Burrows-Wheeler Aligner

Burrows-Wheeler Aligner (BWA) ay isang mahusay na programa na aligns masasabing maikling nucleotide sequence laban sa isang mahabang reference pagkakasunud-sunod tulad ng Genome ng tao.
Ang software na ipinapatupad ng dalawang mga algorithm, bwa-maikli at BWA-TK. Ang dating gawa para sa query sunod mas maikli sa 200bp at sa huli para sa mas mahabang mga pagkakasunud-sunod ng hanggang sa paligid 100kbp.
Ang parehong mga algorithm gawin gapped pagkakahanay. Ang mga ito ay karaniwang mas tumpak at mas mabilis sa mga query na may mababang mga rate ng error. Mangyaring tingnan ang BWA manu-manong pahina para sa karagdagang impormasyon.
ba BWA align 454 bumabasa?
& Nbsp; Oo at hindi. Ang BWA-TK bahagi ng BWA na rin sa 454 gumagana ang bumabasa ng tungkol 200bp o higit pa. Ito Nakakamit katulad na katumpakan pagkakahanay sa SSAHA2 habang mas mabilis. Gumagana BWA-TK din para sa mas maikling bumabasa, ngunit ang sensitivity ay mas mababa. Bilang karagdagan, hindi sinusuportahan ng BWA-TK ay naipares-end na pag-align.
Ano ang maximum na haba pagkakasunud-sunod query sa pagkakahanay?
& Nbsp; Ito ay inirerekumenda na gumamit lamang bwa-maikli sa bumabasa ng mas maikli sa 200bp. Kahit na gawa bwa-maikli para sa hanggang sa ilang mga query sa kbp sa prinsipyo, ang pagganap nito ay nagpapasama. Para mahaba ang bumabasa, BWA-TK ay mas mahusay.
& Nbsp; Ang bahagi BWA-TK maaari align ng Bac pagkakasunud-sunod (tungkol sa 150kbp) laban sa Genome ng tao. Ang bilis sa mga tuntunin ng nakahanay bases sa bawat oras na unit ay maihahambing sa bilis ng 1kbp nabasa na pagkakahanay. Sa prinsipyo, BWA-TK ang dapat ma-align ng ilang sequence query Mbp sa katulad na bilis, ngunit hindi ko pa sinubukan.
Ano ang tolerance ng error sequencing?
& Nbsp; Bwa-maikling ay higit sa lahat na dinisenyo para sa sequencing error rate sa ibaba 2%. Kahit na ang mga gumagamit ay maaaring magtanong ito upang tiisin higit pang mga error sa pamamagitan ng mga pagpipilian sa command-line tuning, ang pagganap nito ay mabilis nagpapasama. Tandaan na para sa Illumina bumabasa, bwa-maikli maaaring opsyonal na putulin ang bases mababang kalidad mula sa 3'-end bago pagkakahanay at sa gayon ay ma-align ng higit pang mga bumabasa na may mataas na rate ng error sa likod o hulihan, na tipikal sa Illumina data.
& Nbsp; BWA-TK tolerates higit pang mga error ibinigay na pagkakahanay. Iminumungkahi ng simulation na BWA-TK ay maaaring gumana nang maayos ibinigay na 2% error para sa isang pagkakahanay 100bp, 3% error para sa isang 200bp, 5% para sa 500bp at 10% para sa 1000bp o mas matagal pagkakahanay.
BWA mahanap ba chimeric bumabasa?
& Nbsp; Oo, ang bahagi BWA-TK ay makakahanap ng kimera. BWA karaniwang mga ulat ng isang pag-align para sa bawat basahin ngunit maaaring output dalawa o higit pang alignments kung ang nabasa na / contig ay isang kimera.
ba SNPs BWA tawag tulad ng MAQ?
& Nbsp; Hindi, ginagawa lang BWA pagkakahanay. Gayunman, output ito alignments sa format Sam na suportado ng ilang mga generic na SNP mga tumatawag tulad ng samtools at GATK.
Nakakakita ako ng isa nabasa sa isang pares ay may mataas na kalidad na pagma-map, ngunit ang iba pang mga nabasa ay may zero. Ito ba ay tama?
& Nbsp; na ito ay tama. Pagma-map ng kalidad ay itinalaga para sa mga indibidwal na nabasa na, hindi para sa isang pares nabasa na. Ito ay posible na ang isa nabasa na maaaring naka-map unambiguously, ngunit mate nito ay tumama sa isang tandom umuulit at kaya nito tumpak na posisyon ay hindi maaaring tinutukoy.
Nakakakita ako ng isang read nakatayo out sa dulo ng isang kromosoma at flag bilang hindi minarkahan (-flag 0x4). Ano ang nangyayari dito?
& Nbsp; panloob BWA concatenates lahat ng mga pagkakasunud-sunod reference sa isang mahaba ang pagkakasunud-sunod. Ang nabasa na maaaring mai-map sa mga kanto ng dalawang katabing sanggunian mga pagkakasunud-sunod. Sa kasong ito, BWA ay i-flag ang nabasa habang hindi minarkahan, ngunit makikita mo ang posisyon, cigar at ang lahat ng mga tag. Ang isang mas mahusay na solusyon ay magiging upang pumili ng isang alternatibong posisyon o putulin ang pagkakahanay out sa dulo, ngunit ito ay medyo kumplikado sa programming at Hindi ipinatupad sa sandaling ito.
ba BWA trabaho sa sanggunian sunod mas mahaba kaysa sa 4GB sa kabuuang?
& Nbsp; Hindi, hindi ito posible at hindi susuportahan sa nalalapit na hinaharap dahil sa mga teknikal na kumplikado kasangkot.
Errata
Ang suffix array agwat ng isang walang laman na string dapat [0, n-1] kung saan n ay ang haba ng database string, hindi [1, n-1] bilang ay nakasaad sa Li at Durbin (2009 at 2010). Correspondingly, kailangan naming tukuyin O (a, -1) = 0 at baguhin ang pseudocode sa Figure 3 mula sa Li at Durbin (2009). BWA pagpapatupad ay talagang tama. Ang pagkakamali ay nangyari lamang sa papel. Humihingi kami ng paumanhin para sa pagkalito at salamat Nils Homer at Abel Antonio nabubulok na bangkay Collado para sa pagturo out na ito