edittag

edittag ay isang koleksyon ng application para sa pagdidisenyo ng mga hanay ng mga pag-edit sukatan pagkakasunud-sunod ng mga tag, pagsusuri sa pagkakasunud-sunod ng mga tag para tulad sa panukat na i-edit, at pagsasama ng pagkakasunud-sunod ng mga tag sa mga partikular na platform-sequencing adapter at PCR primers. edittag ay naiiba mula sa iba pang mga approach na ito:
& Nbsp; * edittag bumubuo ng di-makatwirang haba ng pag-edit-sukatan pagkakasunud-sunod ng mga tag sa mga makatwirang mga frame oras gamit multiprocessing
& Nbsp; * edittag gumagawa ng mga set-edit pagkakasunud-sunod sukatan tag na sumusunod sa i-edit ang distansya napili
& Nbsp; * edittag ginamit primer3 upang isama ang pagkakasunud-sunod ng mga tag sa PCR primers
Nagbibigay kami ng ilang malaking hanay ng sukatan i-edit ang pagkakasunud-sunod ng mga tag na dinisenyo gamit ang edittag sa sumusunod na format:
& Nbsp; * teksto - ang file na ito ay nasa isang naaangkop na format para sa check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * database SQLite
pagsipi
Faircloth BC, Glenn TC. Malaking hanay ng mga pag-edit-sukatan pagkakasunud-sunod ng pagkakakilanlan
mga tag upang mapabilis ang malakihang multiplexing ng bumabasa mula sa massively
parallel sequencing. doi_
Pag-install:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py-install
repositoryo
Git clone ng Git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
opsyonal na package (.py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py-install
opsyonal na package (primer3)
Kung nais mong idisenyo primers nagsasama sukatan i-edit ang pagkakasunud-sunod ng mga tag, kailangan mo munang i-install ang isang binagong bersyon ng primer3:
Git clone ng Git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
gumawa
ginagawa install
Tiyakin na ang paglipat mo ng binary mula sa mod-primer3 sa isang lokasyon sa iyong path (ilipat ng hindi bababa sa primer3-mahaba at primer3_config sa parehong directory sa iyong path). Pagkatapos ay maaari mong patakbuhin

Mga Kinakailangan :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3