Jmol

Jmol ay isang open source, cross-platform at libreng graphical software na orihinal na idinisenyo upang kumilos bilang molecular viewer para sa mga 3D na istrukturang kemikal. Ito ay tumatakbo sa apat na mga mode na nakapag-iisa, bilang isang HTML5 web app, isang Java na programa, isang Java applet, at isang "walang ulo" bahagi ng server-side.

Feaures sa isang sulyap
Ang mga pangunahing tampok ay ang mataas na pagganap ng 3D rendering support nang hindi nangangailangan ng anumang high-end na hardware, nag-export ng mga file sa JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ at POV-Ray na mga format, sinusuportahan ang mga pangunahing unit-cell, suportahan ang RasMol at Chime scripting languages, pati na rin ang JavaScript library.

Bilang karagdagan, ang software ay sumusuporta sa mga animation, ibabaw, vibrations, orbital, measurements, mahusay na simetrya at yunit ng mga operasyon ng cell, at eskematiko na mga hugis.

Mga sinusuportahang format ng file
Sa kasalukuyan, ang application ay sumusuporta sa isang malawak na hanay ng mga format ng file, bukod sa kung saan maaari naming banggitin MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMES, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO at MOPAC.

Sinusuportahan din ang CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR at JME. .

Sinusuportahan ang lahat ng mga pangunahing web browser

Matagumpay na nasubok ang software sa lahat ng mga pangunahing web browser, kabilang ang Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera at Safari. Ang mga nabanggit na apps ng browser ay sinubukan sa lahat ng mga pangunahing operating system (tingnan ang susunod na seksyon para sa mga sinusuportahang OS).

Sinusuportahan ang lahat ng mga pangunahing operating system
Sa pagsulat sa Java programming language, ang Jmol ay isang platform-independiyenteng aplikasyon na dinisenyo upang suportahan ang lahat ng distribusyon ng GNU / Linux, mga operating system ng Microsoft Windows at Mac OS X, at anumang iba pang OS kung saan naka-install ang Java Runtime Environment. / p>

Ano ang bago sa paglabas na ito:

• pag-aayos ng bug: Hindi pinapayagan ng Jmol SMILES para sa paghahanap sa paghahanap ng code - nagdaragdag ng & quot; ^ & quot; para sa insertion code: [G # 129 ^ A. *]

Ano ang bagong sa bersyon:

• pag-aayos ng bug: Jmol SMILES na hindi pinapayagan para sa paghahanap ng code sa pagpasok - - nagdaragdag ng & quot; ^ & quot; para sa insertion code: [G # 129 ^ A. *]

Ano ang bagong sa bersyon 14.20.3:

• pag-aayos ng bug: paghahanap ng code - nagdaragdag ng & quot; ^ & quot; para sa insertion code: [G # 129 ^ A. *]

Ano ang bago sa bersyon 14.6.5:

• pag-aayos ng bug: Hindi pinapayagan ng Jmol SMILES para sa paghahanap sa paghahanap ng code - nagdaragdag ng & quot; ^ & quot; para sa insertion code: [G # 129 ^ A. *]

Ano ang bago sa bersyon 14.6.1:

• pag-aayos ng bug: paghahanap ng code - nagdaragdag ng & quot; ^ & quot; para sa insertion code: [G # 129 ^ A. *]

Ano ang bago sa bersyon 14.4.4 Buuin ang 2016.04.22:

• bug fix: hindi nababagay para sa idinagdag na mga hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.4.4 Buuin 2016.04.14:

• bug fix: hindi nababagay para sa idinagdag na mga hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.4.4 Buuin 2016.03.31:

• bug fix: hindi nababagay para sa idinagdag na mga hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.4.3 Bumuo 2016.03.02:

• pag-aayos ng bug: mga hanay ng annotation atom ay hindi nababagay para sa idinagdag na mga hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.4.3 Bumuo 2016.02.28:

• bug fix: hindi nababagay para sa idinagdag na mga hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.4.2 Bumuo 2016.02.05:

• bug fix: hindi nababagay para sa idinagdag na mga hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.4.0 Bumuo ng 2015.12.02:

• bug fix: hindi nababagay para sa idinagdag na mga hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.2.15:

• pag-aayos ng bug: mga hanay ng annotation atom ay hindi nababagay para sa idinagdag na mga hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bagong sa bersyon 14.2.13:

• pag-aayos ng bug: mga hanay ng annotation atom hindi nakaayos para sa idinagdag hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.2.12:

• pag-aayos ng bug: hydrogens
• bug fix: 14.3.3_2014.08.02 nakabasag mmCIF reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan file) pagbabasa nasira sa 14.1.12_2014.03.18

Ano ang bago sa bersyon 14.1.8 Beta:

• bagong tampok - magtakda ng cartoonRibose:
• ay nakakakuha sa ribose rings, na may mga facet na nagpapakita ng puckering
• kumokonekta sa pamamagitan ng C4'-C5'-O5'-P tahasang
• ay nagpapakita ng C3'-O3 'para sa sanggunian.
• hindi pinapagana ang cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
• hindi pinagana ng SET cartoonBaseEdges ON
• iminungkahi ng Rick Spinney, Ohio State
• bagong tampok: anim na frame [a, b, c, d] ay gumagana sa mga negatibong numero upang ipahiwatig ang mga saklaw:
• anim na frame [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• basahin bilang & quot; 1 hanggang 5 at pagkatapos 10 hanggang 6 & quot;
• bagong tampok: Tinker file reader (at pag-upgrade ng FoldingXYZ reader):
• Maaari gumamit ng Tinker :: ngunit kinakailangan lamang ito kung ang unang linya ay LANG isang atomCount
• ay tumanggap ng mas lumang format ng Tinker sa mga atom na n-1 para sa atomCount
• ay nagbibigay-daan para sa mga trajectory at ninanais na numero ng modelo
• bagong tampok: (aktwal na 13.1 ngunit hindi dokumentado) animation frame [51 50 49 48 47 46 45 (atbp) 27 1 2 3 4 5 6 7 (atbp) ....]
• bagong tampok: x = ihambing ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot;)
• bagong tampok: x = ihambing ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; lahat & quot;)
• bagong tampok: x = ihambing ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; pinakamahusay & quot;)
• bagong tampok: x = ihambing ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; H & quot;)
• bagong tampok: x = ihambing ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; allH & quot;)
• bagong tampok - x = ihambing ({atomset1}, {atomset2}, & quot; MAP & quot ;, & quot; bestH & quot;):
• ay bumubuo ng isa o higit pang mga listahan ng ugnayan alinsunod sa di-aromatikong SMILES
• Opsyonal na kinabibilangan ng H atoms
• Opsyonal na bumubuo ng lahat ng posibleng mappings ng atom
• bumalik int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• kung saan ang isang at bn ay integer na mga indeks ng atom o listahan kapag & quot; lahat & quot; pinili ang pagpipilian.
• ang mga sumusunod ay bubuo ng isang mapa ng mapa ng ugnayan para sa dalawang istraktura kabilang ang mga hydrogen atoms: load ang mga file & quot; a.mol & quot; & quot; b.mol & quot; x = ihambing ({1.1} {2.1} & quot; MAP & quot; & quot; H & quot;)
• ang mga sumusunod ay tumutulad sa modelo ng caffeine mula sa NCI sa na mula sa PubChem:
• load $ caffeine; load append: caffeine frame *
• piliin ang 2.1; label% [atomIndex]
• ihambing {1.1} {2.1} SMILES rotate translate
• x = ihambing ({1.1}, {2.1}, & quot; MAP & quot; & quot; bestH & quot;)
• para sa (a sa x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; piliin atomindex = a1; label @ a2}
• bagong tampok: ihambing {model1} {model2} SMILES:
• hindi na kailangang magbigay ng SMILES; Maaaring makabuo ito ng Jmol mula sa {model1}
• bagong tampok: x = {*}. hanapin (& quot; SMILES & quot ;, & quot; H & quot;):
• ay bumubuo ng SMILES na may tahasang H atoms
• bug fix: substructure () function gamit SMILES sa halip ng SMARTS, kaya buong mga istraktura;
• pag-aayos ng bug: mas mahusay na pagkakamali ng error at mga mensahe sa mga pamamaraan na may kaugnayan sa SMILES
• bug fix: gumawa ng pagtuklas ng webexport ng path sa Jmol.jar at jsmol.zip mas matatag.
• bug fix: getProperty extractModel hindi honoring subset
• pag-aayos ng bug: itakda ang pdbGetHeader TRUE ay hindi nakukuha REMARK3 REMARK290 REMARK350
• bug fix: getProperty (& quot; JSON & quot;, ....) ay dapat na balutin ang halaga sa {value: ...}
• bug fix: MO persistent translucency broken in 11.x
• pag-aayos ng bug: ipakita ang MENU isulat ang MENU load ang MENU lahat ay nasira sa 12.2
• bug fix: {*} [n] ay dapat na walang laman kung nAtoms

Ano ang bago sa bersyon 14.0.7:

• Bug fix: 14.0.6 fatally bugged - unitcell at echo rendering, getProperty

Ano ang bago sa bersyon 14.0.5:

• Bug fix: LCAOCartoon translucency broken
• Bug fix: translucent backbone broken
• Bug fix: pqr, p2n mambabasa na nasira
• Bug fix: isosurface map ari-arian xxx ay maaaring mabibigo kung ang ibabaw ay isang fragment na (sa anumang paraan) ay may isang punto na hindi nauugnay sa isang pinagbabatayan na atom.

Ano ang bago sa bersyon 14.1.5 Beta:

• bug fix: LCAOCartoon translucency broken
• bug fix: translucent backbone broken
• bug fix: pqr, p2n na mga mambabasa na nasira
• bug fix: isosurface map ari-arian xxx ay maaaring mabigo kung ang ibabaw ay isang fragment na (sa anumang paraan) ay may isang punto na hindi nauugnay sa isang nakapailalim na atom.

Ano ang bago sa bersyon 14.0.4:

• Bug fix:
• Bug fix: PDB byChain, bySymop hindi suportado.

Ano ang bago sa bersyon 14.0.2:

• pag-aayos ng bug: hindi modulating ang modulasyon sa pagitan ng q at t;
• bug fix: modulated measurements not working
• bug fix: hindi laktawan ang set defaultLattice & quot; {NaN NaN Na} & quot;
• bug fix: isosurface map atomic orbital fails
• pag-aayos ng bug: ang vibrational display ng modulasyon na may mga distansya ay hindi na-update
• bug fix: panginginig ng boses ay nagiging sanhi ng hindi kinakailangang babala sa console
• bug fix: gumuhit ng simponyang nasira
• pag-aayos ng bug: array.mul (matrix3f) nag-crash ng Jmol
• bug fix: piliin ang symop = 1555 broken
• bug fix: itakda ang pag-pick ng dragSelected not working
• code: refactored CifReader, na naghihiwalay sa MMCifReader at MSCifReader code: menor de edad renaming / refactoring ng mga pamamaraan sa SV
• code: nagdadagdag javajs.api.JSONEncodable interface
• sobrang-simpleng pagpapatupad sa org.jmol.script.SV
• ay nagbibigay-daan sa mga pagpapatupad ng javajs upang maghatid ng mga pasadyang resulta ng JSON

Ano ang bago sa bersyon 14.1.2 Beta:

• bagong tampok: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, expression):
• mas mahusay kaysa sa Jmol.evaluate dahil ang resulta ay isang JavaScript variable, hindi isang string.
• DEPRECATING JSmol api Jmol.evaluate (applet, expression)
• bagong tampok: getProperty (& quot; JSON & quot ;, ....):
• nagbabalik ng JSON code para sa property
• ay nagbibigay-daan sa JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot; variableInfo & quot;, & quot; ilang expression & quot;)
• bagong tampok: getProperty variableInfo:
• ay nagbibigay-daan sa pagkuha ng mga variable sa Java o JSON na format
• sinusuri ang expression
• mga default sa & quot; lahat & quot;
• bagong tampok: modulasyon na naaayon sa pamamagitan ng q at t, hanggang sa d = 3:
• modulasyon sa / off (lahat ng mga atoms)
• moduation {atom set} sa / off
• modulasyon int q-offset
• modulasyon x.x t-offset
• modulasyon {t1 t2 t3}
• modulasyon {q1 q2 q3} TRUE
• bagong tampok: pumili ng Talaan:
• nag-order ng hanay ng mga kamakailang pinili na atoms
• ay maaaring gamitin kapareho ng variable na PICKED, ngunit iniutos nang sunud-sunod, hindi temporally

Ang
• dalawang beses na pag-click sa istraktura ay nililimas ang listahan
• @ {pickedList} [0] huling piniling atom
• @ {pickedList} [- 1] atom sa susunod na huling-napili
• @ {pickedList} [- 1] [0] huling dalawang pinili atoms
• bagong tampok: array.pop (), array.push () - katulad ng JavaScript
• bagong tampok: scale ng modulasyon x.x
• bagong tampok: caption & quot; xxxxx & quot; x.x - bilang ng mga segundo upang tumakbo
• bagong tampok: modulasyon 0.2 / / nagtatakda ng t-value
• bagong tampok: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push (& quot; pagsubok & quot;); print a.pop ()
• bagong tampok: piliin ang ON / OFF atom-set:
• lumiliko ang seleksyon ng halos sa o off pati na rin ang paggawa ng pagpili
• kaginhawahan lamang
• bagong tampok: pt1.mul3 (pt2):
• babalik {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• kung hindi pareho ang mga puntos, babalik sa simpleng pagpaparami
• bagong reatur: array.mul3 (pt2) - nalalapat mul3 sa lahat ng mga elemento ng array
• bagong tampok: {atomset} .modulation (uri, t):
• naghahatid ng P3 (pag-aalis ng modulasyon)
• ipinatupad lamang para sa uri = & quot; D & quot; (opsyonal)
• opsyonal t ay 0 sa pamamagitan ng default
• bug fix: modulasyon na hindi tumutukoy sa pagitan ng q at t;
• bug fix: modulated measurements not working
• bug fix: hindi laktawan ang set defaultLattice & quot; {NaN NaN Na} & quot;
• bug fix: isosurface map atomic orbital fail
• pag-aayos ng bug: ang vibrational display ng modulasyon na may mga distansya ay hindi na-update
• bug fix: panginginig ng boses ay nagiging sanhi ng hindi kinakailangang babala sa console
• bug fix: gumuhit ng simponyang nasira
• pag-aayos ng bug: array.mul (matrix3f) nag-crash ng Jmol
• pag-aayos ng bug: piliin ang symop = 1555 sirang bug fix: itakda ang pag-pick ng dragSelected not working
• code: refactored CifReader, naghihiwalay ng MMCifReader at MSCifReader
• code: menor de edad renaming / refactoring ng mga pamamaraan sa SV
• code: nagdadagdag javajs.api.JSONEncodable interface:
• sobrang-simpleng pagpapatupad sa org.jmol.script.SV
• ay nagbibigay-daan sa mga pagpapatupad ng javajs upang maghatid ng mga pasadyang resulta ng JSON

Ano ang bago sa bersyon 14.0.1:

• bagong tampok: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (default 55)
• bagong tampok: load () function, tulad ng naka-print na load (& quot; xxx & quot;), limitadong lokal na pagbabasa ng file sa applet:
• walang mga root-directory file
• walang mga file na walang extension
• walang mga file sa anumang & quot; /.& quot; sa landas
• bagong tampok: ligtas na naka-sign ang mga file ng JAR
• bagong tampok: isama ang applet JAR file ang JNLPs (Java Network Launch Protocols) para sa paglo-load ng lokal na file
• bagong tampok: JSmol mga opsyon ng URL _USE = _JAR = _J2S = mga override para sa data ng Impormasyon
• bagong tampok: (kasalukuyan ngunit undocumented) print quaternion ([array ng quaternions]) - nagbabalik na spherical ibig sabihin ng la Buss and Fillmore
• bagong tampok: print quaternion ([hanay ng mga quaternion], totoo):
• nagbabalik ng standard deviation para sa spherical ibig sabihin ng la Buss and Fillmore
• mga yunit ay angular degree
• bagong tampok - pinangalanang mga halaga ng modulus ng quaternion:
• print quaternion (1,0,0,0)% & quot; matrix & quot;
• kasama ang mga pagpipilian w x y z normal eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axisz axisangle matrix
• tampok na ew - itakda ang celShadingPower:
• nagtatakda ng lakas ng cel shading
• mga halaga ng integer
• default 10 ay isang makapal na linya
• 5 ay isang pinong linya
• 0 lumiliko ang cel shading
• negatibong halaga ang nagtanggal ng interior shading - outline lamang
• ay nagpapatakbo sa pixel batay sa normal sa light source (power & gt; 0) o user (power & lt; 0)
• nagtatakda ng kulay sa kaibahan sa background (itim o puti) kapag normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• bagong tampok: mga ulat ng pagbabasa ng mmCIF _citation.title sa Jmol scripting console
• bagong tampok: i-minimize PUMILI (atomset) ONLY - ONLY option na hindi kasama ang lahat ng iba pang mga atoms
• bagong tampok: i-minimize ang {atomset} - implicit SELECT at ONLY
• bagong tampok - & quot; mga extension & quot; mga direktoryo sa JSmol para sa nag-ambag ng JS at SPT na mga script:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• bagong tampok: load ... filter & quot; ADDHYDROGENS & quot; - Lokal na hanay pdbAddHydrogens para lamang sa isang command ng pag-load
• bagong tampok: ihambing {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• bagong tampok: list = ihambing ({atomset1} {atomset2} & quot; SMILES & quot; & quot; BONDS & quot;)
• bagong tampok: isulat ang JSON xxx.json
• bagong tampok: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;: ...} reader
• tampok na ew - magtakda ng particleRadius:
• global radius para sa mga atom sa halaga ng max radius (16.0)
• mga default sa 20.0
• bagong tampok - Mga filter ng CIF at PDB & quot; BYCHAIN ​​& quot; at & quot; BYSYMOP & quot; para sa virus particulasyon:
• lumilikha lamang ng isang atom sa bawat kadena o bawat simpon

Ang laki ay maaaring mas malaki kaysa sa max ng 16 Angstroms gamit, halimbawa:
• magtakda ng particleRadius 30;
• spacefill 30; // anumang numero mahigit sa 16 dito ay gumagamit ng particleRadius sa halip
• bagong tampok: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• bagong tampok: symop () function na nagpapahintulot sa mahusay na simetrya mula sa biomolecule filter para sa PDB at mmCIF
• bagong tampok - isosurface SYMMETRY:
• ay naglalapat ng mga operator ng simetrya sa isosurface
• mas mahusay na rendering at paglikha
• Ang default na pagpipilian ay {symop = 1} lamang
• pangkulay ng default ay upang kulayan sa pamamagitan ng simpop batay sa propertyColorScheme
• halimbawa:
• load 1stp filter & quot; biomolecule 1 & quot;
• kulay ng property symop
• isosurface sa resolution 0.8 simetrya sasurface 0
• bagong tampok - bagong ari-arian atom: chainNo:
• nang sunud-sunod mula sa 1 para sa bawat modelo;
• chainNo == 0 ay nangangahulugang & quot; walang kadena & quot; o kadena = ''
• bagong tampok - bagong propertyColorScheme & quot; friendly & quot;:
• color-blindness-friendly na scheme ng kulay
• ginamit sa RCSD
• bagong tampok: ganap na Java-free JSpecView; kasama ang 2D nmr at PDF printing ng spectra
• bagong tampok - I-print ang PDF & quot; xxx.pdf & quot; kalidad & gt; 1 humiling ng landscape mode:
• ay gumagamit ng mahusay na mga custom na paglikha ng paglikha ng PDF
• laki ng imahe upang magkasya kung masyadong malaki
• bagong tampok: Nagdagdag si JSpecView ng PDF at 2D NMR para sa JavaScript
• bagong tampok: load & quot; == xxx & quot; FILTER & quot; NOIDEAL & quot; - Pag-load ng bahagi ng kemikal mula sa PDB gamit ang & quot; nonideal & quot; coordinate set
• bug fix: isulat ang CD na tinanggal; Binago ng ChemDoodle ang mga format; gamitin ang JSON instead
• pag-aayos ng bug: Ang mga file ng PDB at CIF ay nagpakita ng mga pagtitipon tulad ng PAU bilang malaking negatibong numero
• pag-aayos ng bug: Ihambing ang walang pag-ikot ay nagsisimula ng walang katapusan na loop
• bug fix: looping problem with delay (-1)
• bug fix: Pag-ikot ng mouse para sa Chrome sa JavaScript
• pag-aayos ng bug: pag-aayos ng popup ng JavaScript para sa mga pagbabago sa wika
• pag-aayos ng bug: Mga pangunahing bahagi ng JavaScript na hindi pinoproseso; Jmol._debugCode hindi nakilala
• bug fix: unitcell offset incorrectly para sa biomolecules; mali ang pinagmulan para sa mga axes.
• bug fix: isosurface / mo FRONTONLY broken
• pag-aayos ng bug: lokalisasyon ng wika na sira sa JavaScript
• bug fix: ADF reader na hindi nagbabasa MO output mula sa DIRAC Build 201304052106
• pag-aayos ng bug: Mga ulat ng Safari dilaw na impormasyon ng Jmol sa halip na humiling na tanggapin ang applet
• - kinakailangang tag na
• bug fix: hindi nagbabasa ng CIF reader ang _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id nang maayos
• - maling atom na naka-set para sa load = 3fsx.cif filter & quot; ASSEMBLY 1 & quot;
• bug fix: [# 558 isyu ng Kakayahan sa ChemDoodle] Error sa JSmol sa kahulugan ng Number.toString ()
• bug fix: mouse wheel na hindi gumagana ng maayos
• bug fix: JavaScript J2S compiler error ay hindi coerce int + = lumutang sa integer
• bug fix: JavaScript WEBGL option broken
• bug fix: Hindi Naka-access ang NMRCalculation ng JavaScript
• pag-aayos ng bug: Hindi sinusuportahan ang stereo ng JavaScript
• bug fix: MOL reader fix para sa multiple-model file (lamang 13.3.9_dev)
• pag-aayos ng bug: error sa MOL reader na may APPEND ng pag-load - ay hindi nagpapatuloy ng mga numero ng atom
• bug fix: CIF modulasyon reader na hindi binabasa ang mga linear na kumbinasyon ng mga vectors ng cell wave
• bug fix: pagbabasa ng CIF gamit ang filter na & quot; BIOMOLECULE 1 & quot; nabigo kung lamang ang operasyon ng pagkakakilanlan
• bug fix: mmCIF reader na hindi binabasa ang lahat ng _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression options
• bug fix: PDB CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90 dapat sabihin & quot; walang yunit ng cell & quot; anuman ang biomolecule filter
• pag-aayos ng bug: isosurface slab na hindi nakikibagay nang maayos para sa flat molecules tulad ng HEM
• bug fix: print userfunc () ay maaaring mabigo (userfunc () sa pamamagitan ng sarili nito ay maayos)
• pag-aayos ng bug: sa loob (helix) ay hindi ipinatupad para sa mga polimer ng C-alpha-lamang
• bug fix: _modelTitle ay hindi na-update kapag ang isang bagong file ay na-load o zapped
• bug fix: {*}. symop.all hindi naghahatid ng simetrya operator nang naaangkop
• bug fix: para sa triple bond sa SMILES sa mga URL
• bug fix: build.xml nawawalang mga klase ng paggawa ng PDF
• pag-aayos ng bug: pagsunod sa pag-update ng Java, pagdaragdag ng tamang landas ng pag-check para sa lokal na naka-sign na applet
• bug fix: {xxx} .property_xx hindi nai-save sa estado (nasira 8/7/2013 rev 18518)
• pag-aayos ng bug: Na-update ang mga manifest para sa naka-sign at hindi linagdaan na mga file ng JAR applet
• pag-aayos ng bug: sumulat ng nabigo
• bug fix: applet scriptWait () method broken
• pag-aayos ng bug: Maaaring magpakita ang session ng PyMOL ng yunit ng cell pagkatapos mabasa mula sa naka-save na estado
• bug fix: Nabigo ang MMCIF reader para sa maramihang mga uri ng pagpupulong
• bug fix: CIF reader & quot; biomolecule 1 & quot; pagsasalin sa & quot; molecular & quot; sa halip na & quot; pagpupulong & quot;
• bug fix: load trajectory na may maraming mga file na hindi gumagana
• bug fix: JS applet popup menu na hindi isasara nang maayos sa pagbabago ng wika
• pag-aayos ng bug: HTML na katangian ng checkbox na hindi itinatalaga
• code: refactoring ng applet / appletjs code; org.jmol.util.GenericApplet
• code: refactoring, pagpapagaan ng mga buffered reader at buffered input stream.
• code: JavaScript refactoring, mas mahusay na bumuo _... xml
• code: Integer JavaScript, Long, Short, Byte, Float, Double all reworked
• code: disambiguation ng GT ._
• code: Refactored lahat ng mga hindi kinakailangang panloob na klase sa pinakamataas na antas
• code: isolated util / ModulationSet gamit api / JmolModulationSet
• code - Lahat ng lokalisasyon ng wika ng applet ay binabasa mula sa mga plain .po file:
• para sa JavaScript na
• hindi na kailangang mag-compile ng mga file ng klase para sa mga wikang applet
• walang wika .jar files
• Ang bagong jsmol / idioma directory ay may mga .po file para sa parehong Java at HTML5
• code: mas mabilis na pag-render ng isosurface na nagdaragdag ng pahiwatig & quot; frontonly & quot; may piliin ang {xxx} LAMANG
• code: mas mabilis na pag-render ng isosurface na may pahayag na & quot; isosurfacepropertyPagkakaroon ng masama & quot; sa may-katuturang (integer) na mga kaso
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - pinagsasama ang lahat ng mga sanggunian sa URL.getContent () at Class.getResource ()
• code: JavaScript trabaho sa paligid para sa problema sa panloob na klase na may variable na reassignment pangalan
• code: work-around para sa eval (functionName) hindi gumagana sa JavaScript.
• code: eksperimento sa ambient occlusion
• code: Kinakailangan ang mga manifests idinagdag para sa Java Ju51 (Enero, 2014).
• code: JmolOutputChannel inilipat sa javajs.util.OutputChannel
• code: fixed jsmol.php upang payagan ang & quot; sa saveFile method
• code: refactoring Parser sa javajs.util
• code: DSSP inilipat sa org.jmol.dssx, binabawasan ang JSmol bio load sa pamamagitan ng 20K
• code: ang pack na iText ay na-jettisoned, hindi na nec, bilang isinulat ko ang aking sariling tagalikha ng PDF

Mga Kinakailangan :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment