& Nbsp; - statistics ay ang prefix output-file;
& Nbsp; - ay ang limitasyon simulation-time;
& Nbsp; - ay ang sampling period (ie 0.12 upang makakuha ng 250 puntos na may oras-limit = 30);
& Nbsp; - ay ang bilang ng mga pagkakataon ng mga simulation;
& Nbsp; - ay ang bilang ng mga tumpok ng k-ay nangangahulugan
& Nbsp; - ay ang threshold para sa Qt clustering
& Nbsp; - ay ang bilang ng mga quantiles;
& Nbsp; - ay karaniwang upang tumugma sa bilang ng mga core ng iyong system (ie 4 para sa patyo sa loob-core CPU).
Output
Ang tool ay gumagawa:
- Ilang dat files (ang sample output ng simulation)
- Ilang gnuplot script upang gumuhit statistical analysises
Kami ay nagtatrabaho sa isang kumpletong manual user

Features .

• Gillespie ssa algorithm over CWC modelo
• Hybrid stochastic / deterministic semantics
• Maramihang mga pagkakataon ng mga simulation sa mga online na statistics
• Optimization para sa multicore architecture batay sa FastFlow framework
• extensible statistical framework (ibig sabihin-iiba, nasala clustering etc.)
• Maramihang semantics rating (mass action, Michaelis-Menten, Hill etc.)