PathVisio

PathVisio ay isang open source at libre graphical application naipatupad sa Java programming language at dinisenyo mula sa lupa up upang gamitin para sa pagpapakita, pag-aaral at pag-edit ng biological na daanan sa ilalim ng GNU operating / Linux system.Can gamitin upang gumuhit ng daanan , i-link biological entitiesThe software ay nagbibigay-daan sa mga user na gumuhit daanan, i-link biological entity (protina o gene) sa biological na data, ang paggamit ng mga pantukoy database, i-edit daanan, pati na rin upang pag-aralan daanan. Sa PathVisio magagawa mong i-map ang mga pang-eksperimentong data, tulad ng data microarray, at isalarawan ito sa tuktok ng umiiral na guhit pathway na rin.
Bukod pa rito, magagawa mong upang pumili ng isang database gene, pumili ng isang metabolic database, tingnan ang mga istatistika, data ng pag-import expression, piliin dataset expression, daanan sa paghahanap, tingnan ang alamat, manipulahin ang mga bagay, ang pag-import proyekto, pati na rin ang i-install at pamahalaan ang mga plugin, na maaaring magdagdag ng mga karagdagang pag-andar sa app.Requires maaaring gamitin hindi installationThe application nang walang i-install ito sa iyong GNU / Linux operating system. Ang kailangan mo lang gawin ay i-download ang binary pakete mula sa Softoware, i-save ang archive sa isang lokasyon sa iyong mga pagpipilian, i-extract ito gamit ang isang manager archive utility, buksan ang kinuha direktoryo, at i-double click sa pathvisio.jar file.Under ang hoodWhile pagkuha ng isang mabilis na pagtingin sa ilalim ng hood ng PathVisio software, kami & rsquo; napansin mo na na ang application ay ganap na nakasulat sa Java programming language, at ang kanyang mga graphical user interface ay dinisenyo gamit ang pinakabagong teknolohiya ng Java swing. Kami & rsquo; ve matagumpay na nasubok ang application sa mga computer pagsuporta sa alinman sa 32 o 64-bit architectures.Runs CPU sa anumang OS kung saan Java ay supportedBeing nakasulat sa Java programming language, PathVisio maaaring ipinahayag ng isang platform-independent na application na sumusuporta sa GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, at anumang iba pang mga operating system kung saan ang mga pinakabagong teknolohiya ng Java ay suportado

Ano ang bagong sa paglabas:.

• 31 Enero 2014: paglabas-aayos ng Bug
• GeneOntology kataga na ito ay inalis na mula sa mga resulta ng Paghahanap para sa mga annotation
• DataNodes kailangang ma-nalagyan ng ID at datasource o wala (-save ng mga node data na may lamang ID o datasource ay hindi pinapayagan na ngayon)

Ano ang bagong sa bersyon 3.1.2:

• Pangunahing bug sa file sa pag-import ng module nakapirming: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.11:

• autosave
• Mag-zoom gamit ang scroll wheel
• Pagpili ng mga linya ay mas madali: hindi na kailangan upang mag-click sa eksaktong pixel
• Ngayon ay may dalawang mga pamamaraan para sa over-pagkatawan pag-aaral; isang pathway na-oriented at isang data-oriented

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.10:

• Bagong paraan ng pagguhit bilugan parihaba upang maiwasan ang lumalawak na epekto
• iba't-ibang maliliit na bugfixes

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.9:

• Bagong uri ng connector para sa connector ng mga arbitrary na haba at arbitrary anggulo
• Bagong & quot; cellular bahagi & quot; ari-arian para sa pag-iimbak ang biological kahulugan ng isang kompartimento
• Bagong & quot; double & quot; uri ng linya (lalo na kapaki-pakinabang para sa double-membraned organelles)
• naki-click na hyperlink sa daanan
• tingnan ang milestone: & quot; milestone_27 & quot; para sa isang kumpletong listahan ng mga bug-pag-aayos

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.8:

• Pinahusay na mga hugis para sa cellular mga bahagi
• Ang ilang mga pagpapabuti kakayahang magamit tulad ng mga kopya / i-paste sa popup menu
• tingnan ang milestone: & quot; milestone_26 & quot; para sa isang kumpletong listahan ng mga bug-pag-aayos

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.7:

• icon na toolbar at bagong gilid na panel upang gawing mas madali upang piliin ang mga uri ng arrow at hugis (salamat liubing)
• database pathway ay kasama bilang pinagmulan ng data, sa gayon ay maaari kang magdagdag ng mga link mula sa isang pathway papunta sa isa pa
• BioPAX converter ay napabuti at naglalabas ng higit pang mga wastong dokumento BioPAX.
• bagong uri ng connector kung saan maaaring manipulahin indibidwal na mga punto (salamat leonth)
• Bilang ng mga pinagkukunan ng data ay tumaas sa mahigit 180
• tingnan ang milestone: & quot; milestone_25 & quot; para sa isang kumpletong listahan ng mga bug-pag-aayos

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.6:

• Ang bilang ng mga anchor sa isang hugis ay maaaring tumaas mula sa default na 12.
• Ang alamat ng visualization ng data ay maaari na ngayong ipapakita sa mismong imahe pathway. Dati ito ay makikita lamang sa isang gilid na panel.
• tingnan ang milestone: & quot; milestone_24 & quot; para sa isang kumpletong listahan ng mga bug-pag-aayos

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.4:

• pinabuting pag-format ng teksto ng mga hugis, mga label at datanodes
• marami pang mga hugis para sa datanodes
• simpleng pixel coordinate
• itakda ang kulay ng background sa datanodes

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.3:

• Karamihan sa mga taong litaw sa paglabas ay ang bagong XML Schema para sa GPML pathway na format (bersyon 2010a). Ang bagong format ng pathway na magbibigay-daan sa maraming mga bagong kakayahan ng mga graphical na hinaharap, maaari kang tumingin inaabangan ang panahon na ang ilan sa mga lumilitaw sa susunod na release.
• Iba pang mga bagong tampok:
• Invisible anchor ang talagang invisible, hindi bababa sa kapag ang isang bagay ay konektado sa mga ito (Salamat sa Margot)
• Dagdag na pagpipilian -v command line (salamat sa Markahan)
• Sa kasalukuyan napiling database ay maayos na ipinapakita sa status bar muli
• Marami sa mga bagong punto ng extension para sa mga developer ng plugin
• tingnan ang milestone: & quot; milestone_21 & quot; para sa isang kumpletong listahan ng mga bug-pag-aayos

Ano ang bagong sa bersyon 2.0.1:

• Pinahusay na algorithm para sa awtomatikong Connectors na tumuturo sa isang anchor .
• Pinahusay na pagguhit ng mga uri ng mga arrow na may isang maikling & quot; agwat sa & quot; sa dulo.
• Dahil ang mga serbisyo thawte freemail ay nakansela, na-update namin ang aming Certificate Seguridad
• Ang viewer Kasaysayan ng pathway ay nagkaroon ng isang bug kung saan ang bawat linya ay itinuturing na-modify na, kahit na ito ay hindi. Ito ay naayos na.

Mga Kinakailangan :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment